定量蛋白质组学方法学介绍:Label-free:Label-free定量,即非标记的定量蛋白质组学,不需要对比较样本做特定标记处理,只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化,通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的...
RNA-Seq转录组学技术优势:RNA-seq技术可以检测到低水平表达、未识别的转录子和新拼接亚型基因。另一方面,与基因芯片相比,RNA-Seq有一个更广的检测动态范围,可以研究编码和非编码RNA,更易于基因网络的构建、发现选择性剪切转录物,检测到等位基因的具...
蛋白质磷酸化修饰类型:根据磷酸氨基酸残基的不同,可将磷酸化蛋白质分为4类,即O-磷酸盐蛋白质、N-磷酸盐蛋白质、酰基磷酸盐蛋白质和S-磷酸盐蛋白质。1、O-磷酸盐蛋白质通过羟氨基酸(如丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸)的磷酸化形成。2、 N-磷酸盐蛋白质通过精氨酸、赖氨...
蛋白质磷酸化修饰鉴定方法: Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳:Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳通过连接在丙烯酰胺分子上的双核金属(如Mn2+)配合物对磷酸基团的亲和,造成磷酸化蛋白迁移的滞留,再将电泳结果转移到PVD...
蛋白质组学发展趋势:技术发展方面:蛋白质组学的研究方法将出现多种技术并存,各有优势和的特点,而难以象基因组研究一样形成比较一致的方法。除了发展新方法外,更强调各种方法间的整合和互补,以适应不同蛋白质的不同特征。另外,蛋白质组学与其它学科的交叉也将日益明显和重要...
RNA-Seq转录组学的应用:RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析(质控,mapping,差异基因表达分析,SNV分析等)。RNA-Seq有着巨大的应用前景。在不同背景下比较mRNA水平同一物种,...
circRNA转录组学:是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,没有5′帽子结构和3′poly(A)结构,主要位于细胞质或储存于外泌体中,不受RNA外切酶影响,表达更稳定且不易降解,已被证明普遍存在于多种真核生物体内[1]。大多数circRNA是由外显子环化...
蛋白质乙酰化修饰的功能:目前对乙酰化修饰的功能研究主要集中在对细胞转录调控,以及对代谢通路的调控这两个方面。在众多乙酰化修饰的蛋白质中,研究较多的要数细胞核中包围DNA的组蛋白了。组蛋白和DNA缠绕构成核小体,组蛋白的甲基化、乙酰化修饰能够调节DNA缠绕的松紧...
转录组学测序类型:1.根据RNA种类:可以分为mRNA测序,SmallRNA测序,LncRNA测序、CircRNA测序、全转录组测序等。2.根据物种特点:比如真核生物或者原核生物,是否有参考基因组,测序平台的不同,分为真核有参和无参转录组测序,原核转录组测序,...
质谱分析蛋白翻译后修饰:相对于蛋白质印迹等技术,质谱技术能更有效的对蛋白质的翻译后修饰进行分析,且可以对常规的Western blot 翻译后修饰蛋白鉴定进行补充。质谱分析蛋白翻译后修饰一般使用自下而上的基于肽段的方法。但是自下而上的质谱方法无法保证可以完全识...
PRM靶向蛋白质组学:是一种基于Orbitrap为表示的高分辨、高精度质谱的离子监视技术,首先利用四级杆质量分析器的选择能力,用Q1选择目标肽段的母离子,随后在collisioncell中对母离子进行碎裂,然后利用Orbitrap分析器在二级质谱中检测所选择的...
转录组及转录组测序(RNA-seq):转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)主要通过高通量测序研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的mRNA的表达量,进而对相关基因和表型的关系进...
蛋白质学组翻译后修饰的研究策略:自中而下:自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一种替代方法,分析组蛋白时其原理类似于自下而上分析策略。在使用这种分析方法时,通常需要将被检测蛋白质消化成3-9kDa范围内的肽段,因此也无法保证检测到的肽段的完整性。但是,由于仪...
转录组学(Transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的汇合,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA(ncRNA);狭义上指所有mRNA的汇合。转录组具有很强的时间和空间特性,是基因...
蛋白质乙酰化修饰鉴定流程:1. 组织/细胞破碎,提取、提纯目的蛋白质。2. 使用胰蛋白酶将目的蛋白酶解成多肽片段。3. 使用高效特异性乙酰化抗体对乙酰化修饰肽段进行免疫富集。4. 使用LC-MS/MS对富集的乙酰化肽段进行鉴定分析。5. 数据分析,并对鉴定的乙...
代谢组学尿液样本收集:1)取空腹晨尿、中段尿(临床)或晨间1 h尿(动物)于50 mL离心管中;2)4 ℃ 下10000 rpm离心10 min取上清,用1.5 mL离心管分装,保存于-80 ℃。3)动物1 h尿量不够的情况下,可分多次收集尿液;如需收取24 ...
蛋白质乙酰化修饰组学定量分析:1. SILAC细胞标记,组织/细胞破碎,提取、提纯目的蛋白质(基于SILAC的乙酰化修饰组学定量)。2. 使用胰蛋白酶将目的蛋白酶解成多肽片段。3. 对多肽片段进行iTRAQ标记(基于iTRAQ的乙酰化修饰组学定量)。4. 使用...
蛋白质磷酸化修饰类型:根据磷酸氨基酸残基的不同,可将磷酸化蛋白质分为4类,即O-磷酸盐蛋白质、N-磷酸盐蛋白质、酰基磷酸盐蛋白质和S-磷酸盐蛋白质。1、O-磷酸盐蛋白质通过羟氨基酸(如丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸)的磷酸化形成。2、 N-磷酸盐蛋白质通过精氨酸、赖氨...
蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥功能的主要机制之一,在DNA损伤修复,自噬和代谢等过程中都扮演着非常重要的角色,蛋白相互作用异常便会导致疾病的发生.在蛋白质的赖氨酸,丝氨酸和苏氨酸等氨基酸残基上,可发生甲基化,乙酰化,磷酸化和泛素化等200多种翻译后修饰,这...
转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的汇合,表示了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。蛋白质是生命功能的直接执行者,蛋白组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。整合转录组学和蛋白...
蛋白质泛素化修饰组学技术:泛素化修饰是一种重要的翻译后修饰。泛素-蛋白酶体系统介导了真核生物体内80%~85%的蛋白质降解。此外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位,调控包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA 损伤修复以及免疫应答等在内的多种细胞活动...
翻译后修饰蛋白的检测方法:翻译后修饰蛋白的检测技术包括有免疫沉淀、western blot、质谱技术、体外生化分析等。其中,免疫沉淀是大多数翻译后修饰检测中的关键步骤,它利用蛋白特异性抗体或某种翻译后修饰的特异性抗体来富集目标蛋白,之后再用western bl...
代谢组学什么类型的样本更适合,样本采集需要注意什么?绝大多数可以可靠收集的生物样本都适用于代谢组学研究。常见的样本主要有:临床和动物的血清、血浆、尿液、粪便、各类组织、体液;细胞和微生物、培养液和发酵液;植物的根、茎、叶、花等。代谢每时每刻都在发生变化,我们需...
蛋白质学组翻译后修饰的研究策略:自中而下:自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一种替代方法,分析组蛋白时其原理类似于自下而上分析策略。在使用这种分析方法时,通常需要将被检测蛋白质消化成3-9kDa范围内的肽段,因此也无法保证检测到的肽段的完整性。但是,由于仪...
蛋白质学组翻译后修饰的类型:翻译后修饰的类型包括N端fMet或Met的去除、二硫键的形成、化学修饰和肽键的裂解,其中磷酸化是比较常见的。蛋白质的化学修饰反应是在维持蛋白质的完整性和功能性的基础上,通过基于其氨基酸残基的化学反应获得新的生物结合物。翻译后修饰在哪...
蛋白组学样本要求:常规组织:(心、肝、脾、肺、肾、肠、脑、肌肉等)PBS洗涤去除残留血液和污染物,剔除无关的干扰组织(血管、脂肪、结缔组织等);冲洗干净,用组织剪或手术刀将组织分离成1cm3左右的小块;液氮速冻5min,保存于-80℃。软骨组织:PBS洗涤去除...
蛋白质乙酰化修饰定义:蛋白质在细胞中经过翻译后,到被运输到相应的细胞器并且发生特定的生物学作用前会经过很重要的一步加工,那就是蛋白质翻译后修饰加工。蛋白质翻译后修饰的作用主要是改变蛋白质的活性、定位或功能。通过蛋白质翻译后修饰也进一步增加了细胞通路机制和生命活...
蛋白翻译后修饰检测:由于PTMs在基础生物学以及疾病发病机理中的重要性,因此非常需要对蛋白质的翻译后修饰进行检测。对蛋白翻译后修饰进行研究时通常需要富集步骤,因为这些翻译后修饰的蛋白质相对含量较低。大多数PTMs的检测方法与富集策略结合在一起开发,以提供比较好...
蛋白质学组翻译后修饰分析:组蛋白是一类高度保守的蛋白质,是染色质的关键成分,是DNA包装的结构单位。组蛋白的功能受其翻译后修饰介导。组蛋白翻译后修饰包括通过丝氨酸或苏氨酸残基的磷酸化,赖氨酸或精氨酸的甲基化,赖氨酸的乙酰化和脱乙酰基,赖氨酸的泛素化和磺酰化等对...
转录组学测序比其他研究方法有哪些优势?转录组学测序具有以下优势:(1)可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度,同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题;(2)灵敏度高,可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本;(3)可以...