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靶向代谢组学：靶向代谢组学（Targeted Metabolomics）是代谢组学研究的重要组成部分，也是全代谢组研究的延伸与拓展。相对于全代谢组分析而言，靶向代谢组分析具有特异性强，检测灵敏度高和定量准确等几个特点。通过对血液、尿液或其他体液以及组织中某一特...

代谢组学样本收集植物组织：叶片、茎、花：1）取整片叶片/一段茎/一朵花，放入离心管或锡箔纸中并标记，迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min。2）将装有样本的离心管迅速放入自封袋中（每组一袋），在自封袋中放入标签纸注明样本信息。3）迅速放入-80 ℃冰箱冻存。足...

蛋白质磷酸化修饰鉴定方法： Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳：Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳通过连接在丙烯酰胺分子上的双核金属（如Mn2+）配合物对磷酸基团的亲和，造成磷酸化蛋白迁移的滞留，再将电泳结果转移到PVD...

蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥功能的主要机制之一,在DNA损伤修复,自噬和代谢等过程中都扮演着非常重要的角色,蛋白相互作用异常便会导致疾病的发生.在蛋白质的赖氨酸,丝氨酸和苏氨酸等氨基酸残基上,可发生甲基化,乙酰化,磷酸化和泛素化等200多种翻译后修饰,这...

靶向代谢组学的一般分析流程为：1. 数据采集 第1步是得到标准品。如果无法从市场上买到，就必须定制合成。然后通过优化产物离子碰撞能量以得到的信号，再通过测定三重串联四极杆测定代谢物的 MRM 跃迁值。2. 定量 接下来用定量分析软件对 MRM 数据进行处理，得...

代谢组学应用方向：肠道菌群代谢组学，运用代谢组学检测肠菌代谢物的动态变化，了解肠道菌群在宿主中的代谢状态，直观的研究肠道菌群与疾病发生的发展的关系，为疾病的预防，调高宿主的健康水平提供新的思路。经典脂质组学：对生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进...

蛋白质乙酰化修饰鉴定流程：1. 组织/细胞破碎，提取、提纯目的蛋白质。2. 使用胰蛋白酶将目的蛋白酶解成多肽片段。3. 使用高效特异性乙酰化抗体对乙酰化修饰肽段进行免疫富集。4. 使用LC-MS/MS对富集的乙酰化肽段进行鉴定分析。5. 数据分析，并对鉴定的乙...

代谢组学细胞样本收集：悬浮细胞：1）连同培养基转移到1.5 mL的进口离心管中。2）低速离心5 min（低于3000 rpm），使细胞沉淀于离心管的底部（1*107个细胞为宜）。3）倒掉培养基（尽量倒干净），用预冷的PBS反复冲洗2 ~ 3次，低速离心5 mi...

蛋白质乙酰化修饰的功能：目前对乙酰化修饰的功能研究主要集中在对细胞转录调控，以及对代谢通路的调控这两个方面。在众多乙酰化修饰的蛋白质中，研究较多的要数细胞核中包围DNA的组蛋白了。组蛋白和DNA缠绕构成核小体，组蛋白的甲基化、乙酰化修饰能够调节DNA缠绕的松紧...

定量蛋白质组学技术：TMT定量蛋白组学技术：TMT(TandemMassTags)定量蛋白质组学技术多肽体外标记定量技术。这种技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可...

普通转录组学测序适用于哪些情况？普通转录组测序主要适用于两大类：一是不同的生长阶段或者发育过程；二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。转录组学测序必须做生物学重复么？需要几个重复？生物学重复是生物实验所必须的，转录组测序也不例外，至少3次生物学重复。准备...

蛋白磷酸化修饰过程：蛋白磷酸化修饰这一过程是通过蛋白激酶催化，将磷酸基团从ATP转移到多肽底物的丝氨酸、苏氨酸，或酪氨酸残基上。并且磷酸化修饰的过程是可逆的，去磷酸化反应由蛋白磷酸酶催化完成。蛋白磷酸化检测方法：Western Blot检测方法：Western...

代谢组学如何控制临床样本的质量？对于临床的样本建议每组比较低的25个生物学重复，达到30例以上比较好。因为临床样本受外界环境和遗传背景影响较大，需要很多生物学重复来消除这些外在影响。此外，在样本收集过程中，应保持收养的时间段和操作程序尽可能一致。代谢组学样本收...

定量蛋白质组学技术：TMT定量蛋白组学技术：TMT(TandemMassTags)定量蛋白质组学技术多肽体外标记定量技术。这种技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可...

单细胞转录组学测试步骤：第1步就是把单个细胞分选出来。分选的方式也比较多，物理切割，酶消化，FACS分选等。假如已经分到了一个单细胞，跟常规的转录组步骤上是一样的。下一步就是把单细胞里的RNA提取出来去建库测序。但是一个细胞里的RNA含量是比较少的，难建库成功...

蛋白质组学在医学的研究应用：蛋白质组学(Proteomics)是研究细胞、组织或生物体中蛋白质组成、定位、变化及其相互作用规律的科学，包括对蛋白质表达模式和蛋白质组功能模式的研究。蛋白质组学的发展对寻找疾病的诊断标志、筛选药物靶点、毒理学研究等有重要意义，也因...

蛋白质翻译后修饰在蛋白质中磷酸化位点分析时应该注意些什么问题？覆盖率：覆盖率越高，检测和鉴定含有修饰基团的肽几率就越大。修饰位点的占有率：被修饰的蛋白质的百分比低，则检测到修饰肽的机会会随之减少。如果百分比较高（> 30％），则有助于识别修饰位点。棕榈酰化蛋白...

质谱分析蛋白翻译后修饰原理：相较于没有发生翻译后修饰的蛋白，翻译后修饰蛋白会在特定肽段序列有分子量的增加。在蛋白翻译后修饰方式的质谱分析过程中，蛋白会首先被酶切成肽段，然后进入质谱进行分析；通过质谱分析，得到的是一系列肽段的相对分子质量信息。对于某一个特定的肽...

蛋白质组学主要以全蛋白组（组织、细胞）、线粒体蛋白组、叶绿体蛋白组和外泌体蛋白组为研究对象，通过对蛋白组进行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析，揭示生物学功能、作用机制、疾病诊断的标志物以及预测蛋白的上、下游变化关系。蛋白质组学可以克服核酸水...

宏转录组学也称为环境转录组学，指从整体水平上研究某一特定环境、特定时期菌群群体全部基因转录情况以及转录调控规律，以揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，探索环境与微生物之间的相互作用机理。其适用范围包括人体微生态、环境、工业、农业等领域。宏转录组学以生态环境中...

蛋白质翻译后修饰分析策略：早期蛋白质组研究的大部分工作集中在细胞生长的不同时期，或疾病或有丝分裂原刺激后的蛋白质表达水平的变化。然而，许多生命过程不只受蛋白质的相对丰度控制，还受时空分布可逆的翻译后修饰控制。因此，揭示翻译后修饰的规律是了解蛋白质复杂性和多样的...

代谢组学比较常用到的数据分析方法：多变量分析：多变量分析方法能同时处理数百或数千个变量，并且能处理变量之间的相互关系。利用变量之间的协方差或相关性，使原始数据在较低维空间上的投影能尽可能地捕获数据中的信息。但是如果存在大量无信息变量可能会妨碍多变量分析的能力，...

代谢组学尿液样本收集：1）取空腹晨尿、中段尿（临床）或晨间1 h尿（动物）于50 mL离心管中；2）4 ℃ 下10000 rpm离心10 min取上清，用1.5 mL离心管分装，保存于-80 ℃。3）动物1 h尿量不够的情况下，可分多次收集尿液；如需收取24 ...

常规蛋白质组学：Labelfree多肽组学：顾名思义，就是不使用任何标记方法，直接对肽段进行质谱鉴定和定性定量分析。实验流程简单，只需要对蛋白进行常规酶解和除盐步骤即可上机。定量方式分为两种：峰面积（Peakintensity）和峰计数（Spectralcou...

蛋白质乙酰化修饰组学定量分析：1. SILAC细胞标记，组织/细胞破碎，提取、提纯目的蛋白质（基于SILAC的乙酰化修饰组学定量）。2. 使用胰蛋白酶将目的蛋白酶解成多肽片段。3. 对多肽片段进行iTRAQ标记（基于iTRAQ的乙酰化修饰组学定量）。4. 使用...

代谢组学应用方向：肠道菌群代谢组学，运用代谢组学检测肠菌代谢物的动态变化，了解肠道菌群在宿主中的代谢状态，直观的研究肠道菌群与疾病发生的发展的关系，为疾病的预防，调高宿主的健康水平提供新的思路。经典脂质组学：对生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进...

蛋白质学组翻译后修饰的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一种替代方法，分析组蛋白时其原理类似于自下而上分析策略。在使用这种分析方法时，通常需要将被检测蛋白质消化成3-9kDa范围内的肽段，因此也无法保证检测到的肽段的完整性。但是，由于仪...

蛋白组学样本要求：常规组织：（心、肝、脾、肺、肾、肠、脑、肌肉等）PBS洗涤去除残留血液和污染物，剔除无关的干扰组织（血管、脂肪、结缔组织等）；冲洗干净，用组织剪或手术刀将组织分离成1cm3左右的小块；液氮速冻5min，保存于-80℃。软骨组织：PBS洗涤去除...

蛋白质磷酸化修饰鉴定方法： Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳：Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳通过连接在丙烯酰胺分子上的双核金属（如Mn2+）配合物对磷酸基团的亲和，造成磷酸化蛋白迁移的滞留，再将电泳结果转移到PVD...

代谢组学在系统生物学中有什么作用？它的地位如何？代谢物作为生物体表型的基础能够帮助我们更直观有效地了解生命现象揭示生命本质。代谢组学本质上是指从整体上研究生物体的代谢物，是对某一生物、组织或细胞中的所有低分子量代谢产物进行定性与定量分析的一门科学。代谢组学以指...