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GC-MS非靶向代谢组学分析

来源: 发布时间:2022-03-24

代谢组学尿液样本收集:1)取空腹晨尿、中段尿(临床)或晨间1 h尿(动物)于50 mL离心管中;2)4 ℃ 下10000 rpm离心10 min取上清,用1.5 mL离心管分装,保存于-80 ℃。3)动物1 h尿量不够的情况下,可分多次收集尿液;如需收取24 h尿液,需要使用带低温装置的代谢笼收集,并且及时冻存样本。4)收集完尿液样本后,建议使用液氮淬灭15 min后,再分装多管后于-80 ℃冻存。组织样本收集:动物组织(包括脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉和皮肤等;软体动物如血吸虫):1)取适量组织,用预冷的PBS缓冲液或生理盐水清洗干净;2)迅速剥去非必需的脂肪和结缔组织,再用PBS缓冲液或生理盐水冲洗干净;3)用干净的无尘吸水纸吸干水分,将组织分成50-100 mg / 管分装待用;4)管子上做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min,-80 ℃冻存;干冰运输。靶向代谢组学(Trgeted metabolomics)则为目标性代谢组学。GC-MS非靶向代谢组学分析

如何获得高质量GC/MS代谢组学数据?实验设计先不谈,在仪器分析阶段,若想获得高质量数据,有以下几个方面需要注意。1)前处理方法的一致性。不同实验人员操作方式不尽相同。因此,一个项目应当只由一个人负责前处理。推荐使用自动衍生设备,以减少人为的误差。2)检测之前需确保仪器处于比较好工作状态。仪器的控制软件都有系统自检功能,可以快速便捷地核查质谱仪器的状态。但更重要的是气相色谱状态,推荐使用一组混标作为仪器质控。在每一个项目开始之前,先进行质控样检测,确认气相色谱的分离度和质谱的整体响应。3)后期数据矫正,特别是对于大样本项目。我们可以在检测序列中加入随行质控样本(每个样品取少量后混合),在后期数据处理时,使用质控样本结合如LOESS之类的算法对整体数据进行矫正。北京农学靶向代谢组学技术分析代谢组学技术可应用于功能基因组学。

代谢组学样本收集指南:1.血浆样本收集:(1)从合适的静脉采集血液(典型10mL)到标记的肝素锂血浆收集管中(肝素锂用作抗凝剂)。(2)立即于4 °C离心(3000g)20min,上清液即为血浆。(3)离心完毕,取出血浆收集管,取上清液(血浆),分等份(0.5mL或0.1mL),转移到冻存管中(冰上),旋盖。(4)保存于-80℃冰箱。寄样需足量干冰。2.血清样本收集:(1)从合适的静脉采集血液(典型10mL)到血清收集管中。(2)将血清收集管冰水浴(4℃)凝集至少1h(2h以内),记录凝集时间。(3)将血清收集管放到冷冻离心机中低温(4℃)离心15min(2500 g)。(4)离心完毕,取出血清收集管,取上清液,分等份(0.5mL或0.1mL),转移到冻存管中(冰上),旋盖。(5)保存于-80℃冰箱。寄样需足量干冰。

选择代谢组学作为科研技术手段的优势有哪些?代谢组学的研究处于生物信息流的中游,介于基因、蛋白质和细胞、组织之间,在生物信息的传递中起到承上启下的作用。小分子的产生和代谢是基因表达的下游产物,生物体液的代谢产物分析能够更直接,更准确的反映生物体的病理生理状态。代谢物的种类少,大约在103个数量级,要远小于基因和蛋白质的数据,物质的分子结构要简单得多,分析起来更简单明了。代谢组学的代谢物信息库简单,它远没有全基因组测序及大量表达序列标签的数据库那么复杂。基因和蛋白质表达的有效微小变化会在代谢物上得到放大,从而使检测更容易。代谢产物在各个生物体系中都是类似的,所以代谢组学研究中采用的技术更容易在各个领域中通用,也更容易被人接受。代谢组学主要研究的是各种代谢路径的底物。

代谢组学研究方法:代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说,代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰,然后了解不同化合物的结构,建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。另一种方法是代谢轮廓分析(metabolomic profiling),研究人员假定了一条特定的代谢途径,并对此进行更深入的研究。代谢组学研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。广州LC-MS/MS非靶向脂质组学技术服务

代谢组学主要研究的是产物的小分子代谢物(MW<1000)。GC-MS非靶向代谢组学分析

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