普通转录组学测序适用于哪些情况？普通转录组测序主要适用于两大类：一是不同的生长阶段或者发育过程；二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。转录组学测序必须做生物学重复么？需要几个重复？生物学重复是生物实验所必须的，转录组测序也不例外，至少3次生物学重复。准备生物重复样品时，通过对实验的预先设计和控制，尽可能将与实验处理无关的背景条件控制在同一水平，减少批次效应对结果的影响。转录组学测序可以同时测到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我们通常所讲的转录组测序只能测到mRNA。但是全转录组测序通过构建两个测序文库（一是小RNA测序文库、二是lncRNA测序文库）是可以测到以上4种RNA的。转录组学可应用于基因点突变及多态性检测。浙江SmalIRNA转录组学领域

转录组学测序类型：1.根据RNA种类：可以分为mRNA测序，SmallRNA测序，LncRNA测序、CircRNA测序、全转录组测序等。2.根据物种特点：比如真核生物或者原核生物，是否有参考基因组，测序平台的不同，分为真核有参和无参转录组测序，原核转录组测序，全长转录组测序等。3.根据相互关系：分为互作转录组，比较转录组等等；此外，基因组甲基化会影响到基因的转录调控，也属于转录调控测序范畴；还有用于研究转录因子与DNA的交互作用或组蛋白修饰在基因组上的分布的ChIP-Seq，研究RNA与蛋白互作关系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。武汉单细胞转录组学质谱分析转录组学可以直接测定每个转录本片段序列。

circRNA转录组学：是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子，没有5′帽子结构和3′poly（A）结构，主要位于细胞质或储存于外泌体中，不受RNA外切酶影响，表达更稳定且不易降解，已被证明普遍存在于多种真核生物体内[1]。大多数circRNA是由外显子环化而成，也有部分circRNA是由内含子环化而成的套索结构。同时由于circRNA含有大量的miRNA应答原件（MREs），能与AGO蛋白形成RNA诱导沉默复合体（RISC）的催化关键，然后导致circRNA降解。根据来源，circRNA可大致分为四类：全外显子型的circRNA，内含子和外显子组合的EIcircRNA，内含子组成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因组、tRNA、rRNA、snRNA等环化产生的circRNA。

转录组是干什么用的，和表达谱有什么区别？转录组，指细胞某一时期所有基因的转录水平。转录组学，是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之，转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。对RNA的分析。分析应该是分几个维度的DNA到RNA，RNA的剪切拼接，RNA的翻译。表达谱有两种，分别是基因表达谱和蛋白质表达谱。基因表达谱是指细胞中所有基因表达的格局。通过比较分析基因表达谱，可从整体水平研究代谢机制，认识基因相互作用的网络关系，发现重要基因。转录组学可应用于植物生长机制的发现及干预。

RNA-Seq转录组学的应用：RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析（质控，mapping，差异基因表达分析，SNV分析等）。RNA-Seq有着巨大的应用前景。在不同背景下比较mRNA水平同一物种，不同组织：研究基因在不同部分的表达情况。同一物种，同一组织：研究基因在不同处理下，不同条件下的表达变化。同一组织，不同物种：研究基因的进化关系。时间序列实验：基因在不同时期的表达情况与发育的关系。基因分类：找到细胞特异，疾病相关，处理相关的基因表达模式，用于诊断疾病和预测等。基因网络和通路：基因在细胞活动中的功能，基因间的相互作用。转录组学无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析。武汉RNA转录组学质谱鉴定

转录组学可应用于表达差异的研究。浙江SmalIRNA转录组学领域

单细胞转录组关键步骤：单细胞的分离和捕获：温和分离，稀有细胞。转录本的捕获和扩增：RNA测序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕获效率10%（5-**NA测序需要1ngDNA，极限稀释加移液分离单细胞；显微操作分选单细胞；流式分选带有表面Marker的单细胞；激光切割实体组织；微流控技术；磁珠捕获，主要用于CTC。它的一个优点是可以结合流式细胞荧光分选（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根据表面Marker分选细胞。因此特别适合分选细胞子集用于测序。它的另一个优点是可以获得细胞形态全览图，提供另外一个维度的信息，可用于鉴定微孔中是否有损伤的细胞或双份细胞，主要缺点是通量低且每个细胞所需的工作量相当大。浙江SmalIRNA转录组学领域

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