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北京circ RNA转录组学研究方法

来源: 发布时间:2022-01-11

转录组学(Transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的汇合,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA(ncRNA);狭义上指所有mRNA的汇合。转录组具有很强的时间和空间特性,是基因功能及结构研究的基础和出发点,掌握了生物个体基因转录水平的变化,可深入了解其生命活动特征和调控机制。通过新一代高通量测序,能够全方面快速地获得某一物种特定组织在某一状态下的几乎所有转录本的基因序列信息。转录组学测序比其他研究方法有哪些优势?北京circ RNA转录组学研究方法

单细胞转录组关键步骤:单细胞的分离和捕获:温和分离,稀有细胞。转录本的捕获和扩增:RNA测序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕获效率10%(5-**NA测序需要1ngDNA,极限稀释加移液分离单细胞;显微操作分选单细胞;流式分选带有表面Marker的单细胞;激光切割实体组织;微流控技术;磁珠捕获,主要用于CTC。它的一个优点是可以结合流式细胞荧光分选(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根据表面Marker分选细胞。因此特别适合分选细胞子集用于测序。它的另一个优点是可以获得细胞形态全览图,提供另外一个维度的信息,可用于鉴定微孔中是否有损伤的细胞或双份细胞,主要缺点是通量低且每个细胞所需的工作量相当大。山东靶向转录组学转录学组测序能够提供更高的检测通量。

什么叫转录组学?广义转录组是指生命单元(通常是一种细胞)中所有按基因信息单元转录和加工的RNA分子(包括编码和非编码RNA功能单元),或者是一个特定细胞所有转录本的总和.它的研究对象就是这些RNA与蛋白质分子和它们所组成的基因功能网络以及它们与细胞功能的关系.而狭义转录组是指可直接参与翻译蛋白质的mRNA总和.研究生物细胞中转录组的发生和变化规律的科学就称为转录组学(tran—scriptomics)。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。

circRNA转录组学成环机制:circRNA环化方式分为内含子环化和外显子环化。目前主流的成环机制可归类为:依赖于剪切体的索尾插接环化。在mRNA前体上,通过连续的组装小核核糖体蛋白从而催化外显子下游的5′供体的位点连接到上游的3′受体的位点,索尾插接形成环化,然后通过剪切形成circRNA。顺式作用元件促进circRNA形成。部分circRNA外显子两侧的内含子中含有反向互补序列,首先在剪切位点上并排形成RNA双链体,再通过可变剪切形成带内含子和不带内含子两种不同的circRNA。或者外显子内部以及两侧的内含子可以竞争进行RNA配对,然后通过可变剪切形成不同类型的circRNA。转录组学可以直接测定每个转录本单核苷酸分辨率的准确度。

转录组学测序类型:1.根据RNA种类:可以分为mRNA测序,SmallRNA测序,LncRNA测序、CircRNA测序、全转录组测序等。2.根据物种特点:比如真核生物或者原核生物,是否有参考基因组,测序平台的不同,分为真核有参和无参转录组测序,原核转录组测序,全长转录组测序等。3.根据相互关系:分为互作转录组,比较转录组等等;此外,基因组甲基化会影响到基因的转录调控,也属于转录调控测序范畴;还有用于研究转录因子与DNA的交互作用或组蛋白修饰在基因组上的分布的ChIP-Seq,研究RNA与蛋白互作关系的RIP-Seq,以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。什么是转录组学测序?北京circ RNA转录组学研究方法

转录学组测序能够提供更准确的数字化信号。北京circ RNA转录组学研究方法

转录组学测序比其他研究方法有哪些优势?转录组学测序具有以下优势:(1)可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度,同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题;(2)灵敏度高,可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本;(3)可以对任意物种进行全基因组分析,无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析,同时能够检测未知基因,发现新的转录本,并准确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域。(4)检测范围广,高于6个数量级的动态检测范围,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。北京circ RNA转录组学研究方法

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