蛋白质组的研究不但能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。确实，那些世界范围内销路比较好的药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。因此，蛋白质组学研究不只是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。蛋白质组学的研究是生命科学进入后基因时代的特征。蛋白质组研究是对基因组研究的重要补充。贵州修饰蛋白组学项目
蛋白质组学有什么用，能给我实验带来什么？可以大规模鉴定特定组织、细胞等各种样本的蛋白质种类、修饰状态以及蛋白质之间的相互作用，以及对这些蛋白质功能分析、分类；可以对不同条件下某一特定样本进行大规模的蛋白质(包括翻译后修饰蛋白)表达量变化分析，筛选潜在biomarker，筛选重要信号通路；依托大样本量，可以实现疾病的分子分型分析、重要潜在靶标鉴定。质谱的蛋白质组学和芯片哪个更好出结果？若有对应物种的全基因组并有预测的全蛋白序列库，可优先选择全蛋白序列库；若无全蛋白序列库，有对应物种对应组织的转录组测序结果并，可以使用转录组的测序结果（mRNA三框翻译或者预测CDS，并翻译成氨基酸序列）；若基因组、转录组数据库都没有，优先选择同源性比较接近的物种的全蛋白数据库，若近源物种没有合适的全蛋白库，则选择更大的蛋白全库（如动物全库、绿色植物全库、微生物库等）。南京蛋白质定量组学质谱分析蛋白质组研究技术涉及到各种重要的生物学现象，如信号转导、细胞分化、蛋白质折叠等等。
蛋白质组学在生物学领域的研究中的应用是怎样的？研究对象涉及到生物体且生物体内表达蛋白，理论上都可以应用蛋白质组学。蛋白质组学是以研究生物体蛋白组成及其变化规律为目的的应用科学。主要使用的仪器为液质联用高分辨率质谱仪。详细来说，蛋白质组学包含许多分支：非标定量蛋白质组学（定性研究生物体的蛋白组成），定量蛋白质组学（对生物体蛋白表达含量进行测定），修饰蛋白质组学（对蛋白质翻译后修饰进行检测）及相互作用蛋白质组研究（蛋白质直接相互作用机制解析）等。蛋白质组学属于后基因组时代的科学研究，针对基因表达产物进行检测与定量。因此更能反应出生物体生理条件下的水平与状态。
PRM靶向蛋白组学：PRM技术是一种根据已知实测信息或质谱检测规律的假定信息对样品中的蛋白质进行靶向定量的技术。该技术主要应用仪器为QExactive系列质谱仪，首先以四极杆作为质量过滤器，特异性地选择与预先设定质荷比相同的肽段离子（母离子）通过，随后在高能碰撞池中碎裂母离子，之后通过Orbitrap分析碎片离子（子离子）得到肽段的二级质谱信息。四极杆的高选择性离子过滤与Orbitrap高分辨率测量技术的结合使得PRM技术有很高的特异性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干扰离子，提高了灵敏度。在确保数据质量的前提下，为了在一次分析中检测更多的蛋白质，可用预置PRM（ScheduledPRM,sPRM）的方法，这种方法需要知道每个肽段的保留时间信息，使得每个肽段只在其洗脱时间窗口内执行PRM检测，很大程度上提高了检测效率，可同时检测上百种蛋白质。PRM技术是目前应用较普遍的质谱蛋白质靶向定量技术。蛋白质组学的研究主要促进分子医学的发展。
蛋白质组学技术发展方面：蛋白质组学的研究方法将出现多种技术并存，各有优势和局限的特点，而难以象基因组研究一样形成比较一致的方法。除了发展新方法外，更强调各种方法间的整合和互补，以适应不同蛋白质的不同特征。另外，蛋白质组学与其它学科的交叉也将日益明显和重要，这种交叉是新技术新方法的活水之源，特别是，蛋白质组学与其它大规?？蒲缁蜃檠?，生物信息学等领域的交叉，构成组学（omics）生物技术研究方法，所呈现出的系统生物学（System Biology）研究模式，将成为未来生命科学比较令人激动的新前沿。蛋白质组的概念指由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。贵州修饰蛋白组学项目
蛋白质组学技术有飞行时间质谱。贵州修饰蛋白组学项目
蛋白质组学与基因组学的差异：蛋白质组和基因组（genome）在概念上有相关性，某一个蛋白质组的蛋白质是由其基因组所编码的，然而蛋白质组学和基因组学在研究对象和研究方法上有很大的区别?；蜃樵谒械南赴屑负醵际峭暾?，与之不同，蛋白质组具有很高的细胞和组织特异性，不同的细胞组织表达不同的蛋白质组。蛋白质组的复杂性也远远高于基因组，这是因为一个基因≠一个转录产物≠一个蛋白质。比如据估计人的基因组由30000个基因组成，经mRNA剪切和蛋白质翻译后修饰将产生20万~200万个蛋白质。由于不同的转录起始和mRNA剪切使同一基因产生了不同的转录产物。同样由于不同的翻译起始，一个mRNA可以翻译成不同的蛋白质。贵州修饰蛋白组学项目