亚硫酸盐结合测序是DNA甲基化检测的“金标准”方案。除了全基因组甲基化测序等研究手段,对于目标基因/位点检测或者转化医学应用研究来说,需要灵活的靶向甲基化测序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)结合高通量测序的TargetBisulfiteSequencing满足几个到上百个基因/位点的验证需求,具有高通量、低成本的优势,***用于临床大样本多位点的甲基化biomarker筛选及高水平文章甲基化验证环节。微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表.(IF=)我们以早产幼猪为模型,利用RRBS测序比较正常(n=7)和口服***(n=7)的肠道DNA甲基化差异,发现与先天免疫应答、吞噬和代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异,并通过高通量BSP测序对EGFL7、LBP8、PTPRE差异甲基化基因进行了验证。 甲基化验证方案是TBS。江苏Chip-seq技术服务怎么样
cfDNABS-Seq送样要求一、送样类型分离好的血浆二、保存方式分离后的血浆,用ml离心管分装,例如:1ml/管;放-20℃冰箱中保存(短暂保存,1-2周);放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间不能冻融。三、运输条件干冰运输:顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰。四、抽血要求1、使用Streck**管(不建议使用普通的EDTA-钠抗凝管),采集10ml外周静脉血(客户没有Streck**管,公司配送);2、室温或者放置4℃冰箱中半小时以上,不超过8小时,进行血浆分离步骤。五、血浆分离步骤1、4℃条件下以1600g离心10min,离心后将上清(血浆)分装到2、4℃条件下以16000g离心10min去除残余细胞,将上清移入新的离心管中,每管分装1ml;3、血浆样本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰运输,提取之前不能冻融。备注1:血浆分离在4℃条件进行,如果客户没有冷冻离心机,也可以在室温条件下进行;备注2:离心后取血浆上清,避免吸取白细胞;通常10ml全血可以获得4-5ml血浆。 TBS技术服务方案DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。
甲基化-焦磷酸测序(升级版)之前的仪器是Q96,也就是说同时可以上96个反应,但是有效读长只有50bp左右(50bp之后开始衰减,后面的序列只能作为参考);升级版的Q48,也就是48孔,每次上48个反应,但有效长度可以到100bp左右,而且之前很多不能测过去的特殊结构,现在大部分也能测了。甲基化--------焦磷酸测序的优势。样品要求·样品类型细胞、新鲜组织或DNA样品·样品量细胞样品请提供至少1×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片,DNA样品请提供1μg以上的DNA·样品质量基因组DNA无明显降解,主带清晰,大于23Kb,无明显弥散。OD260/280值在~,浓度≥50ng/μl·样品保存细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可液氮冻存后,-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融·样品运输样品置于ml冻存管中,封口膜封好。
羟甲基化DNA免疫沉淀测序(HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,hMeDIP-Seq)是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找羟甲基化区域。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:20-30Mreads信息分析基于全基因组范围的羟甲基化分析,数据质控,Peak锋Calling,Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本羟甲基化差异聚类,差异羟甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 高通量BSP测序结果多种展示形式。
industryTemplateWGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多,广发被接受。北京6mA技术服务经验丰富
RRBS用于人、哺乳动物及鱼类方向的高水平甲基化研究。江苏Chip-seq技术服务怎么样
ATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing)是使用高通量测序对Tn5转座酶可接近的核染色质区域进行测序分析的一种研究技术;该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发,2013年***发表在NatureMethods(Buenrostroetal.,2013)。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。应用领域,通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式,与样本基因表达谱紧密相连,从靶标基因的表观状态关联到表达水平,具有强大的数据挖掘作用。2.通过关联基因组、外显子,染色质免疫共沉淀(组蛋白修饰或转录因子结合)测序信息,形成:表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。 江苏Chip-seq技术服务怎么样