重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。技术优势高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点);样品浓度>30ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:>。 甲基化验证是甲基化研究必不可少的一环。北京MeDIP-Seq技术服务
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星状细胞(HSC)是导致肝纤维化发生和进展的关键细胞类型。DNA羟甲基化与转录***有关,其模式在人类疾病中经常发生改变。研究者采用简化基因组氧化-亚硫酸盐测序(RRBS/oxRRBS)检测静止和******状态的大鼠HSC细胞的5mC和5hmC水平,证实了5mC和5hmC在肝纤维化和HSC转分化过程中的整体变化,表明DNA甲基化/羟甲基化是HSC***的关键步骤,可能会为支持纤维生成的分子事件带来新的见解,并可能为疾病进展提供生物标志物以及潜在的新药物靶点。 陕西hMeDIP-Seq技术服务售后服务ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。
焦磷酸测序(Pyrosequencing)随着技术的不断改进,现在认为焦磷酸测序技术(Pyrosequencing)是甲基化检测新的金标准。焦磷酸测序作为一种新的序列分析技术,能够快速地检测甲基化的频率,对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测,为甲基化研究提供了新的途径。在序列延伸过程中,根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。因此,不同位点的甲基化变异就能被准确检测,并给出精确的甲基化程度的数据。QIAGEN公司在焦磷酸测序的应用上具有明显的优势,目前提供三种焦磷酸测序仪器,通量由低到高,适合不同的应用。PyroMarkQ24的强项在于可对多达24个样品进行焦磷酸测序。需要大样品量的应用更适合在PyroMarkQ96ID上进行。在考虑到处理成百上千个样品所需的大量试剂时,运行通量**化可能会使实验成本变得很高。而PyroMarkQ96MD装有一台高度灵敏的光检测摄像头,可以在减少试剂量的情况下对少量的DNA模板进行准确测序。这些不同平台的推出,对于我们实际研究提供了更有效的检测手段。
GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA数据,在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果,是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的,并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 WGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多,广发被接受。
随着二代测序技术的告诉发展,测序成本大幅度下降,使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功,已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法,如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合,可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合,可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现,更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前,美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术,直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 焦磷酸测序能提供杂合子缺失及细菌和病毒分型等技术服务。广东MeDIP-Seq技术服务
5hmc是发现的一种修饰碱基,成为哺乳动物的“第六碱基”。北京MeDIP-Seq技术服务
发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通过RRBS测序,比较了早期驯化的
(n=12)与野生的(n=12)
欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化,发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异,但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠,表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。 北京MeDIP-Seq技术服务