转录组学应用于胃肠瘤转移机制研究：circRNA是一种非编码RNA，可以多种方式参与生物学功能，如细胞增殖、细胞周期、侵袭和转移等。近年来研究发现，环状RNA可以通过海绵吸附微小RNA和RNA结合蛋白参与转录后调控，从而影响瘤耐药过程中的DNA修复、凋亡、增殖、细胞转运，以及介导瘤耐药的细胞内酶，进而在瘤耐药中发挥重要调节作用。有研究证实通过干扰环状RNA的表达，可以提高瘤对药物的敏感性，提示环状RNA可能为抗瘤药物耐药性的研究提供新的靶点。转录组学可应用于植物生长机制的发现及干预。上海SmalIRNA转录组学技术服务

全转录组测序：狭义的转录组默认只包含mRNA，但是广义的转录组指的是细胞或组织中所有转录产物的汇合，其中包含mRNA和非编码RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非编码RNA目前的研究多集中在具有调控功能的smallRNA（以miRNA为表示），长链非编码RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和环状RNA（circularRNA,circRNA）上，而这几类ncRNA的调控对象都和mRNA有关。因此，全转录组即包含了ncRNAs和mRNA。全转录组测序即对以上四种ncRNA进行测序，并分析这四者之间复杂的相互作用关系。上海SmalIRNA转录组学技术服务转录学组测序是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

单细胞转录组学测试步骤：第1步就是把单个细胞分选出来。分选的方式也比较多，物理切割，酶消化，FACS分选等。假如已经分到了一个单细胞，跟常规的转录组步骤上是一样的。下一步就是把单细胞里的RNA提取出来去建库测序。但是一个细胞里的RNA含量是比较少的，难建库成功。这个里面“量”的概念很有意思。比如说单细胞量少，需要特殊处理。因为单细胞里面RNA的量少，所以说整个富集的过程中会出现一部分基因在一个细胞里能检测到，在另外一个细胞里面检测不到，而每个细胞里面的检测存在一个随机性，同时单细胞测序深度比较低，所以说分析时相比于普通转录组有一些是需要特别注意，但整体的分析思路是类似的。

circRNA转录组学：是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子，没有5′帽子结构和3′poly（A）结构，主要位于细胞质或储存于外泌体中，不受RNA外切酶影响，表达更稳定且不易降解，已被证明普遍存在于多种真核生物体内[1]。大多数circRNA是由外显子环化而成，也有部分circRNA是由内含子环化而成的套索结构。同时由于circRNA含有大量的miRNA应答原件（MREs），能与AGO蛋白形成RNA诱导沉默复合体（RISC）的催化关键，然后导致circRNA降解。根据来源，circRNA可大致分为四类：全外显子型的circRNA，内含子和外显子组合的EIcircRNA，内含子组成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因组、tRNA、rRNA、snRNA等环化产生的circRNA。转录组具有组织特异性的特点。

转录组学为什么原核物种只能做有参转录组分析？由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子，如果按照无参转录组分析策略进行组装的话，难度较大，组装结果存在较大风险。转录组学差异基因数目多少比较合理？不同的处理，不同的研究目标，差异基因的数目是不同的，从几十个到几千个都有可能。但是如果差异基因数目是个位数或者上万，那么就需要和分析人员沟通一下，查一查是否有问题。转录组学差异基因太多，注释信息太杂乱，怎么挑选目标基因？对不同的差异组合进行维恩图分析，挑选共有或者特有的差异基因作为后续的研究对象；根据前人的文献报道，挑选相关差异基因，不要局限在自己研究的物种上。RNA-Seq转录组学有着巨大的应用前景。RNA转录组学分析研究

转录组学可应用于炎症发生机制的发现及干预。上海SmalIRNA转录组学技术服务

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