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山东转录组学主要技术

来源: 发布时间:2022-01-15

转录组学和基因组学目前有实用价值吗?二者实用价值非常大,尤其是对有瘤的患者的医治,简直颠覆了传统医治的模式。转录组和基因组月在生物学研究中有着重要价值。例如研究某个基因功能的时候,可以构建该基因的敲除或者过表达生物,然后对比野生型进行转录组分析看看该基因涉及什么表达网络。此外在医学方面的应用也很大,例如在有的瘤病人中进行基因组学测序和分析能够了解其中的发生的发展的驱动基因,然后能根据发展的驱动基因研究靶向药物,从而推动瘤的药物研发和医治!转录组学无需预先设计特异性探针。山东转录组学主要技术

转录组学测序结果的影响因素?RNA的降解严重影响测序的质量,RNA降解后,加入poly-A后无法捕获纯化mRNA,因此,随机引物反转录无法得到全部的cDNA,导致测序结果出现明显的3‘-和5’-偏向。文库中的poly-A多聚物的存在会对测序信号产生干扰,影响测序结果的准确性;同时由于转录组中转录本的丰度不一致,实验前需要对样本进行均一化处理,否则高丰度的表达基因会掩盖低丰度表达基因,导致寻找新基因失败或者是获得大量无意义的重复序列。山东转录组学主要技术什么是转录组学测序?

转录组及转录组测序(RNA-seq):转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)主要通过高通量测序研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的mRNA的表达量,进而对相关基因和表型的关系进行分析。本质上讲RNA-seq就是在用一种新的方法实现“基因决定性状”的经典思路。在RNA-seq之前用于研究基因组表达分析的主要技术是基因芯片,不过由于高通量测序成本的下降,RNA-seq的运用愈来愈普遍。

转录组学为什么原核物种只能做有参转录组分析?由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子,如果按照无参转录组分析策略进行组装的话,难度较大,组装结果存在较大风险。转录组学差异基因数目多少比较合理?不同的处理,不同的研究目标,差异基因的数目是不同的,从几十个到几千个都有可能。但是如果差异基因数目是个位数或者上万,那么就需要和分析人员沟通一下,查一查是否有问题。转录组学差异基因太多,注释信息太杂乱,怎么挑选目标基因?对不同的差异组合进行维恩图分析,挑选共有或者特有的差异基因作为后续的研究对象;根据前人的文献报道,挑选相关差异基因,不要局限在自己研究的物种上。普通转录组学测序适用于哪些情况?

转录组学应用于胃肠瘤转移机制研究:circRNA是一种非编码RNA,可以多种方式参与生物学功能,如细胞增殖、细胞周期、侵袭和转移等。近年来研究发现,环状RNA可以通过海绵吸附微小RNA和RNA结合蛋白参与转录后调控,从而影响瘤耐药过程中的DNA修复、凋亡、增殖、细胞转运,以及介导瘤耐药的细胞内酶,进而在瘤耐药中发挥重要调节作用。有研究证实通过干扰环状RNA的表达,可以提高瘤对药物的敏感性,提示环状RNA可能为抗瘤药物耐药性的研究提供新的靶点。转录组学能准确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域。山东转录组学主要技术

转录组学灵敏度高,可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。山东转录组学主要技术

全转录组测序为什么需要构建两个文库?全转录组测序需要构建2个测序文库,一个小RNA文库和一个去除核糖体RNA的链特异性文库,然后分别上机测序。小RNA长度较短,一般小于50nt,采用测序策略为50SE。其他三类RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可达几万,通过片段化构建150PE测序文库。然后小RNA文库可以获得miRNA序列信息,去核糖体的链特异性文库可以获得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。山东转录组学主要技术

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