转录组学：随着越来越多的基因组序列相继被测定,生命科学的研究进入了后基因组时代,各类组学技术得到迅速地发展与普遍地应用包括以基因为研究对象的基因组学(Genomics)、以转录过程为研究对象的转录组学(Transcriptomics)。意义：1．转录组谱可以提供特定条件下某些基因表达的信息,并据此推断相应未知基因的功能,揭示特定调节基因的作用机制.2．通过基于基因表达谱的分子标签,不只可以辨别细胞的表型归属,还可以用于疾病的诊断.3．转录组的研究应用于临床的另一个例子是可以将表面上看似相同的病症分为多个亚型,尤其是对原发性恶性瘤,通过转录组差异表达谱的建立,可以详细描绘出患者的生存期以及对药物的反应等。转录组学测序必须做生物学重复么？上海全转录学组领域

全转录组测序为什么需要构建两个文库？全转录组测序需要构建2个测序文库，一个小RNA文库和一个去除核糖体RNA的链特异性文库，然后分别上机测序。小RNA长度较短，一般小于50nt，采用测序策略为50SE。其他三类RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可达几万，通过片段化构建150PE测序文库。然后小RNA文库可以获得miRNA序列信息，去核糖体的链特异性文库可以获得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。北京外泌体microRNA转录组学研究方法转录组学可应用于炎症发生机制的发现及干预。

转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的汇合，表示了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。蛋白质是生命功能的直接执行者，蛋白组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。整合转录组学和蛋白质组学的表达数据对生物样本进行研究，可以从整体上解释生物学问题，探究生物体生理和疾病机理等。转录组学应用于胃肠瘤发生机制研究：利用转录组学可检测瘤细胞恶化过程中的RNA（编码RNA及非编码RNA）的变化，有助于更好地理解胃肠瘤的发生机制。

全转录组测序：狭义的转录组默认只包含mRNA，但是广义的转录组指的是细胞或组织中所有转录产物的汇合，其中包含mRNA和非编码RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非编码RNA目前的研究多集中在具有调控功能的smallRNA（以miRNA为表示），长链非编码RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和环状RNA（circularRNA,circRNA）上，而这几类ncRNA的调控对象都和mRNA有关。因此，全转录组即包含了ncRNAs和mRNA。全转录组测序即对以上四种ncRNA进行测序，并分析这四者之间复杂的相互作用关系。转录组学分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本。

RNA-Seq转录组学技术优势：RNA-seq技术可以检测到低水平表达、未识别的转录子和新拼接亚型基因。另一方面，与基因芯片相比，RNA-Seq有一个更广的检测动态范围，可以研究编码和非编码RNA，更易于基因网络的构建、发现选择性剪切转录物，检测到等位基因的具体表达方式，也可以用来提取基因型信息。在RNA-Seq单细胞研究中，一个主要优势是可以分析整个转录序列，而不是有限制数量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他们可以相互结合使用，产生更多的生物学上重要的信息。转录组具有空间特异性的特点。上海全转录学组领域

普通转录组测序主要适用于不同的生长阶段或者发育过程。上海全转录学组领域

RNA-Seq，是基于新一代测序技术的转录组学研究方法：首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集，然后反转录为cDNA后进行的新一代高通量测序，在此基础上进行片段的拼接组装，从而可得到一个个的转录本，进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行比较分析，则可以在转录层面得到基因表达水平的变化，针对关键基因则可以进行代谢通路（Pathway）的构建。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。上海全转录学组领域

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