circRNA转录组学生物学功能:circRNA主要存在于细胞质或外泌体中,具有组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征。近几年,大量的研究表明circRNA在生物的生长发育、胁迫应答、疾病发生和发展等方面密切相关,并预测其在疾病诊断标记物等方面的应用前景,但其生物学功能在很大程度上仍然未知。目前认可度比较高的circRNA生物学功能。miRNAsponge。circRNA富含miRNA结合位点来充当miRNA海绵作用,阻止miRNA在3′非翻译区与mRNA相互作用,进而间接调控miRNA下游靶基因的表达。转录学组测序是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。贵州转录组学分析鉴定
转录组学应用于胃肠瘤转移机制研究:circRNA是一种非编码RNA,可以多种方式参与生物学功能,如细胞增殖、细胞周期、侵袭和转移等。近年来研究发现,环状RNA可以通过海绵吸附微小RNA和RNA结合蛋白参与转录后调控,从而影响瘤耐药过程中的DNA修复、凋亡、增殖、细胞转运,以及介导瘤耐药的细胞内酶,进而在瘤耐药中发挥重要调节作用。有研究证实通过干扰环状RNA的表达,可以提高瘤对药物的敏感性,提示环状RNA可能为抗瘤药物耐药性的研究提供新的靶点。南京SmalIRNA转录组学技术转录组学测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。
转录组学应用领域:农林领域:生长发育机制,抗逆胁迫机制,育种,物种保护研究等;畜牧业:生长发育机制,致病机理研究,肉类及乳制品品质研究等;海洋水产:生长发育机制,渔业资源,渔业环境与水产品安全等;微生物:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;生物医药:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,药物开发,个性化医治等;环境科学:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危害风险评估研究等;食品科学:食品储藏及加工条件优化,食品组分及品质鉴定,功能性食品开发,食品安全监检测等。
转录组学(Transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的汇合,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA(ncRNA);狭义上指所有mRNA的汇合。转录组具有很强的时间和空间特性,是基因功能及结构研究的基础和出发点,掌握了生物个体基因转录水平的变化,可深入了解其生命活动特征和调控机制。通过新一代高通量测序,能够全方面快速地获得某一物种特定组织在某一状态下的几乎所有转录本的基因序列信息。转录组学测序必须做生物学重复么?
转录组学测序流程:1、样品RNA准备。2、测序文库构建。3、DNA成簇(Cluster)扩增。4、高通量测序(Illumina)。5、数据分析。转录组的分析大致有以下几种情况:1、同一物种在发育过程中的各时间节点的基因表达特点及存在的差异;2、不同品系之间存在的差异表达基因;3、不同的外界条件处理,如细菌、病毒、光照、紫外、干旱、高温、高盐胁迫,对基因表达的影响;4、同一个体,不同组织之间的基因表达差异。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组学可以准确地识别可变剪切和融合基因。上海IncRNA转录组学分析
转录组学能准确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域。贵州转录组学分析鉴定
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