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河南宏转录学组技术服务

来源: 发布时间:2022-01-03

单细胞转录组学技术:10×genomics技术:首先在凝胶微珠上种上特定的DNA的片段,DNA的片段由三部分组成:Barcode、UMI、PolyT组成。Barcode是16个碱基的长度。一共有400万种Barcode,一个微珠是对应于一种Barcode,通过这400万种Barcode,可以把凝胶微珠给区分开(通过barcode可以把cell分开)。UMI是一段随机序列,也就是说每一个DNA分子,都有自己的UMI序列(一个微珠上有很多种UMI,通过UMI可以把RNA分子分开,并可以标记RNA分子的数量)。10个碱基长的UMI,有100万种序列的变化(4^10=1,048,576),UMI的作用是为了区分哪些reads是来自于一个原始cDNA分子区分基因片段重复还是duplication及区分是真实的SNP位点还是PCR产生的突变。通过10×genomics仪器将单个细胞与单个凝胶微珠通过油相混在一起,形成油包水的小微滴。普通转录组测序主要适用于不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。河南宏转录学组技术服务

转录组学测序有什么样的样品要求?(1)样品纯度要求:OD值应在1.8至2.2之间;电泳检测28S:18S至少大于1.8。(2)样品浓度:totalRNA浓度不低于400ng/μg。(3)totalRNA样品请置于-20℃保存;请提供totalRNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。(4)样品请置于1.5ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。建议使用干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。广州宏转录学组技术服务转录组学分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本。

全转录组测序:狭义的转录组默认只包含mRNA,但是广义的转录组指的是细胞或组织中所有转录产物的汇合,其中包含mRNA和非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA)。非编码RNA目前的研究多集中在具有调控功能的smallRNA(以miRNA为表示),长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和环状RNA(circularRNA,circRNA)上,而这几类ncRNA的调控对象都和mRNA有关。因此,全转录组即包含了ncRNAs和mRNA。全转录组测序即对以上四种ncRNA进行测序,并分析这四者之间复杂的相互作用关系。

转录组学测序结果的影响因素?RNA的降解严重影响测序的质量,RNA降解后,加入poly-A后无法捕获纯化mRNA,因此,随机引物反转录无法得到全部的cDNA,导致测序结果出现明显的3‘-和5’-偏向。文库中的poly-A多聚物的存在会对测序信号产生干扰,影响测序结果的准确性;同时由于转录组中转录本的丰度不一致,实验前需要对样本进行均一化处理,否则高丰度的表达基因会掩盖低丰度表达基因,导致寻找新基因失败或者是获得大量无意义的重复序列。基于高通量测序平台的转录组学测序技术能够全方面获得物种特定组织的转录本信息。

circRNA转录组学:是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,没有5′帽子结构和3′poly(A)结构,主要位于细胞质或储存于外泌体中,不受RNA外切酶影响,表达更稳定且不易降解,已被证明普遍存在于多种真核生物体内[1]。大多数circRNA是由外显子环化而成,也有部分circRNA是由内含子环化而成的套索结构。同时由于circRNA含有大量的miRNA应答原件(MREs),能与AGO蛋白形成RNA诱导沉默复合体(RISC)的催化关键,然后导致circRNA降解。根据来源,circRNA可大致分为四类:全外显子型的circRNA,内含子和外显子组合的EIcircRNA,内含子组成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因组、tRNA、rRNA、snRNA等环化产生的circRNA。转录学组测序能够提供更准确的数字化信号。广州宏转录学组技术服务

转录组学狭义上指所有mRNA的组合。河南宏转录学组技术服务

转录组学和基因组学目前有实用价值吗?二者实用价值非常大,尤其是对有瘤的患者的医治,简直颠覆了传统医治的模式。转录组和基因组月在生物学研究中有着重要价值。例如研究某个基因功能的时候,可以构建该基因的敲除或者过表达生物,然后对比野生型进行转录组分析看看该基因涉及什么表达网络。此外在医学方面的应用也很大,例如在有的瘤病人中进行基因组学测序和分析能够了解其中的发生的发展的驱动基因,然后能根据发展的驱动基因研究靶向药物,从而推动瘤的药物研发和医治!河南宏转录学组技术服务

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