代谢组学研究方法:代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说,代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰,然后了解不同化合物的结构,建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。另一种方法是代谢轮廓分析(metabolomic profiling),研究人员假定了一条特定的代谢途径,并对此进行更深入的研究。代谢组学主要研究的是各种代谢路径的底物。武汉植物靶向代谢组学检测价格
代谢组学什么类型的样本更适合,样本采集需要注意什么?绝大多数可以可靠收集的生物样本都适用于代谢组学研究。常见的样本主要有:临床和动物的血清、血浆、尿液、粪便、各类组织、体液;细胞和微生物、培养液和发酵液;植物的根、茎、叶、花等。代谢每时每刻都在发生变化,我们需要研究的是某个或多个瞬时状态,因此样本采集一般需要保证“快速、一致、简单”的,采集后通过低温淬灭(如液氮淬灭或低温冻存等)的方法阻止离体后的样本的代谢活动。另外,不同的检测要求也需要配合不同的收集方法,具体步骤请参照谱领生物样本收集步骤文件。贵阳常规靶向代谢组学应用代谢组学 (metabolomics)的出现是生命科学研究的必然。
代谢组学样本收集注意事项:1.对于动物组织样本无法满足50mg/样,如海马组织,大脑组织等,可考虑同组混样以达到50mg/样的要求。2.对于含水量高的果实进行取样很难保持高度均一性(如番茄的果皮、果肉等),建议将整个果实进行液氮研磨后冻干混匀,对混匀后的粉末进行称重分装,冻存。3.尽量不要使用锡箔纸以及自封袋包装样本,建议将样本液氮研磨后使用离心管/冻存管进行分装。4.在使用PBS缓冲液/超纯水进行漂洗时,需要尽快处理。5.植物各类组织样本建议都使用超纯水进行漂洗完之后,再研磨分装冻存,防止因种植过程中施加的一些肥料、农药等含有表面活性剂或其他杂质,对后续实验造成影响。
靶向代谢组学分析成功的关键因素是准确度、高通量和可靠性。靶向代谢组学鉴定一般采用 GC/MS 系统的选择性离子监测 (SIM),或在三重串联四极杆 LC/MS 系统上用多反应离子监测 (MRM) 进行靶向 MS/MS。SIM 比全扫描图谱采集具有更高的灵敏度,在单四极杆质谱中,这种灵敏度增强的原因是延长了所选择离子的采集时间。因为监测的是一个很小的质量窗口,所以质量色谱图只表示对极为特定质量的检测。在大多数情况下,灵敏度可以提高 10 倍。MRM 是进行质谱定量的选择方法,与 SIM 相比更为灵敏、更加特异。可以产生独特的碎片离子,可对非常复杂基质中的目标化合物进行监测和定量。代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似。
代谢组学比较常用到的数据分析方法:多变量分析:多变量分析方法能同时处理数百或数千个变量,并且能处理变量之间的相互关系。利用变量之间的协方差或相关性,使原始数据在较低维空间上的投影能尽可能地捕获数据中的信息。但是如果存在大量无信息变量可能会妨碍多变量分析的能力,无信息变量的数量越多,减少真阳性数量的效果就越明显。多变量分析分为无监督分析方法和有监督分析方法。在代谢组学分析中无监督学习有主成分分析只需要数据集X,而有监督分析方法主要是偏比较小二乘判别分析和正交偏比较小二乘判别分析,这类方法在分析时除了需要数据集X,还需对样品进行指定并分组, 这样分组后模型将自动加上另外一个隐含的数据集Y,通常Y的赋值用-1/1或者0/1表示类别信息。代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物(分子量<1000)。浙江脂质代谢组学多分析方法
代谢组学可以检测的样品种类有哪些?武汉植物靶向代谢组学检测价格
选择代谢组学作为科研技术手段的优势有哪些?代谢组学的研究处于生物信息流的中游,介于基因、蛋白质和细胞、组织之间,在生物信息的传递中起到承上启下的作用。小分子的产生和代谢是基因表达的下游产物,生物体液的代谢产物分析能够更直接,更准确的反映生物体的病理生理状态。代谢物的种类少,大约在103个数量级,要远小于基因和蛋白质的数据,物质的分子结构要简单得多,分析起来更简单明了。代谢组学的代谢物信息库简单,它远没有全基因组测序及大量表达序列标签的数据库那么复杂。基因和蛋白质表达的有效微小变化会在代谢物上得到放大,从而使检测更容易。代谢产物在各个生物体系中都是类似的,所以代谢组学研究中采用的技术更容易在各个领域中通用,也更容易被人接受。武汉植物靶向代谢组学检测价格
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