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山东IncRNA转录组学领域

来源: 发布时间:2022-05-18

转录组学应用领域:海洋水产:生长发育机制,渔业资源,渔业环境与水产品安全等;微生物:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;生物医药:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,药物开发,个性化医治等;环境科学:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危害风险评估研究等;食品科学:食品储藏及加工条件优化,食品组分及品质鉴定,功能性食品开发,食品安全监检测等。转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的汇合,表示了基因表达的中间状态。宏转录组学以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题。山东IncRNA转录组学领域

转录组是干什么用的,和表达谱有什么区别?转录组,指细胞某一时期所有基因的转录水平。转录组学,是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。对RNA的分析。分析应该是分几个维度的DNA到RNA,RNA的剪切拼接,RNA的翻译。表达谱有两种,分别是基因表达谱和蛋白质表达谱。基因表达谱是指细胞中所有基因表达的格局。通过比较分析基因表达谱,可从整体水平研究代谢机制,认识基因相互作用的网络关系,发现重要基因。哈尔滨全长转录学组质谱鉴定转录组广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的组合。

单细胞转录组关键步骤:单细胞的分离和捕获:温和分离,稀有细胞。转录本的捕获和扩增:RNA测序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕获效率10%(5-**NA测序需要1ngDNA,极限稀释加移液分离单细胞;显微操作分选单细胞;流式分选带有表面Marker的单细胞;激光切割实体组织;微流控技术;磁珠捕获,主要用于CTC。它的一个优点是可以结合流式细胞荧光分选(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根据表面Marker分选细胞。因此特别适合分选细胞子集用于测序。它的另一个优点是可以获得细胞形态全览图,提供另外一个维度的信息,可用于鉴定微孔中是否有损伤的细胞或双份细胞,主要缺点是通量低且每个细胞所需的工作量相当大。

什么是转录组测序?转录组广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的组合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狭义上指所有mRNA的组合。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和ncRNA。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。普通转录组测序适用于哪些情况?普通转录组测序主要适用于两大类:一是不同的生长阶段或者发育过程;二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。转录组是干什么用的,和表达谱有什么区别?

转录组学研究的方法:在早期,由于测序价格昂贵、基因序列数目有限,转录组学研究者只能进行极少数特定基因的结构功能分析和表达研究。近十几年,分子生物学技术的快速发展使高通量分析成为可能,这为真正意义上的转录组学的研究奠定了基础。这些高通量研究方法主要可以分为两类:一类是基于这类方法包括表达序列标签技术、基因表达系列分析技术、大规模平行测序技术、RNA测序技术其中,Microarray和EST技术是较早发展起来的先驱技术,SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量测序条件下的转录组学研究方法转录组学研究有助于了解特定生命过程中相关基因的整体表达情况,进而从转录水平初步揭示该生命过程的代谢网络及其调控机理。转录组学即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和。湖北高通量转录组学分析价格

转录组学测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。山东IncRNA转录组学领域

全转录组测序:狭义的转录组默认只包含mRNA,但是广义的转录组指的是细胞或组织中所有转录产物的汇合,其中包含mRNA和非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA)。非编码RNA目前的研究多集中在具有调控功能的smallRNA(以miRNA为表示),长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和环状RNA(circularRNA,circRNA)上,而这几类ncRNA的调控对象都和mRNA有关。因此,全转录组即包含了ncRNAs和mRNA。全转录组测序即对以上四种ncRNA进行测序,并分析这四者之间复杂的相互作用关系。山东IncRNA转录组学领域

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