定量N-糖基化蛋白质组学：蛋白质的N-糖基化位点修饰是重要的蛋白质翻译后修饰之一，主要在复杂的多细胞或组织形成过程中起关键作用。蛋白质的N-糖基化修饰位点具有保守的氨基酸序列NX（S/T）（其中X为除脯氨酸以外的其它氨基酸）凝集素亲和法是目前糖蛋白质组学中应用普遍的分离富集方法。凝集素（lectin）是一类糖结合蛋白质，能专一识别某一特殊结构的单糖或聚糖中特定的糖基序列而与之结合，它们与糖链可逆非共价结合，糖蛋白或糖肽被凝集素捕获之后，通常用特定的单糖通过竞争结合凝集素将糖蛋白或糖肽洗脱下来。蛋白质经过酶解后利用lectin 富集 N- 糖基化肽段，然后用 N- 糖酰胺酶（PNGase）在 H218O 中切除连接在天冬酰胺残基（Asn）上的糖链。蛋白质组学技术有电喷雾质谱。杭州TMT／iTRAQ标记定量蛋白质组学分析方法

PRM靶向蛋白质组学：是一种基于Orbitrap为表示的高分辨、高精度质谱的离子监视技术，首先利用四级杆质量分析器的选择能力，用Q1选择目标肽段的母离子，随后在collisioncell中对母离子进行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片信息。这样能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，即可对目标蛋白质/肽段进行相对(一定)定量。从而实现对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。武汉定量乙酰化蛋白质组学分析方法蛋白质组具有很高的细胞和组织特异性，不同的细胞组织表达不同的蛋白质组。

蛋白质组学，指对某一基因组所表达的所有蛋白质及其特征进行大规模、系统化地研究，以期望在蛋白质水平上解释控制复杂的生命活动的分子网络。研究的内容主要包括：组成蛋白质一级结构氨基酸的序列特征、蛋白质的丰度、蛋白质活性、蛋白质的修饰、亚细胞定位和三维结构、蛋白质之间的相互作用以及对蛋白质的高阶复合物结构。质谱技术的发展为这些研究提供了有力的技术支撑，使得许多有实际应用的蛋白质组功能研究成为可能，包括翻译后修饰的整体分析，蛋白质相互作用网络的重建和模式生物蛋白表达谱的定量研究；在临床医学和转化医学研究中也越来越多地应用到蛋白质组学技术。

蛋白质组学的分析介绍：蛋白质组学的分析主要指蛋白的生信分析，依赖于数据库的建立。现在常用的蛋白质组学生信分析有GO功能分析和KEGG通路分析。GO（gene ontology）是基因本体联合会（Gene Onotology Consortium）所建立的数据库。根据基因产物的相关分子功能、生物学途径、细胞组分而给予定义，无物种相关性。是系统分析基因功能，它将基因组的信息与基因功能联系起来，旨在揭示生命现象的遗传与化学蓝图。旨在借助计算机全方面地展示细胞和生物所包含的生物学信息；根据基因组中的信息，用计算机计算或者预测出比较复杂的细胞中的通路或者生物的复杂行为。蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。

常规蛋白质组学：Labelfree多肽组学：顾名思义，就是不使用任何标记方法，直接对肽段进行质谱鉴定和定性定量分析。实验流程简单，只需要对蛋白进行常规酶解和除盐步骤即可上机。定量方式分为两种：峰面积（Peakintensity）和峰计数（Spectralcount），常用的是峰面积。不过，由于质谱采集时只选取topN的母离子进行二级碎裂和MS2检测，所以会丢失一些丰度较低的肽段信息，缺失值比较多。TMT/iTRAQ标记定量蛋白组学：TMT全称是TandemMassTag，是经典化学标记试剂，普遍用于差异表达蛋白质组分析研究中。该技术采用6重、10重或16重同位素标签，与肽段的氨基发生共价结合反应，可实现同时对6个/10个/16个不同样品中蛋白质的定性和定量分析。（目前16标鹿明生物可提供技术服务）。蛋白质组意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。上海医学蛋白质组学研究

蛋白质组的概念指由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。杭州TMT／iTRAQ标记定量蛋白质组学分析方法

蛋白组学样本寄送前是否需要精确计数或是称量？不同样本寄送会有不同的送样要求，按照收集方法提供可以保证实验用量充足。不需要精确计数或是称量，项目开展前会进行蛋白浓度的测定，后续也是不同样本等蛋白量处理、上机检测，但是要保证每个样本的寄样量达到实验要求。常规定量蛋白组实验的主要步骤有哪些，数据分析内容包含哪些？实验步骤：首先获得生物学样本，然后进行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑胶质控，还原烷基化，酶解，获得肽段，（标记+分组分），上机检测，搜库软件搜库，数据分析；数据分析：主要分为基础数据分析、?级数据分析和个性化数据分析三个部分。基础分析主要包括差异表达蛋白筛选、层次聚类分析分析、COG注释分析、亚细胞定位分析、GO注释富集分析、KEGG注释分析、PPI分析等。杭州TMT／iTRAQ标记定量蛋白质组学分析方法