转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的汇合,表示了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。蛋白质是生命功能的直接执行者,蛋白组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。整合转录组学和蛋白质组学的表达数据对生物样本进行研究,可以从整体上解释生物学问题,探究生物体生理和疾病机理等。转录组学应用于胃肠瘤发生机制研究:利用转录组学可检测瘤细胞恶化过程中的RNA(编码RNA及非编码RNA)的变化,有助于更好地理解胃肠瘤的发生机制。相对于传统的芯片杂交平台,转录学组测序无需预先针对已知序列设计探针。上海外泌体转录组学鉴定
转录组学应用于胃肠瘤转移机制研究:circRNA是一种非编码RNA,可以多种方式参与生物学功能,如细胞增殖、细胞周期、侵袭和转移等。近年来研究发现,环状RNA可以通过海绵吸附微小RNA和RNA结合蛋白参与转录后调控,从而影响瘤耐药过程中的DNA修复、凋亡、增殖、细胞转运,以及介导瘤耐药的细胞内酶,进而在瘤耐药中发挥重要调节作用。转录组学应用领域:农林领域:生长发育机制,抗逆胁迫机制,育种,物种?;ぱ芯康龋恍竽烈担荷し⒂疲虏』硌芯?,肉类及乳制品品质研究等。贵阳单细胞转录组学技术服务转录组广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的组合。
单细胞转录组学测试步骤:第1步就是把单个细胞分选出来。分选的方式也比较多,物理切割,酶消化,FACS分选等。假如已经分到了一个单细胞,跟常规的转录组步骤上是一样的。下一步就是把单细胞里的RNA提取出来去建库测序。但是一个细胞里的RNA含量是比较少的,难建库成功。这个里面“量”的概念很有意思。比如说单细胞量少,需要特殊处理。因为单细胞里面RNA的量少,所以说整个富集的过程中会出现一部分基因在一个细胞里能检测到,在另外一个细胞里面检测不到,而每个细胞里面的检测存在一个随机性,同时单细胞测序深度比较低,所以说分析时相比于普通转录组有一些是需要特别注意,但整体的分析思路是类似的。
circRNA转录组学:是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,没有5′帽子结构和3′poly(A)结构,主要位于细胞质或储存于外泌体中,不受RNA外切酶影响,表达更稳定且不易降解,已被证明普遍存在于多种真核生物体内[1]。大多数circRNA是由外显子环化而成,也有部分circRNA是由内含子环化而成的套索结构。同时由于circRNA含有大量的miRNA应答原件(MREs),能与AGO蛋白形成RNA诱导沉默复合体(RISC)的催化关键,然后导致circRNA降解。根据来源,circRNA可大致分为四类:全外显子型的circRNA,内含子和外显子组合的EIcircRNA,内含子组成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因组、tRNA、rRNA、snRNA等环化产生的circRNA。circRNA主要存在于细胞质或外泌体中,具有组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征。
RNA-Seq转录组学技术优势:相比基因芯片和标记的碱基序列的测序方法,RNA-seq具有一定的优越性。与基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用来测量基因的表达水平情况,还可以揭示未知的转录组和拼接亚型,并为选择性拼接亚型提供定量分析。转录组学(Transcriptomics),是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科,从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速全方面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列,可以用来研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和预测新的转录本等等。转录组学广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的组合。贵阳单细胞转录组学技术服务
转录组学有高通量、更精确的数字信号。上海外泌体转录组学鉴定
RNA-seq转录组学技术优势有:1、可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度;2、灵敏度高,可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本;3、可以对任意物种进行全基因组分析,能够检测未知基因,发现新的转录本,并准确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域;4、检测范围广,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。RNA-seq转录组学是需要生物学重复的,至少需要两次生物学重复,3次以上的生物学重复更好。以3个重复为例,加上对照的三个生物学重复,一次RNA-seq需要6个样本。上海外泌体转录组学鉴定