蛋白质组学研究内容：1.蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合相关技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。2.翻译后修饰：很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原刺激等。翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。3.蛋白质功能确定：如分析酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析?？梢岳没蚯贸头匆寮际醴治龌虮泶锊?蛋白质的功能。另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。有的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具。蛋白质组学技术有生物质谱。哈尔滨Label free非标记定量蛋白质组学

常规蛋白质组学：Labelfree多肽组学：顾名思义，就是不使用任何标记方法，直接对肽段进行质谱鉴定和定性定量分析。实验流程简单，只需要对蛋白进行常规酶解和除盐步骤即可上机。定量方式分为两种：峰面积（Peakintensity）和峰计数（Spectralcount），常用的是峰面积。不过，由于质谱采集时只选取topN的母离子进行二级碎裂和MS2检测，所以会丢失一些丰度较低的肽段信息，缺失值比较多。TMT/iTRAQ标记定量蛋白组学：TMT全称是TandemMassTag，是经典化学标记试剂，普遍用于差异表达蛋白质组分析研究中。该技术采用6重、10重或16重同位素标签，与肽段的氨基发生共价结合反应，可实现同时对6个/10个/16个不同样品中蛋白质的定性和定量分析。（目前16标鹿明生物可提供技术服务）。浙江定量蛋白组学应用蛋白质组研究是对基因组研究的重要补充。

iTRAQ/TMT标记定量蛋白质组技术优势：1、结果可靠：基于高灵敏度和高分辨的串联质谱方法，定性与定量同步进行，同时得出定性和定量结果，重复样品间的蛋白表达量相关性高；2、灵敏度高：分级分离，降低样品复杂度，相比凝胶电泳观测到的蛋白变化在2倍以上，iTRAQ计算出的蛋白变化在1.3-1.6倍之间，可检测低丰度蛋白；3、分离能力强：可分离出酸/碱性蛋白，小于10KDa或大于200KDa的蛋白、难溶性蛋白等；4、自动化程度高：液质联用，自动化操作，分析速度快，分离效果好。

蛋白质组学：质谱分析蛋白质组学的基本原理主要是通过测定被测样品离子的理化性质来进行分析，根据样品的质量谱图和相关信息从而得到定性和定量结果。目前，蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间（retentiontime）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度对肽蛋白质进行鉴定和定量，即3D蛋白质组学。4D蛋白质组学在3D蛋白质组学的基础之上增加了第四维度，离子淌度（mobility），主要根据离子的形状和截面对离子进行分离，能够区分m/z差值非常小的肽段，使低丰度蛋白信号能够被区分和识别出来。4D蛋白质组学基于timsTOFPro质谱仪，结合PASEF（ParallelAccumulationSerialFragmentation，同步累积连续碎裂）与TIMS（TrappedIonMobilitySpectrometry，离子迁移谱），可重复测量所有检测离子的碰撞截面（CCS），能更快、更灵敏的进行蛋白质组定性和定量。有很多蛋白质组学研究者在工业界和医院进行相关研究和日常工作。

LabelFree(非标记蛋白质组学技术)：在非标记策略的定量模型中，主要涉及两种不同的算法：其一，以肽段的色谱峰积分面积为基础，通过比较一对生物样品中相对应到蛋白质酶解多肽的色谱积分面积而得到两者的相对丰度；其二，以肽段被质谱检测的计数为基础，通过归一化来表征被检测蛋白质的相对丰度。非标记技术认为肽段在质谱中被捕获检测的频率（Counts）与其在混合物中的丰度成正相关，因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来，从而对蛋白质进行定量。蛋白质组（Proteome）一词，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的组合。杭州医学蛋白质组学费用

蛋白质组学相关技术目前在一小部分]应用中具有独特优势。哈尔滨Label free非标记定量蛋白质组学

非标定量法(Label-free)是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关，因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种，第1种spectrumcounts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。哈尔滨Label free非标记定量蛋白质组学