蛋白翻译后修饰:蛋白质氨基酸序列的特定位置可以与化学基团或者小分子量的蛋白共价结合从而发生蛋白质翻译后修饰(post-translational modifications,PTMs)。翻译后修饰是蛋白质生物合成的一个步骤,翻译后多肽链在成为成熟的蛋白质产品之前要经过修饰,PTMs的类型包括磷酸化、乙酰化、糖基化、泛素化和二硫键等等,它导致蛋白质组复杂性的大幅增加。对于任何给定的蛋白质,各种各样的PTMs提供了一种通过改变蛋白质的结构和功能来促进细胞快速变化的方法。PTMs在信号转导、蛋白质稳定性和周转率、蛋白质与蛋白质识别和相互作用以及空间定位中起着至关重要的作用。常见的蛋白质翻译后修饰包括磷酸化。武汉乙酰化修饰蛋白质组学有哪些类型
蛋白质翻译后修饰的检测方法:质谱是蛋白质翻译后修饰检测的常用技术之一,可以用于已知和未知的翻译后修饰检测。蛋白质翻译后修饰(post-translational modifications,PTMs),如磷酸化、乙酰化、泛素化、SUMO化、糖基化等,大幅度的增加了蛋白质组的复杂性。检测蛋白质的翻译后修饰,了解它们如何工作、影响蛋白质组和调控基因组将极大地提高我们对遗传学和表观遗传学的理解。目标蛋白的PTMs研究通常需要一个富集步骤,因为修饰蛋白的丰度一般较低。大多数PTMs检测方法都是结合富集策略开发的,以比较好的识别、验证和研究目标蛋白中PTMs的功能。泛素化修饰蛋白质组学鉴定蛋白质翻译后修饰在蛋白质中磷酸化位点分析时应该注意些什么问题?
蛋白质乙酰化修饰组学定量分析:1. SILAC细胞标记,组织/细胞破碎,提取、提纯目的蛋白质(基于SILAC的乙酰化修饰组学定量)。2. 使用胰蛋白酶将目的蛋白酶解成多肽片段。3. 对多肽片段进行iTRAQ标记(基于iTRAQ的乙酰化修饰组学定量)。4. 使用高效特异性乙酰化抗体对乙酰化修饰肽段进行免疫富集。5. 使用LC-MS/MS对富集的乙酰化肽段进行序列分析。6. 数据分析,比对不同样本中蛋白乙酰化修饰水平差异,并对产生变化的生物学意义进行解释。
蛋白质磷酸化修饰组学技术优点:1、全方面性:磷酸化蛋白质组学以整个细胞蛋白为研究对象,研究内容包括了细胞内具有生命功能的蛋白,如细胞增生、细胞分裂和细胞分化等相关蛋白,因而研究更为全方面。2、可靠性:传统的生物学研究蛋白质磷酸化往往针对特定条件,以两个蛋白或更多蛋白之间的相互作用为出发点,具有局限性,缺乏整体认识。磷酸化蛋白质组学则可检测不同蛋白激酶及磷酸化酶对同一个蛋白磷酸化程度的影响,因而结果具有普遍性和可靠性。3、有效性:磷酸化蛋白质组学反映的是细胞内真实发生的事件,在一次试验中考虑了不同变量,克服了生物学中逐步添加变量的缺陷。4、探索性:磷酸化蛋白质组学以细胞内蛋白为研究对象,相对于传统的生物学研究以及蛋白质芯片,更易发现未知的新磷酸化位点和磷酸化蛋白质。如果可以联合生物学技术,则可以发现具有磷酸化或者去磷酸化功能的酶。在众多乙酰化修饰的蛋白质中,研究较多的要数细胞核中包围DNA的组蛋白了。
蛋白质修饰位点分析:基于LC-MS/MS分析能够精确测定蛋白质或多肽分子质量这一特性,从而检测蛋白质或者多肽上位点发生何种修饰。可检测修饰类型如下: 磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、丙酰化、丁酰化、丙二酰化、戊二酰化、琥珀酰化、单甲基化、二甲基化、三甲基化。1、磷酸化:信号转导、细胞周期、生长发育机理等;2、糖基化:蛋白质折叠、更新以及免疫应答等;3、乙酰化:基因表达调控、细胞凋亡、细胞代谢、蛋白质稳定性以及神经退行性的病变等;4、泛素化:细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA修复以及信号转导等;5、甲基化:染色质结构及转录调控等;6、丙酰化 / 丙二酰化 / 戊二酰化 / 琥珀酰化:主要存在于线粒体和细菌中,与代谢过程密切相关。各种蛋白质翻译后修饰在信号通路和网络中发挥着重要的作用。深圳蛋白质丙二酰化修饰组学主要方式
蛋白质磷酸化修饰组学具有可靠性。武汉乙酰化修饰蛋白质组学有哪些类型
蛋白磷酸化检测方法:质谱检测方法优势:1. 准确度高,能够同时检测多个蛋白的多个磷酸化位点。2. 适用于大规模分析蛋白磷酸化水平。3. 不依赖于磷酸化抗体。在实际应用中,Western Blot与质谱分析方法各有各的好,谁也无法完全被另一种方法所替代。所以在选择测定磷酸化修饰的时候还应该根据具体需要来决定。如果研究的蛋白正好有商业化的磷酸化抗体,那么lucky you,你可以选择Western Blot进行快速磷酸化测定研究。但是如果你所研究的蛋白质没有可用的商业化磷酸抗体,或是抗体价效过低,亦或是需要大规模地检测细胞内磷酸化蛋白的水平的话,质谱检测会是更好地选择。武汉乙酰化修饰蛋白质组学有哪些类型