定量蛋白质组学的方法学背景和意义：从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。而这些研究往往离不开对细胞、组织中含有蛋白质种类和表达量的研究。对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究，识别功能模块和路径，监控疾病的生物标志物，这些研究都需要对蛋白质进行鉴定和定量。生物质谱技术的出现和不断成熟为蛋白质差异表达分析提供了更可靠、动态范围更广的研究手段。基于质谱技术，科学家们不断开发出新的定量蛋白质组学方法，来了解细胞、组织或生物体的整体蛋白质动力学。蛋白质组意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。江苏常规蛋白质组学研究内容

定量蛋白质组学方法学介绍：iTRAQ：iTRAQ定量是目前定量蛋白质组学应用比较普遍的技术，该技术的关键原理是多肽标记和定量，将多肽的含量转化为114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8标记)，从而简化了定量的复杂性，然后通过多肽定量值回归到蛋白的定量值，从而测定出不同样本之间蛋白质的差异。iTRAQ定量不依赖样本，可检测出较低丰度蛋白，胞浆蛋白、膜蛋白、胞外蛋白等，且定量准确，可同时对8个样本进行分析，并可同时得出鉴定和定量的结果，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析。江苏常规蛋白质组学研究内容蛋白质组学技术有等电聚焦。

常规蛋白质组学：Labelfree多肽组学：顾名思义，就是不使用任何标记方法，直接对肽段进行质谱鉴定和定性定量分析。实验流程简单，只需要对蛋白进行常规酶解和除盐步骤即可上机。定量方式分为两种：峰面积（Peakintensity）和峰计数（Spectralcount），常用的是峰面积。不过，由于质谱采集时只选取topN的母离子进行二级碎裂和MS2检测，所以会丢失一些丰度较低的肽段信息，缺失值比较多。TMT/iTRAQ标记定量蛋白组学：TMT全称是TandemMassTag，是经典化学标记试剂，普遍用于差异表达蛋白质组分析研究中。该技术采用6重、10重或16重同位素标签，与肽段的氨基发生共价结合反应，可实现同时对6个/10个/16个不同样品中蛋白质的定性和定量分析。（目前16标鹿明生物可提供技术服务）。

定量蛋白质组学技术：TMT定量蛋白组学技术：TMT(TandemMassTags)定量蛋白质组学技术多肽体外标记定量技术。这种技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可用于研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。iTRAQ定量蛋白组学技术是多肽体外标记定量技术。这种技术同TMT定量蛋白组学技术相似，可研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。蛋白质组学技术的本质（从分析化学角度来看），就是对蛋白质的定性定量分析。

蛋白组学样本寄送前是否需要精确计数或是称量？不同样本寄送会有不同的送样要求，按照收集方法提供可以保证实验用量充足。不需要精确计数或是称量，项目开展前会进行蛋白浓度的测定，后续也是不同样本等蛋白量处理、上机检测，但是要保证每个样本的寄样量达到实验要求。常规定量蛋白组实验的主要步骤有哪些，数据分析内容包含哪些？实验步骤：首先获得生物学样本，然后进行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑胶质控，还原烷基化，酶解，获得肽段，（标记+分组分），上机检测，搜库软件搜库，数据分析；数据分析：主要分为基础数据分析、?级数据分析和个性化数据分析三个部分。基础分析主要包括差异表达蛋白筛选、层次聚类分析分析、COG注释分析、亚细胞定位分析、GO注释富集分析、KEGG注释分析、PPI分析等。蛋白质组的概念指由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。深圳Label free非标记定量蛋白质组学质谱鉴定

蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别。江苏常规蛋白质组学研究内容

定量蛋白质组学分析（QuantitativeProteomics）是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白，结合生物信息学揭示细胞生理病理等功能，同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。目前定量蛋白质组学技术常见标记（Label）和非标记的（LabelFree）定量策略。定量蛋白质组学技术常见的几类主要包括：LabelFree定量蛋白组分析、SILAC与免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白组学分析、SILAC/Dimethyl标记定量蛋白组分析、SWATH定量蛋白组学、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白组学分析。江苏常规蛋白质组学研究内容

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