蛋白质乙酰化修饰组学定量分析：1. SILAC细胞标记，组织/细胞破碎，提取、提纯目的蛋白质（基于SILAC的乙酰化修饰组学定量）。2. 使用胰蛋白酶将目的蛋白酶解成多肽片段。3. 对多肽片段进行iTRAQ标记（基于iTRAQ的乙酰化修饰组学定量）。4. 使用高效特异性乙酰化抗体对乙酰化修饰肽段进行免疫富集。5. 使用LC-MS/MS对富集的乙酰化肽段进行序列分析。6. 数据分析，比对不同样本中蛋白乙酰化修饰水平差异，并对产生变化的生物学意义进行解释。蛋白质修饰可检测修饰类型有磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、丙酰化、丁酰化、丙二酰化。北京泛素化修饰蛋白质组学主要方式
蛋白质翻译后修饰：蛋白质的翻译后修饰通过可逆的共价键将小分子或蛋白质与底物蛋白质上特定的氨基酸结合，调控着底物的酶活性、功能以及三级结构的变化。各种蛋白质翻译后修饰在信号通路和网络中发挥着重要的作用，翻译后修饰系统的紊乱将导致一系列疾病的发生。通过实验的方法鉴定蛋白质翻译后修饰的位点需要耗费大量的资金和时间，并且酶反应的优化常常难以实现。而计算的方法则能够快速、准确的预测酶特异性的底物蛋白质及其修饰位点。南京琥珀酰化修饰蛋白质组学一般流程泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。
蛋白质有哪些翻译后修饰？作用机制和生物学功能是什么？前体蛋白是没有活性的，常常要进行一个系列的翻译后加工，才能成为具有功能的成熟蛋白。加工的类型是多种多样的，一般分为以下几种：N-端fMet或Met的切除、二硫键的形成、化学修饰和剪切。当合成蛋白质时，20种不同的氨基酸会组合成为蛋白质。蛋白质的翻译后蛋白质其他的生物化学官能团（如醋酸盐、磷酸盐、不同的脂类及碳水化合物）会附在蛋白质上从而改变蛋白质的化学性质，或是造成结构的改变（如建立双硫键），来扩阔蛋白质的功能。再者，酶可以从蛋白质的N末端移除氨基酸，或从中间将肽链剪开。举例来说，胰岛素它会在建立双硫键后被剪开两次，并在链的中间移走多肽前体，而形成的蛋白质包含了两条以双硫键连接的多肽链。
蛋白质磷酸化修饰定义？在哺乳动物细胞生命周期中，大约有1/3的蛋白质发生过磷酸化修饰，在脊椎动物基因中，约有5%的基因编码的蛋白质是参与磷酸化和去磷酸化过程的蛋白激酶和磷酸酶。它可以通过激发、调节诸多信号通路进而参与调控生物体的生长、发育、逆境应激、疾病发生等多种生命过程，一直是生物学研究的重点与热点。蛋白磷酸化是指在激酶催化作用下把ATP或者GTP的磷酸基团（P04）转移到不同种类的氨基酸上（主要包括丝氨酸S、苏氨酸T、酪氨酸Y），从而使蛋白质发生翻译后修饰的过程。蛋白质磷酸化修饰组学具有可靠性。
蛋白质磷酸化修饰组学：磷酸化蛋白质是由蛋白激酶将ATP或GTP分子上的磷酸基团转移到底物蛋白特定的氨基酸侧链上形成的。蛋白质磷酸化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰。在哺乳动物的细胞生命周期中，至少有三分之一的蛋白质发生磷酸化修饰。磷酸化修饰参与许多信号转导途径和细胞代谢过程，且许多已知的疾病也与蛋白质的异常磷酸化有关。因此，对磷酸化蛋白质组进行定量研究，寻找差异表达的磷酸化蛋白质，有助于发现疾病的生物标志物和寻找新的具有诊疗潜力的药物靶标。常见的蛋白质翻译后修饰包括泛素化。浙江丙酰化修饰蛋白质组学分析研究
常见的蛋白质翻译后修饰包括糖基化。北京泛素化修饰蛋白质组学主要方式
蛋白磷酸化检测方法：一、Western Blot检测方法优势：1. WB方法简便，多数实验室具备Western Blot设备条件。2. 许多磷酸化抗体十分灵敏，能够检测低至10ug的蛋白样品。3. 对于丰度低的蛋白，可以先通过IP使用目标蛋白的抗体对目标蛋白进行富集，再进行WB检测被磷酸化的蛋白，检测效率可以提高几倍甚至几十倍。二、质谱检测方法：Western Blot的方法虽然简便，但是对于大规模分析复杂的生物样品的磷酸化水平就不再适用了。而质谱却能很好的解决这一问题。依靠高准确度质谱仪，如今快速准确分析细胞中高丰度蛋白的磷酸化修饰已是非常简单的事。具体的检测方法为先通过SDS-PAGE胶，或者2D-PAGE胶等分离目标蛋白，将含有目标蛋白的条带切下，胰酶消化，LC-MS/MS检测分析蛋白序列和相应位点的磷酸化修饰。这个方法适用于同时检测多个目标蛋白的磷酸化水平。北京泛素化修饰蛋白质组学主要方式
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