RNA-Seq转录组学技术优势：RNA-seq技术可以检测到低水平表达、未识别的转录子和新拼接亚型基因。另一方面，与基因芯片相比，RNA-Seq有一个更广的检测动态范围，可以研究编码和非编码RNA，更易于基因网络的构建、发现选择性剪切转录物，检测到等位基因的具体表达方式，也可以用来提取基因型信息。在RNA-Seq单细胞研究中，一个主要优势是可以分析整个转录序列，而不是有限制数量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他们可以相互结合使用，产生更多的生物学上重要的信息。转录组学是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。南京转录组学分析方法

转录组学为什么原核物种只能做有参转录组分析？由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子，如果按照无参转录组分析策略进行组装的话，难度较大，组装结果存在较大风险。转录组学差异基因数目多少比较合理？不同的处理，不同的研究目标，差异基因的数目是不同的，从几十个到几千个都有可能。但是如果差异基因数目是个位数或者上万，那么就需要和分析人员沟通一下，查一查是否有问题。转录组学差异基因太多，注释信息太杂乱，怎么挑选目标基因？对不同的差异组合进行维恩图分析，挑选共有或者特有的差异基因作为后续的研究对象；根据前人的文献报道，挑选相关差异基因，不要局限在自己研究的物种上。南京IncRNA转录组学质谱分析转录组具有组织特异性的特点。

全转录组学测序技术优势：文库优化：针对不同长度的序列采用两种文库构建方法，采用去核糖体的链特异性文库可以获得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。数据全：全转录组测序完成后可获取4类主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）数据，可对这些数据进行标准分析及整合分析。关联全：通过对mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列测定及后续分析，深入开展全转录组调控网络(ceRNA网络)分析。样本类型：细胞，组织，体液、血清、血浆、全血，总RNA等。建议总RNA起始量：＞15μg，浓度≥200ng/μL）。

转录组学测序比其他研究方法有哪些优势?转录组学测序具有以下优势：（1）可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题；（2）灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本；（3）可以对任意物种进行全基因组分析，无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析，同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并准确地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域。（4）检测范围广，高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。转录组学能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。

RNA-Seq转录组学的应用：RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析（质控，mapping，差异基因表达分析，SNV分析等）。RNA-Seq有着巨大的应用前景。在不同背景下比较mRNA水平同一物种，不同组织：研究基因在不同部分的表达情况。同一物种，同一组织：研究基因在不同处理下，不同条件下的表达变化。同一组织，不同物种：研究基因的进化关系。时间序列实验：基因在不同时期的表达情况与发育的关系?；蚍掷啵赫业较赴匾?，疾病相关，处理相关的基因表达模式，用于诊断疾病和预测等?；蛲绾屯罚夯蛟谙赴疃械墓δ?，基因间的相互作用。转录组学可以准确地识别可变剪切和融合基因。广东SmalIRNA转录组学研究内容

转录组学无需预先设计特异性探针。南京转录组学分析方法

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