全长转录组学测序：由于在转录组研究中通常所使用的第二代测序技术具有测序读长的限制，因此在进行测序之前，需要先将样本的mRNA打碎为小片段，之后再通过与参考基因组比对或拼接的方式识别转录本，这就会造成一定的错误比例，同时在也很难区分单碱基水平的差异。全长转录组测序的优势：1、全方面鉴定可变剪切；2、发现更多新基因；3、有效改善基因组注释；4、鉴定更多的LncRNA；5、准确定位融合基因。研究思路：由于全长转录组测序是基于第三代测序技术，因而其成本依然较高，如果全部研究项目均基于全长转录组，通常来说很难承担，因此，全长转录组测序一般与普通转录组测序相结合。转录学组测序是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。北京外泌体转录组学方法

普通转录组学测序适用于哪些情况？普通转录组测序主要适用于两大类：一是不同的生长阶段或者发育过程；二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。转录组学测序必须做生物学重复么？需要几个重复？生物学重复是生物实验所必须的，转录组测序也不例外，至少3次生物学重复。准备生物重复样品时，通过对实验的预先设计和控制，尽可能将与实验处理无关的背景条件控制在同一水平，减少批次效应对结果的影响。转录组学测序可以同时测到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我们通常所讲的转录组测序只能测到mRNA。但是全转录组测序通过构建两个测序文库（一是小RNA测序文库、二是lncRNA测序文库）是可以测到以上4种RNA的。济南靶向转录组学分析鉴定RNA-Seq转录组学有着巨大的应用前景。

转录组学，基因组学，蛋白质组学的区别：蛋白组学针对的是全体蛋白，组要以2D-Gel和质谱为主，分为top-down和bottom-up分析方法。理念和基因组类似，将蛋白用特定的物料化学手段分解成小肽段，在通过质量反推蛋白序列，之后进行搜索，标识已知未知的蛋白序列。转录组学研究的是某个时间点的mRNA总和，可以用芯片，也可以用测序。芯片是用已知的基因探针，测序则有可能发现新的mRNA。基因组学研究的主要是基因组DNA，使用方法目前以二代测序为主，将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。当然这只是第1步，随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作。

转录组分析是目前应用比较广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。转录组的测序分析也相对成熟，从RNA提取、构建文库、上机测序再到结果解析既可以自己完成，又可以在专业公司进行。概括来看转录组的分析流程比较简单，序列比对-转录本拼接(可选)-表达定量-差异基因-功能富集-定制分析。整个环节清晰流畅，可以作为刚开始接触高通量测序学习比较合适的技术之一。转录学组测序能够提供更高的检测通量。

转录组学测序结果的影响因素？RNA的降解严重影响测序的质量，RNA降解后，加入poly-A后无法捕获纯化mRNA，因此，随机引物反转录无法得到全部的cDNA，导致测序结果出现明显的3‘-和5’-偏向。文库中的poly-A多聚物的存在会对测序信号产生干扰，影响测序结果的准确性；同时由于转录组中转录本的丰度不一致，实验前需要对样本进行均一化处理，否则高丰度的表达基因会掩盖低丰度表达基因，导致寻找新基因失败或者是获得大量无意义的重复序列。转录组学能够检测未知基因，发现新的转录本。济南靶向转录组学分析鉴定

转录组学分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本。北京外泌体转录组学方法

RNA-Seq转录组学技术优势：相比基因芯片和标记的碱基序列的测序方法，RNA-seq具有一定的优越性。与基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用来测量基因的表达水平情况，还可以揭示未知的转录组和拼接亚型，并为选择性拼接亚型提供定量分析。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号、更高的检测通量以及更普遍的检测范围，是目前深入研究复杂性转录组的强大工具。鉴于这些优势，RNA-Seq很快就被应用到关于瘤病相关研究的多个方面。北京外泌体转录组学方法

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