代谢组学比较常用到的数据分析方法:代谢组学分析数据用于统计分析时,数据集通常为一个N × K的矩阵(X矩阵),N表示N个样本数,每一行表示一个样品, K表示K个变量,每一列表示一个变量,在代谢组学中变量通常是指代谢物含量。单变量分析方法只分别分析单个变量,不考虑多个变量的相互作用与内在联系。具有简单性、易应用性和可解释性。但是无法基于整体数据对所测样品的优劣、差异进行综合评价和分析。差异倍数变化大?。‵old Change,FC)表示实验组与对照组的含量比值,可以快速考察各个代谢物在不同组别之间的含量变化大小。代谢组学技术可应用于药物毒理学。贵州LC-MS/MS非靶向代谢组学领域
代谢组学有哪些应用?近年来,代谢组学技术得到了迅速发展,主要可应用于:功能基因组学、疾病早期诊断、病因病机研究、药物毒理学、中医药现代化、植物代谢组学、微生物代谢组学、营养学、环境科学等生命科学的各个领域。为什么要选择代谢组学?首先需要明确的是代谢组学的目标分析物主要为生物小分子及其代谢产物,如糖、有机酸、脂质、维生素、氨基酸、芳香烃之类等化合物。所以,如果关注的是小分子物质,那么采用代谢组学的方法,可以对样品内检测到的小分子物质进行定性、定量分析。同于基因组学和蛋白组学,代谢组学的研究反映某一时刻下正在发生的生命活动情况,研究代谢物的表达量、代谢物与生理病理变化的关系,能够帮助寻找新的生物标记物,发现新的代谢途径,以及更进一步深入了解目前已知的这些途径,应用于疾病的早期诊断、药物靶点的发现、疾病的病理生理研究。湖北个性化定制靶向代谢组学鉴定代谢组学技术得到了迅速发展。
GC-MS非靶向与代谢组学的关系?代谢组学是运用多种技术手段,研究生物体系中小分子代谢物(包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂质等)的种类、数量及变化规律的科学,是系统生物学的重要组成部分。其中GC-MS非靶向代谢组学是对生物体内源性代谢物进行系统全方面的分析平台。气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术因为其较为成熟、分辨率高、灵敏度高、重现性好,拥有大量标准质谱图数据库的特点,被大量地运用在植物、动物、微生物的研究中。随着信息科学和分析技术的发展,运用GC-MS非靶向代谢组学研究疾病机制和发现药物靶点的方法日趋成熟,其重要性也日益凸显。GC-MS非靶向代谢组学也在代谢性疾病等药物靶点、疾病机制研究和药物靶点发现中提供重要参考和启示。
代谢组学可以检测的样品种类有哪些?代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物(分子量<1000)。其样品主要是血浆或血清,尿液,唾液,以及细胞和组织的提取液。我们也和一些公司或单位(如茶叶公司、制酒公司、酸奶公司、医院等)合作,做过植物,微生物提取物,脑脊液,昆虫血淋巴,羊水,卵泡液,膝盖滑液,眼泪,胎盘,粪便及肠道内容物提取液等。一般代谢组学能检测出多少物质?同的质谱平台灵敏度及偏向性都不一样,而且不同平台之间具有互补性。一般来说GC/MS检测血清样品能准确定性的物质约200个左右,检测尿液样品定性的物质约200个左右,其他样品(如肝脏,粪便,肠道内容物)也在几百这个数量级。如果采用全二维GC/MS,物质的数量要更多,可达1千以上。LC/MS检测物质的数量要远比GC/MS多,但能准确定性和定量的不多,视不同的平台(TQ、QTOF等)能达到几十至2-3百个物质。代谢组学的研究处于生物信息流的中游。
代谢组学的研究对象与层次有哪些?一般来说,代谢组学关注的对象是分子量在1000以下的小分子化合物。根据研究的对象和目的不同,科学家将生物体系的代谢产物分析分为4个层次:代谢物靶标分析:某一个或几个特定组分的定性和定量分析,如某一类结构、性质相关的化合物(氨基酸、有机酸、顺二醇类)或者某一代谢途径的所有中间产物或多条代谢途径的标志性组分。代谢物指纹分析:同时对多个代谢物进行分析,不分离鉴定具体单一组分。代谢轮廓分析:限定条件下对生物体内特定组织内的代谢产物的快速定性和半定量分析。代谢组分析:对生物体或体内某一特定组织所包含的所有代谢物的定量分析,并研究该代谢物组在外界干预或病理生理条件下的动态变化规律。代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科。贵州LC-MS/MS非靶向代谢组学领域
什么是非靶向代谢组学、靶向代谢组学?贵州LC-MS/MS非靶向代谢组学领域
代谢组学样品收集方法及所需样本量是什么?(1) 血清样品: 避免反复冻融。血液收集在离心管中静置30分钟进行凝血。8000rpm离心10分钟,取上清分装到冻存管中,放置液氮中或-80度冻存;单个样本要求体积为50μL。(2) 尿液样品:临床样本请全部取清晨第1次尿液。尿液直接分装到离心管中,8000rpm离心10分钟,取上清分装到冻存管中,放置液氮中或-80度冻存,-80度冻存;单个样本要求体积为100μL。(3) 其他样本收集办法请咨询谱领工作人员。贵州LC-MS/MS非靶向代谢组学领域
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