单细胞转录组学基本概念：普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞混合到一起去提取RNA，获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞单独分出来去提取RNA，然后建库测序，获得是是单个细胞的表达值。在每个细胞里面基因的表达具有随机性，且存在异质性。而且这些细胞群中会存在不同类型的细胞，尤其是当我们对整个组织进行测序时，它们本身就是由不同类型的细胞组成的，而我们用普通转录组来测序，相当于掩盖住了这些不同的细胞类型的差异，展示的是整个组织的平均的状态，所以说单细胞从这个来看跟普通转录组就不同在是用一个细胞测，不是用一堆细胞测。转录组学能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。武汉高通量转录组学技术服务

转录组学测序有什么样的样品要求？（1）样品纯度要求：OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.8。（2）样品浓度：totalRNA浓度不低于400ng/μg。（3）totalRNA样品请置于-20℃保存；请提供totalRNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。（4）样品请置于1.5ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。建议使用干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。广东高通量转录组学主要技术转录学组测序能够提供更普遍的检测范围。

转录组分析是目前应用比较广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。转录组的测序分析也相对成熟，从RNA提取、构建文库、上机测序再到结果解析既可以自己完成，又可以在专业公司进行。概括来看转录组的分析流程比较简单，序列比对-转录本拼接(可选)-表达定量-差异基因-功能富集-定制分析。整个环节清晰流畅，可以作为刚开始接触高通量测序学习比较合适的技术之一。

转录组学为什么原核物种只能做有参转录组分析？由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子，如果按照无参转录组分析策略进行组装的话，难度较大，组装结果存在较大风险。转录组学差异基因数目多少比较合理？不同的处理，不同的研究目标，差异基因的数目是不同的，从几十个到几千个都有可能。但是如果差异基因数目是个位数或者上万，那么就需要和分析人员沟通一下，查一查是否有问题。转录组学差异基因太多，注释信息太杂乱，怎么挑选目标基因？对不同的差异组合进行维恩图分析，挑选共有或者特有的差异基因作为后续的研究对象；根据前人的文献报道，挑选相关差异基因，不要局限在自己研究的物种上。转录组学测序样品纯度要求，OD值应在1.8至2.2之间。

转录组学测序结果的影响因素？RNA的降解严重影响测序的质量，RNA降解后，加入poly-A后无法捕获纯化mRNA，因此，随机引物反转录无法得到全部的cDNA，导致测序结果出现明显的3‘-和5’-偏向。文库中的poly-A多聚物的存在会对测序信号产生干扰，影响测序结果的准确性；同时由于转录组中转录本的丰度不一致，实验前需要对样本进行均一化处理，否则高丰度的表达基因会掩盖低丰度表达基因，导致寻找新基因失败或者是获得大量无意义的重复序列。转录组学无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析。广东高通量转录组学主要技术

什么是转录组学测序？武汉高通量转录组学技术服务

什么是转录组学测序？转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的组合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的组合。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和ncRNA。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。无参转录组和有参转录组的区别？如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，且和该基因组序列比对效率较高，那么可以采用有参转录组的分析策略，直接进行分析。反之，则需要按照无参转录组的分析策略进行转录本组装，构建unigene库，然后进行后续分析。武汉高通量转录组学技术服务

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