免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）的局限性主要包括：可能检测不到低亲和力和瞬间的相互作用：低亲和力和瞬间的蛋白质-蛋白质之间的相互作用可能检测不到，这可能导致某些重要的相互作用被遗漏。不能确保直接相互作用：免疫共沉淀不能保证沉淀的蛋白复合物是由直接相互作用的两种蛋白组成。两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用。灵敏度限制：免疫共沉淀的灵敏度不如某些其他技术，如亲和色谱，这可能影响到对低丰度蛋白或微弱相互作用的研究。样本纯度要求高：如果将蛋白复合物直接进行质谱分析，需要得到较高纯度和浓度的蛋白复合物样品，这并非易事，并且成本较高。对抗体要求高：用于免疫共沉淀的抗体不是总是与操作相合适，与Western blotting或者 ELISA相比容易出现假阳性反应。免疫共沉淀实验步骤主要包括几个部分。新疆CoIP-Mass
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在agarose beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行检测，进而证明两者间的相互作用。这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。新疆CoIP-MassCo-IP外源检测灵敏可控但难模拟体内环境，内源检测真实但背景复杂，选择需权衡实验目的！
CoIP-Mass和CoIP-WB优劣势：优势：高通量获得目的蛋白的专属蛋白互作库。劣势：CoIP的蛋白库鱼龙混杂，包含目的蛋白的直接/间接互作蛋白，非特异结合，残留蛋白。常规理想IP-Mass项目可鉴定到1000-2000个蛋白，其中绝大部分是非特异性结合及清洗残留的背景蛋白，导致CoIP-Mass假阳性高，CoIP-WB验证成功率低，导致研发进展反复跌宕，时间和经费成本占用较大，严重影响士气。其次，项目受限于蛋白表达量和IP抗体有效性，达到理想状态的CoIP-Mass较难，同时分析门槛较高。因此，该项目成功实施，比较依赖成熟和有分析经验的团队。建议整包交给专业的服务商开展检测。
Co-IP（免疫共沉淀）技术的基本原理是基于抗原与抗体之间的特异性结合，从而实现对蛋白质相互作用的研究。在Co-IP实验中，研究人员使用特异性抗体与目标蛋白结合，形成抗原-抗体复合物。这个复合物随后被吸附到固化了蛋白A或G的支持物上，由于这些蛋白具有吸附抗体的能力，因此相应的抗原分子及其相互作用蛋白质也被一同吸附。这个过程称为沉淀。接下来，未被沉淀的蛋白质通过缓冲液的流洗被去除，确保只有与目标蛋白特异性结合的蛋白质被保留下来。这些被沉淀的蛋白质复合物随后被洗脱下来，并通过特定的检测方法进行分析，从而证实蛋白质之间的相互作用。Co-IP技术为深入研究蛋白质相互作用提供了有力工具，有助于揭示蛋白质的功能和调控机制。Co-IP内源检测需注意抗体选择、实验条件、样本处理及验证，确保结果准确可靠！
在CoIP（免疫共沉淀）实验中，对照组的设计对实验结果尤为重要，阳性对照组设计建议如下：1. 已知相互作用蛋白对照组：如果可能的话，使用已知与诱饵蛋白相互作用的蛋白作为阳性对照。这可以验证实验条件的可行性，以及抗体和实验方法的可靠性。2. 设置过量诱饵蛋白对照组：通过加入过量的诱饵蛋白，可以验证靶蛋白与诱饵蛋白之间的相互作用是否具有饱和性。如果加入过量诱饵蛋白后，靶蛋白的结合减少或消失，则表明相互作用具有饱和性。免疫共沉淀研究蛋白互作，高特异灵敏，简便兼容，揭示生物奥秘！新疆CoIP-Mass
Co-IP和ChIP实验对象有什么区别。新疆CoIP-Mass
CoIP-Mass和CoIP-WB检测要点：
试验设计：尽量进行试验组别设计和进行生物学重复检测，提高后续验证的阳性率。常规过表达单组（AbIPvsIgGIP）；动态互作组学（实验组vs对照组vsIg组）。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以CoIP-Mass数据进行互作组标准分析，则需要3-4组生物学重复；如果后续以寻找关键互作蛋白，进行机制深入研究，则建议1-2次生物学重复。经验显示单次重复假阳性率90%。
蛋白表达和细胞量：细胞用量要求大(2-10e7细胞量），建议不少于5e7（金标准：320g离心细胞量50μl，保障项目用量）。低表达蛋白，建议使用过表达组进行检测。蛋白表达可根据WB结果或初步根据数据库判定（ProteomicsDB；HumanProteinAtlas）。 新疆CoIP-Mass