GC-MS非靶向与代谢组学的关系?代谢组学是运用多种技术手段,研究生物体系中小分子代谢物(包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂质等)的种类、数量及变化规律的科学,是系统生物学的重要组成部分。其中GC-MS非靶向代谢组学是对生物体内源性代谢物进行系统全方面的分析平台。气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术因为其较为成熟、分辨率高、灵敏度高、重现性好,拥有大量标准质谱图数据库的特点,被大量地运用在植物、动物、微生物的研究中。随着信息科学和分析技术的发展,运用GC-MS非靶向代谢组学研究疾病机制和发现药物靶点的方法日趋成熟,其重要性也日益凸显。GC-MS非靶向代谢组学也在代谢性疾病等药物靶点、疾病机制研究和药物靶点发现中提供重要参考和启示。代谢组学 (metabolomics)的出现是生命科学研究的必然。武汉农学靶向代谢组学技术服务
LC-MS非靶向代谢组学:LCMS非靶向是通过液质联用(LC–MS)方法检测生物体受扰动或刺激前后大量代谢产物的动态变化,从中找出表达差异的代谢物,进而阐明生物体代谢相关过程的代谢组学技术。LCMS非靶向代谢组学适用于分析难挥发或热稳定性差的代谢产物,具有高通量、高分辨率、高灵敏度的特点。超高压液相色谱或超高效液相色谱(UPLC)通过采用更小粒径的色谱填料配合更高的压力,实现了更好的分离,具体包括更高的分离能力、更快的分离速度以及更好的灵敏度;串联质谱仪在MS扫描模式下,可实现高低碰撞能量快速切换,同时采集代谢物的一二级质谱信息,结合代谢组学数据处理软件对质谱信息的解析,在单次分析中可检测和鉴定几百至几千种代谢物。武汉农学靶向代谢组学技术服务代谢组学关注的对象是分子量在1000以下的小分子化合物。
代谢组学需要多少的生物学重复?生物学重复指的是相同处理的相同类型的生物样本的数量(如相同剂量给药后2小时的小鼠采集并且相同储存条件和处理方法血清样本)。相较于基因和蛋白,代谢物处于生命活动的下游,收到环境和遗传背景等因素影响较大,生物学重复少可能会放大组内差异对于整体差异的影响,进而影响结果(如准确和足够多的找出生物标志物)。因此根据不同的生物类型,需要不同的生物学重复来增加数据的可靠性和说服力。代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似。
代谢组学样品收集方法及所需样本量是什么?根据不同的检测要求,需要配合不同的样本量和样本采集方法,常规的方法和单个样本量如下:(1) 微生物和细胞样本:细胞迅速猝灭细胞并冷冻保存;单个样本细胞数量要求10^6。(2) 动物体液(如尿、血、组织、唾液):采样后要迅速预处理,如加入抗凝血剂、防腐剂,并立即冷冻处理(-80 ℃);单个样本要求体积为10μL。(3) 植物样本:采集后迅速冷冻(液氮),然后转入-80℃保存,单个样本要求质量为50mg。代谢组学与临床化学较为相似。
如何获得高质量GC/MS代谢组学数据?实验设计先不谈,在仪器分析阶段,若想获得高质量数据,有以下几个方面需要注意。1)前处理方法的一致性。不同实验人员操作方式不尽相同。因此,一个项目应当只由一个人负责前处理。推荐使用自动衍生设备,以减少人为的误差。2)检测之前需确保仪器处于比较好工作状态。仪器的控制软件都有系统自检功能,可以快速便捷地核查质谱仪器的状态。但更重要的是气相色谱状态,推荐使用一组混标作为仪器质控。在每一个项目开始之前,先进行质控样检测,确认气相色谱的分离度和质谱的整体响应。3)后期数据矫正,特别是对于大样本项目。我们可以在检测序列中加入随行质控样本(每个样品取少量后混合),在后期数据处理时,使用质控样本结合如LOESS之类的算法对整体数据进行矫正。代谢组学的发展很迅速。哈尔滨靶向代谢组学定量分析
代谢组学是继基因组学、蛋白质组学、转录组学后出现的新兴“组学”。武汉农学靶向代谢组学技术服务
代谢组学究竟是一门什么样的研究方向?首先定义什么是代谢组学。简单的说就是研究生物体对内外刺激的整体代谢应答规律。那么为什么代谢组学是基因组,转录组,蛋白质组的下游。我们研究它到底有什么意义。中心法则告诉我们了遗传信息的流向,的执行者蛋白质中很多酶参与了体内的代谢过程。基因测序数量太大,而且基因水平解释问题往往很吃力。因为基因的调控和生物学事件之间隔了一个很漫长的信号转导过程。蛋白同理,一是蛋白种类巨大,二是蛋白组学发展进入瓶颈;发展代谢组是因为代谢物种类只有不到1w种,建立它的差异分析更加简单,同时在价格等方面更有推广的意义。武汉农学靶向代谢组学技术服务
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