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湖北高通量转录组学应用

来源: 发布时间:2022-01-07

RNA-seq转录组学:也被称为整个转录组鸟测序(wts)。RNA-seq包含三个步骤:测序文库的建立,在特定平台中测序和生物信息学分析。RNA-Seq是一种基于NGS技术的新的转录分析方法。采用NGS技术对从感兴趣的RNA样本序列反转录得到的cDNA进行测序。简而言之,就是对剪切变体、转录后RNA编辑、内含子表达水平和特定等位基因的表达情况进行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在对基因组测序和分析研究的同时,复杂的转录组研究也普遍发展起来。利用高通量测序技术平台分析转录组的结构和表达水平情况,更能挖掘未知转录本和稀有转录本信息,精确地识别RNA的选择性剪切以及编码序列的单核苷酸多态性(SPN),进一步解析复杂的转录组信息。转录组学可应用于表达差异的研究。湖北高通量转录组学应用

RNA-seq转录组学技术优势有:1、可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度;2、灵敏度高,可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本;3、可以对任意物种进行全基因组分析,能够检测未知基因,发现新的转录本,并准确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域;4、检测范围广,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。RNA-seq转录组学是需要生物学重复的,至少需要两次生物学重复,3次以上的生物学重复更好。以3个重复为例,加上对照的三个生物学重复,一次RNA-seq需要6个样本。贵阳单细胞转录组学主要技术转录学组测序能够提供更准确的数字化信号。

转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组学(transcriptomics),是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。转录组学(transcriptomics),是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。

转录组学(Transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的汇合,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA(ncRNA);狭义上指所有mRNA的汇合。转录组具有很强的时间和空间特性,是基因功能及结构研究的基础和出发点,掌握了生物个体基因转录水平的变化,可深入了解其生命活动特征和调控机制。通过新一代高通量测序,能够全方面快速地获得某一物种特定组织在某一状态下的几乎所有转录本的基因序列信息。转录组学能够检测未知基因,发现新的转录本。

全转录组测序为什么需要构建两个文库?全转录组测序需要构建2个测序文库,一个小RNA文库和一个去除核糖体RNA的链特异性文库,然后分别上机测序。小RNA长度较短,一般小于50nt,采用测序策略为50SE。其他三类RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可达几万,通过片段化构建150PE测序文库。然后小RNA文库可以获得miRNA序列信息,去核糖体的链特异性文库可以获得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组学能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。湖北高通量转录组学应用

转录组学可以对任意物种进行全基因组分析。湖北高通量转录组学应用

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