转录组学(Transcriptomics),是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科,从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速全方面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列,可以用来研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和预测新的转录本等等。转录组(transcriptome),是指特定生长阶段某组织或细胞内所有转录产物的汇合,狭义上指所有mRNA的汇合。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组学无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析。四川IncRNA转录组学技术分析
宏转录学组概念:宏转录组测序是对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序,直接获得该环境中所有微生物转录组信息的一种测序技术的新应用。宏转录组中不只包含有微生物的物种信息,还有微生物的基因表达信息。如果说宏基因组能告诉我们微生物群,那么宏转录组则能告诉我们这些微生物,这有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物与环境、疾病、动植物等关系的机制。宏转录组分析:从以G为单位的高通量测序数据中获取研究所需的微生物种类、基因、通路等信息是进行宏转录组研究必须经历的一步。现在网络上分析组学数据的工具五花八门。能否从众多组学工具中选择出适合分析宏转录组数据的软件,能否搭建一套完整、快速、高效、灵敏、高精确的宏转录组分析pipline,直接关乎到后期数据分析的进行。广州全转录学组分析研究转录组学可应用于炎症发生机制的发现及干预。
RNA-Seq转录组学的应用:RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析(质控,mapping,差异基因表达分析,SNV分析等)。RNA-Seq有着巨大的应用前景。在不同背景下比较mRNA水平同一物种,不同组织:研究基因在不同部分的表达情况。同一物种,同一组织:研究基因在不同处理下,不同条件下的表达变化。同一组织,不同物种:研究基因的进化关系。RNA-Seq,是基于新一代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集,然后反转录为 cDNA后进行的新一代高通量测序,在此基础上进行片段的拼接组装,从而可得到一个个的转录本,进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。
转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组学(transcriptomics),是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。转录组学(transcriptomics),是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录学组测序能够提供更普遍的检测范围。
circRNA转录组学:是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,没有5′ 帽子结构和3′ poly(A)结构,主要位于细胞质或储存于外泌体中,不受RNA外切酶影响,表达更稳定且不易降解,已被证明普遍存在于多种真核生物体内。大多数circRNA是由外显子环化而成,也有部分circRNA是由内含子环化而成的套索结构。转录组学为什么原核物种只能做有参转录组分析?由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子,如果按照无参转录组分析策略进行组装的话,难度较大,组装结果存在较大风险。转录组学是研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出所有 RNA 的学科。广州全转录学组分析研究
转录组学能准确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域。四川IncRNA转录组学技术分析
单细胞转录组学技术:10×genomics技术:首先在凝胶微珠上种上特定的DNA的片段,DNA的片段由三部分组成:Barcode、UMI、PolyT组成。Barcode是16个碱基的长度。一共有400万种Barcode,一个微珠是对应于一种Barcode,通过这400万种Barcode,可以把凝胶微珠给区分开(通过barcode可以把cell分开)。UMI是一段随机序列,也就是说每一个DNA分子,都有自己的UMI序列(一个微珠上有很多种UMI,通过UMI可以把RNA分子分开,并可以标记RNA分子的数量)。10个碱基长的UMI,有100万种序列的变化(4^10=1,048,576),UMI的作用是为了区分哪些reads是来自于一个原始cDNA分子区分基因片段重复还是duplication及区分是真实的SNP位点还是PCR产生的突变。通过10×genomics仪器将单个细胞与单个凝胶微珠通过油相混在一起,形成油包水的小微滴。四川IncRNA转录组学技术分析