宏转录组学也称为环境转录组学,指从整体水平上研究某一特定环境、特定时期菌群群体全部基因转录情况以及转录调控规律,以揭示微生物在不同环境压力下的适应机制,探索环境与微生物之间的相互作用机理。其适用范围包括人体微生态、环境、工业、农业等领域。宏转录组学以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。应用领域:包括肠道微生物、口腔微生物、粪便微生物、人体组织微生物。普通转录组学测序适用于哪些情况?贵州转录组学领域
单细胞转录组学技术:单细胞转录组目前主要有三种方法:SMART扩增技术、10×genomics技术及Andeplete技术。SMART扩增技术比较关键的技术,就是设计了2个特殊的引物。再配合用MMLV逆转录酶进行逆转录。特殊引物1由中间PolyT序列加上一段通用序列及3’末端两个简并碱基构成,但在PolyT的3’端倒数第二个碱基是A、C、G而非T的简并碱基,而倒数第1个为简并碱基,这样做的好处是让它正好结合在mRNA的3’端连到Poly(A)尾巴的这个连接处,而不会结合到mRNA的别的地方。这样就保证了逆转录的起始位置正好是mRNA的3’端的序列终止位置。MMLV逆转录酶,这个酶有个特点,就是它在转录到mRNA的5’端末端的时侯,会在新合成的cDNA的3’末端,多加出几个C碱基来。贵州转录组学领域转录组学测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。
单细胞转录组学技术:单细胞转录组目前主要有三种方法:SMART扩增技术、10×genomics技术及Andeplete技术。SMART扩增技术比较关键的技术,就是设计了2个特殊的引物。再配合用MMLV逆转录酶进行逆转录。特殊引物1由中间PolyT序列加上一段通用序列及3’末端两个简并碱基构成,但在PolyT的3’端倒数第二个碱基是A、C、G而非T的简并碱基,而倒数第1个为简并碱基,这样做的好处是让它正好结合在mRNA的3’端连到Poly(A)尾巴的这个连接处,而不会结合到mRNA的别的地方。这样就保证了逆转录的起始位置正好是mRNA的3’端的序列终止位置。
RNA-seq转录组学:也被称为整个转录组鸟测序(wts)。RNA-seq包含三个步骤:测序文库的建立,在特定平台中测序和生物信息学分析。RNA-Seq是一种基于NGS技术的新的转录分析方法。采用NGS技术对从感兴趣的RNA样本序列反转录得到的cDNA进行测序。简而言之,就是对剪切变体、转录后RNA编辑、内含子表达水平和特定等位基因的表达情况进行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在对基因组测序和分析研究的同时,复杂的转录组研究也普遍发展起来。利用高通量测序技术平台分析转录组的结构和表达水平情况,更能挖掘未知转录本和稀有转录本信息,精确地识别RNA的选择性剪切以及编码序列的单核苷酸多态性(SPN),进一步解析复杂的转录组信息。转录组学测序结果的影响因素?
转录组学技术:转录组学(transcriptomics),是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。优势:高通量、更精确的数字信号;在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测;分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本;准确地识别可变剪切和融合基因。应用方向:植物生长机制的发现及干预;炎症发生机制的发现及干预;表达差异的研究;基因点突变及多态性检测。转录组学测序有什么样的样品要求?贵州IncRNA转录组学研究内容
转录学组测序可对任意物种的整体转录活动进行检测。贵州转录组学领域
什么是转录组测序?转录组广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的组合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狭义上指所有mRNA的组合。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和ncRNA。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。普通转录组测序适用于哪些情况?普通转录组测序主要适用于两大类:一是不同的生长阶段或者发育过程;二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。贵州转录组学领域