蛋白质组学研究内容：1.蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合相关技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。2.翻译后修饰：很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原刺激等。翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。3.蛋白质功能确定：如分析酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析。可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能。另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。有的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具。定量蛋白质组学通过对蛋白质的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境条件下的表达情况。贵州高通量蛋白质组学应用

蛋白质组学技术：蛋白质组学技术的发展已经成为现代的生物技术快速发展的重要支撑，并将带领生物技术取得关键性的突破。为帮助生命科学领域的工作者全方面掌握蛋白质组学的技术与方法、实验难点与关键点、研究前沿与热点，包括双向凝胶电泳、等电聚焦、生物质谱分析及非凝胶技术。双向凝胶电泳：双向凝胶电泳的原理是第1向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开。由于双向电泳技术在蛋白质组与医学研究中所处的重要位置，它可用于蛋白质转录及转录后修饰研究，蛋白质组的比较和蛋白质间的相互作用，细胞分化凋亡研究，致病机制及耐药机制的研究，疗效监测，新药开发，病症研究，蛋白纯度检查，小量蛋白纯化，新替代疫苗的研制等许多方面。近年来经过多方面改进已成为研究蛋白质组的比较有使用价值的关键方法。广州TMT／iTRAQ标记定量蛋白质组学主要技术蛋白质组的复杂性也远远高于基因组，这是因为一个基因≠一个转录产物≠一个蛋白质。

蛋白质组学技术发展方面：蛋白质组学的研究方法将出现多种技术并存，各有优势和局限的特点，而难以象基因组研究一样形成比较一致的方法。除了发展新方法外，更强调各种方法间的整合和互补，以适应不同蛋白质的不同特征。另外，蛋白质组学与其它学科的交叉也将日益明显和重要，这种交叉是新技术新方法的活水之源，特别是，蛋白质组学与其它大规模科学如基因组学，生物信息学等领域的交叉，构成组学（omics）生物技术研究方法，所呈现出的系统生物学（System Biology）研究模式，将成为未来生命科学比较令人激动的新前沿。

蛋白质组学研究策略有什么？“自顶向下”策略并不依赖于蛋白酶的酶切，而是直接鉴定完整蛋白质，在翻译后修饰和蛋白质同素异构体鉴定方面有一些潜在的优势。可是该策略的缺陷是蛋白质在气相中分离、电离及碎裂都十分困难。而鸟管法蛋白质组学由于将蛋白质酶解成肽段，使其在气相中更容易被分离、电离和碎裂；所以鸟管法蛋白质组学在蛋白质组学研究中得到了比较普遍的应用。“自中向下”策略也依赖于蛋白酶的酶切，但是由于采用了另外的酶，比如OmpT，只能酶切(Lys/Arg-Lys/Arg)，因此酶切之后的分子量较大，更利于后续的蛋白组装环节。定量蛋白质组学技术主要分为标记（label）和非标记（label free）定量策略。

蛋白组究竟研究的是什么呢？第1，蛋白质定性，或者说大规模检测某些蛋白质是否存在于样品当中；第2，蛋白质定量，也就是大规模检测某些蛋白质的含量（包括一定含量与相对含量）；第3，蛋白质翻译后修饰，这些修饰主要包括磷酸化，泛素化，糖基化，乙酰化等等，也包括对这些翻译后修饰的定量研究。这三大块中所提到的大规模，既可以是样品数量的大规模高通量，也可以是少量样本中蛋白数量的大规模高通量。研究原因：首先，由于翻译调控和翻译后调控的存在，RNA的表达量与实际对应蛋白质的含量相关性并不高，就简单地测试了酵母中mRNA和对应蛋白质的定量相关性，结果是，低丰度蛋白与mRNA的相关性尤其低，而高丰度蛋白和其mRNA的相关性则高，经过平均后r值只为0.4。蛋白质组学的分析主要指蛋白的生信分析，依赖于数据库的建立。深圳定量乙酰化蛋白质组学一般流程

蛋白质组研究不只可以实现与基因组的关联，揭示生命活动的发生规律。贵州高通量蛋白质组学应用

PRM靶向定量蛋白质组学分析流程是怎样的？要做PRM首先要明确目标蛋白（或多肽）是什么，设计和建立针对这些目标蛋白PRM质谱采集方法，然后对待测样品进行PRM数据采集，将得到的原始谱图数据导入分析软件提取子离子信息进行定量。另外，如果配制已知浓度的标准肽段，用PRM额外做一个标准曲线，即可实现一定的定量。PRM靶向定量蛋白质组学技术能应用到哪些方面？研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通过PRM技术来实现。具体说来，比如验证定量蛋白质组学中某些蛋白的变化，多肽的相对和一定的定量，想做蛋白定量却没有抗体，针对蛋白修饰位点的定量，想同时定量多个蛋白的情况等，都可以用PRM来做。贵州高通量蛋白质组学应用