宏转录组分析：从以G为单位的高通量测序数据中获取研究所需的微生物种类、基因、通路等信息是进行宏转录组研究必须经历的一步。现在网络上分析组学数据的工具五花八门。能否从众多组学工具中选择出适合分析宏转录组数据的软件，能否搭建一套完整、快速、高效、灵敏、高精确的宏转录组分析pipline，直接关乎到后期数据分析的进行。这种技术不只具有宏基因组技术的全部优点，可以检测环境中的活性微生物、活性转录本以及活性功能进行研究，还可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径，揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，探索环境与微生物之间的互作机理。转录组学包括：mRNA、ncRNA、rRNA等。江苏转录组学技术

转录组学测序类型：1.根据RNA种类：可以分为mRNA测序，SmallRNA测序，LncRNA测序、CircRNA测序、全转录组测序等。2.根据物种特点：比如真核生物或者原核生物，是否有参考基因组，测序平台的不同，分为真核有参和无参转录组测序，原核转录组测序，全长转录组测序等。3.根据相互关系：分为互作转录组，比较转录组等等；此外，基因组甲基化会影响到基因的转录调控，也属于转录调控测序范畴；还有用于研究转录因子与DNA的交互作用或组蛋白修饰在基因组上的分布的ChIP-Seq，研究RNA与蛋白互作关系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。江苏转录组学技术转录组学无需预先设计特异性探针。

单细胞转录组学技术：10×genomics技术：首先在凝胶微珠上种上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分组成：Barcode、UMI、PolyT组成。Barcode是16个碱基的长度。一共有400万种Barcode，一个微珠是对应于一种Barcode，通过这400万种Barcode，可以把凝胶微珠给区分开（通过barcode可以把cell分开）。UMI是一段随机序列，也就是说每一个DNA分子，都有自己的UMI序列（一个微珠上有很多种UMI，通过UMI可以把RNA分子分开，并可以标记RNA分子的数量）。10个碱基长的UMI，有100万种序列的变化（4^10=1,048,576），UMI的作用是为了区分哪些reads是来自于一个原始cDNA分子区分基因片段重复还是duplication及区分是真实的SNP位点还是PCR产生的突变。通过10×genomics仪器将单个细胞与单个凝胶微珠通过油相混在一起，形成油包水的小微滴。

转录组学技术路线及研究意义：转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更准确的数字化信号，更高的检测通量以及更普遍的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全方面获得物种特定组织的转录本信息，从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节。

什么是转录组测序？转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的组合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的组合。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和ncRNA。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。普通转录组测序适用于哪些情况？普通转录组测序主要适用于两大类：一是不同的生长阶段或者发育过程；二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。转录组学差异基因太多，注释信息太杂乱，怎么挑选目标基因？宏转录学组定性分析

转录组学有高通量、更精确的数字信号。江苏转录组学技术

RNA-Seq转录组学技术优势：相比基因芯片和标记的碱基序列的测序方法，RNA-seq具有一定的优越性。与基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用来测量基因的表达水平情况，还可以揭示未知的转录组和拼接亚型，并为选择性拼接亚型提供定量分析。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号、更高的检测通量以及更普遍的检测范围，是目前深入研究复杂性转录组的强大工具。鉴于这些优势，RNA-Seq很快就被应用到关于瘤病相关研究的多个方面。江苏转录组学技术