蛋白质学组翻译后修饰的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一种替代方法，分析组蛋白时其原理类似于自下而上分析策略。在使用这种分析方法时，通常需要将被检测蛋白质消化成3-9kDa范围内的肽段，因此也无法保证检测到的肽段的完整性。但是，由于仪器的进步和保留了组蛋白尾部的组合修饰，自中而下分析法正逐渐受到欢迎。自中而下更接近于自下而上法的灵敏度。自上而下：自上而下技术可以直接对完整的蛋白质进行测序，包括翻译后修饰的蛋白质和其他大的蛋白质片段，而不只是肽段。这可以比较大程度地保留与PTMs相关的信息，使其适用于组蛋白的全方面表征和分析。自上而下技术对蛋白质的有效分辨率已达到229kDa，一次可以检测到的蛋白质数量也在增加。蛋白质磷酸化修饰组学具有探索性。济南泛素化修饰蛋白质组学主要技术

蛋白质翻译后修饰组学：翻译后修饰自下而上分析策略：自下而上蛋白质组学是一种基于肽段分析的技术。对于不同类型的翻译后修饰，具体的分析策略存在差异。蛋白质的糖基化具有异质性。不同的糖链可以连接到同一位点上，不同位点可以连接到同一蛋白质上的不同糖链上。糖基化的异质性严重阻碍了糖蛋白的分离和分析。不同糖类型的相同蛋白质，在电泳上会出现分散的条带，导致信号分散。此外，对低丰度蛋白质的识别性差导致糖蛋白在色谱图中分离不佳，质谱中有一簇分子量不准确的分辨不清的峰。目前，蛋白糖基化研究的主要策略是利用现有的技术体系对糖基化蛋白的糖基化肽段进行分离和富集，消除糖基化的异质性及其对质谱的影响，标记糖基化位点。济南亚硝基化修饰蛋白质组学主要技术质谱可以分辨蛋白质修饰前和修饰后分子量上的变化。

蛋白翻译后修饰组学技术在准确医学中的应用：尽管目前大数据的获得会采用基因组学和转录组学，但是关键的发现还是依赖蛋白质组数据而得到的。近来越来越多的研究表明蛋白组学驱动的准确的医学具有极大的实用性和普适性，蛋白组学的研究更加速了临床转化的进程。蛋白翻译后修饰（post-ranslational modification, PTM)赋予了蛋白种类的丰富性及蛋白功能的多样化，研究蛋白翻译后修饰不只可以确定蛋白修饰（磷酸化、泛素化、酰化、甲基化、SUMO化等）或蛋白酶裂解的新位点，还可以发现生物标记物及探索药物/化学调节物的作用机制。

蛋白质磷酸化修饰鉴定方法：质谱鉴定法：在质谱分析中，先使试样中各组分电离生成不同荷质比的离子，然后经加速电场的作用，生成离子束，进入质量分析器。在质量分析器中，在磁场的作用下，质荷比相同的离子会被聚焦到同一点上，不同质荷比的离子聚焦于不同点上，因此获得区分不同质荷比离子的质谱图。与未经修饰的肽段相比，磷酸基团修饰的肽段在相对分子质量上就会增加79.983，由此在质谱图中能够与未修饰肽段进行区分。固相金属离子亲和色谱利用的是磷酸基团与固相化的金属离子有高亲和力,可有效吸附磷酸化基团，从而达到富集磷酸化肽段的效果。鳌合底物上的金属离子通常是Fe3+或Ga3+，可以选择性地与磷酸化肽中的磷酸部分相结合,并且在高pH或磷酸缓冲液中磷酸化肽可以释放出来。但是这个方法不能够有效富集不与IMAC结合的磷酸化肽段。蛋白质发生翻译后修饰时其分子质量会发生响应的改变，通过质谱能够精确测定蛋白质或多肽的分子质量。

蛋白质修饰位点分析：基于LC-MS/MS分析能够精确测定蛋白质或多肽分子质量这一特性，从而检测蛋白质或者多肽上位点发生何种修饰。可检测修饰类型如下： 磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、丙酰化、丁酰化、丙二酰化、戊二酰化、琥珀酰化、单甲基化、二甲基化、三甲基化。1、磷酸化：信号转导、细胞周期、生长发育机理等；2、糖基化：蛋白质折叠、更新以及免疫应答等；3、乙酰化：基因表达调控、细胞凋亡、细胞代谢、蛋白质稳定性以及神经退行性的病变等；4、泛素化：细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA修复以及信号转导等；5、甲基化：染色质结构及转录调控等；6、丙酰化 / 丙二酰化 / 戊二酰化 / 琥珀酰化：主要存在于线粒体和细菌中，与代谢过程密切相关。泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。上海蛋白质丙酰化修饰组学鉴定

蛋白质翻译后修饰在蛋白质中磷酸化位点分析时应该注意些什么问题？济南泛素化修饰蛋白质组学主要技术

翻译后修饰蛋白的检测方法：翻译后修饰蛋白的检测技术包括有免疫沉淀、western blot、质谱技术、体外生化分析等。其中，免疫沉淀是大多数翻译后修饰检测中的关键步骤，它利用蛋白特异性抗体或某种翻译后修饰的特异性抗体来富集目标蛋白，之后再用western blot或质谱技术分析目标蛋白。Western blot和质谱技术均可用于蛋白质翻译后修饰的下游检测，其中Western blot相对简单但依赖于特异性抗体且无法识别单个蛋白质变化，质谱则可以检测包括未知PTM在内的几乎所有的PTMs但成本更高需要专业知识来分析产生的大量数据。研究人员可以根据成本、有无可用抗体，以及有没有目标等选择合适的方法进行检测。济南泛素化修饰蛋白质组学主要技术

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