蛋白质组学在医学的研究应用：蛋白质组学(Proteomics)是研究细胞、组织或生物体中蛋白质组成、定位、变化及其相互作用规律的科学。labelfree-非标定量法分析技术方法：非标定量法[Labelfree]是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。蛋白质非标记定量技术（LabelFree）是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。蛋白质组（Proteome）一词，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的组合。南京高通量蛋白质组学质谱鉴定

定量蛋白质组学方法学介绍：Label-free：Label-free定量，即非标记的定量蛋白质组学，不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free定量不需要标记处理，操作简单，可以做任意样本的总蛋白质差异定量，但对实验操作的稳定性、重复性要求较高，准确性也较标记定量差。因此，Label-free技术适合于大样本量的定量比较，以及对无法用标记定量实现的实验设计。江苏Label free多肽组学研究蛋白质组学包括蛋白质的表达水平。

常规蛋白质组学：Labelfree多肽组学：顾名思义，就是不使用任何标记方法，直接对肽段进行质谱鉴定和定性定量分析。实验流程简单，只需要对蛋白进行常规酶解和除盐步骤即可上机。定量方式分为两种：峰面积（Peakintensity）和峰计数（Spectralcount），常用的是峰面积。不过，由于质谱采集时只选取topN的母离子进行二级碎裂和MS2检测，所以会丢失一些丰度较低的肽段信息，缺失值比较多。TMT/iTRAQ标记定量蛋白组学：TMT全称是TandemMassTag，是经典化学标记试剂，普遍用于差异表达蛋白质组分析研究中。该技术采用6重、10重或16重同位素标签，与肽段的氨基发生共价结合反应，可实现同时对6个/10个/16个不同样品中蛋白质的定性和定量分析。（目前16标鹿明生物可提供技术服务）。

蛋白质组学：质谱分析蛋白质组学的基本原理主要是通过测定被测样品离子的理化性质来进行分析，根据样品的质量谱图和相关信息从而得到定性和定量结果。目前，蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间（retentiontime）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度对肽蛋白质进行鉴定和定量，即3D蛋白质组学。4D蛋白质组学在3D蛋白质组学的基础之上增加了第四维度，离子淌度（mobility），主要根据离子的形状和截面对离子进行分离，能够区分m/z差值非常小的肽段，使低丰度蛋白信号能够被区分和识别出来。4D蛋白质组学基于timsTOFPro质谱仪，结合PASEF（ParallelAccumulationSerialFragmentation，同步累积连续碎裂）与TIMS（TrappedIonMobilitySpectrometry，离子迁移谱），可重复测量所有检测离子的碰撞截面（CCS），能更快、更灵敏的进行蛋白质组定性和定量。蛋白质组可以随着组织、甚至环境状态的不同而改变。

Labelfree非标记定量蛋白质组学技术特点：（1）不需要标记处理，操作简单，成本低、实验周期短；（2）每个样品单独处理、上机；（3）可以做任意样本的总蛋白质差异定量，样品类型不受限制；（4）对单个样品的蛋白总量要求相对较低，对于组织本身蛋白量不高，可以选择Label-Free，适用于一些难收集样品；（5）定性没有问题，但是定量的准确性较标记定量稍差，会受到质谱稳定性等因素的影响；（6）适合于大样本量的定量比较（大于24个样本）。蛋白质组学在医学的研究应用：蛋白质组学(Proteomics)是研究细胞、组织或生物体中蛋白质组成、定位、变化及其相互作用规律的科学。蛋白质组学相关技术目前在一小部分]应用中具有独特优势。贵阳PRM靶向定量蛋白质组学项目

生物质谱技术是蛋白质组学研究中比较重要的鉴定技术。南京高通量蛋白质组学质谱鉴定

蛋白质组学技术：蛋白质组学技术的发展已经成为现代的生物技术快速发展的重要支撑，并将带领生物技术取得关键性的突破。为帮助生命科学领域的工作者全方面掌握蛋白质组学的技术与方法、实验难点与关键点、研究前沿与热点，包括双向凝胶电泳、等电聚焦、生物质谱分析及非凝胶技术。双向凝胶电泳：双向凝胶电泳的原理是第1向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开。由于双向电泳技术在蛋白质组与医学研究中所处的重要位置，它可用于蛋白质转录及转录后修饰研究，蛋白质组的比较和蛋白质间的相互作用，细胞分化凋亡研究，致病机制及耐药机制的研究，疗效监测，新药开发，病症研究，蛋白纯度检查，小量蛋白纯化，新替代疫苗的研制等许多方面。近年来经过多方面改进已成为研究蛋白质组的比较有使用价值的关键方法。南京高通量蛋白质组学质谱鉴定

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