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深圳SmalIRNA转录组学定性分析

来源: 发布时间:2022-03-22

什么叫转录组学?广义转录组是指生命单元(通常是一种细胞)中所有按基因信息单元转录和加工的RNA分子(包括编码和非编码RNA功能单元),或者是一个特定细胞所有转录本的总和.它的研究对象就是这些RNA与蛋白质分子和它们所组成的基因功能网络以及它们与细胞功能的关系.而狭义转录组是指可直接参与翻译蛋白质的mRNA总和.研究生物细胞中转录组的发生和变化规律的科学就称为转录组学(tran—scriptomics)。转录组学即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录学组测序可对任意物种的整体转录活动进行检测。深圳SmalIRNA转录组学定性分析

转录组及转录组测序(RNA-seq):转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)主要通过高通量测序研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的mRNA的表达量,进而对相关基因和表型的关系进行分析。本质上讲RNA-seq就是在用一种新的方法实现“基因决定性状”的经典思路。在RNA-seq之前用于研究基因组表达分析的主要技术是基因芯片,不过由于高通量测序成本的下降,RNA-seq的运用愈来愈普遍。杭州全转录学组研究方法转录组学测序可以同时测到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?

单细胞转录组学基本概念:普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞混合到一起去提取RNA,获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞单独分出来去提取RNA,然后建库测序,获得是是单个细胞的表达值。在每个细胞里面基因的表达具有随机性,且存在异质性。而且这些细胞群中会存在不同类型的细胞,尤其是当我们对整个组织进行测序时,它们本身就是由不同类型的细胞组成的,而我们用普通转录组来测序,相当于掩盖住了这些不同的细胞类型的差异,展示的是整个组织的平均的状态,所以说单细胞从这个来看跟普通转录组就不同在是用一个细胞测,不是用一堆细胞测。

转录组学:随着越来越多的基因组序列相继被测定,生命科学的研究进入了后基因组时代,各类组学技术得到迅速地发展与普遍地应用包括以基因为研究对象的基因组学(Genomics)、以转录过程为研究对象的转录组学(Transcriptomics)。意义:1.转录组谱可以提供特定条件下某些基因表达的信息,并据此推断相应未知基因的功能,揭示特定调节基因的作用机制.2.通过基于基因表达谱的分子标签,不只可以辨别细胞的表型归属,还可以用于疾病的诊断.3.转录组的研究应用于临床的另一个例子是可以将表面上看似相同的病症分为多个亚型,尤其是对原发性恶性瘤,通过转录组差异表达谱的建立,可以详细描绘出患者的生存期以及对药物的反应等。普通转录组测序主要适用于不同的生长阶段或者发育过程。

转录组学测序类型:1.根据RNA种类:可以分为mRNA测序,SmallRNA测序,LncRNA测序、CircRNA测序、全转录组测序等。2.根据物种特点:比如真核生物或者原核生物,是否有参考基因组,测序平台的不同,分为真核有参和无参转录组测序,原核转录组测序,全长转录组测序等。3.根据相互关系:分为互作转录组,比较转录组等等;此外,基因组甲基化会影响到基因的转录调控,也属于转录调控测序范畴;还有用于研究转录因子与DNA的交互作用或组蛋白修饰在基因组上的分布的ChIP-Seq,研究RNA与蛋白互作关系的RIP-Seq,以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。什么是转录组学测序?深圳SmalIRNA转录组学定性分析

转录组具有时间特异性的特点。深圳SmalIRNA转录组学定性分析

转录组学测序结果的影响因素?RNA的降解严重影响测序的质量,RNA降解后,加入poly-A后无法捕获纯化mRNA,因此,随机引物反转录无法得到全部的cDNA,导致测序结果出现明显的3‘-和5’-偏向。文库中的poly-A多聚物的存在会对测序信号产生干扰,影响测序结果的准确性;同时由于转录组中转录本的丰度不一致,实验前需要对样本进行均一化处理,否则高丰度的表达基因会掩盖低丰度表达基因,导致寻找新基因失败或者是获得大量无意义的重复序列。深圳SmalIRNA转录组学定性分析

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