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江苏LC-MS/MS非靶向代谢组学定量分析

来源: 发布时间:2022-03-07

GC-MS非靶向与代谢组学的关系?代谢组学是运用多种技术手段,研究生物体系中小分子代谢物(包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂质等)的种类、数量及变化规律的科学,是系统生物学的重要组成部分。其中GC-MS非靶向代谢组学是对生物体内源性代谢物进行系统全方面的分析平台。气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术因为其较为成熟、分辨率高、灵敏度高、重现性好,拥有大量标准质谱图数据库的特点,被大量地运用在植物、动物、微生物的研究中。随着信息科学和分析技术的发展,运用GC-MS非靶向代谢组学研究疾病机制和发现药物靶点的方法日趋成熟,其重要性也日益凸显。GC-MS非靶向代谢组学也在代谢性疾病等药物靶点、疾病机制研究和药物靶点发现中提供重要参考和启示。靶向代谢组学着重对于设定好的目标代谢物进行定性、量检测分析和研究。江苏LC-MS/MS非靶向代谢组学定量分析

代谢组学疾病诊断应用: 代谢组学研究人员已经对此进行了研究。新生儿是否缺失酶基因,可以在出生时就检测出来。可检测出包括涉及合成途径中的基本成分(如氨基酸)的酶。酶缺失的结果就是相应的代谢产物过少或过多。尿症(PKU)是一种常见的婴儿疾病。这种疾病是由于缺失将苯丙氨酸水解成酪氨酸所必须的苯丙氨酸水解酶基因,导致血液中苯丙氨酸累积造成的。若是不能及时检测出这种天生的代谢缺乏,在婴儿出生后九个月内,就会引起无法挽救的大脑损伤。这种疾病通过简单的血样和尿素化验就可以确诊。而血样和尿素化验以后也将成为代谢指纹研究方法的一部分。像尿症那样的疾病,研究人员正试图从疾病的生物化学基础着手,而不是只有检测生物标记物。他们希望通过代谢组学,可以找到更好的方法去治这些疾病。农学靶向代谢组学质谱鉴定代谢组学作为系统生物学的重要组成部分,在临床医学领域具有普遍的应用前景。

代谢组学比较常用到的数据分析方法:多变量分析:多变量分析方法能同时处理数百或数千个变量,并且能处理变量之间的相互关系。利用变量之间的协方差或相关性,使原始数据在较低维空间上的投影能尽可能地捕获数据中的信息。但是如果存在大量无信息变量可能会妨碍多变量分析的能力,无信息变量的数量越多,减少真阳性数量的效果就越明显。多变量分析分为无监督分析方法和有监督分析方法。在代谢组学分析中无监督学习有主成分分析只需要数据集X,而有监督分析方法主要是偏比较小二乘判别分析和正交偏比较小二乘判别分析,这类方法在分析时除了需要数据集X,还需对样品进行指定并分组, 这样分组后模型将自动加上另外一个隐含的数据集Y,通常Y的赋值用-1/1或者0/1表示类别信息。

代谢组学发展至今,代谢组学技术已经远远超出了标准临床化学技术的范围,能够精确分析数百至数千种代谢物。代谢组学提供了代谢表型的详细表征,并可以在许多水平上进行精密医学研究,包括表征疾病基础的代谢紊乱,发现新的治靶标以及发现可用于诊断疾病或监测药物的活性。比较常见的代谢组学分析方法是质谱(MS)核磁共振(NMR)光谱。质谱技术又分为LC-MS和GC-MS。其基本原理是使试样中各组分在离子源中发生电离,生成不同荷质比的带电荷的离子,经加速电场的作用,形成离子束,进入质量分析器。代谢组学的代谢物的种类要远小于基因和蛋白的数目。

代谢组学样本收集植物组织:叶片、茎、花:1)取整片叶片/一段茎/一朵花,放入离心管或锡箔纸中并标记,迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min。2)将装有样本的离心管迅速放入自封袋中(每组一袋),在自封袋中放入标签纸注明样本信息。3)迅速放入-80 ℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意:(1)采集叶片样本时,在中午光照好的时间收集。(2)采集样本时保持样本一致性,尤其是同一组样本(颜色、衰老程度、叶脉占比、光照、位置等)。根:1)取整株植物的根部,迅速用PBS缓冲液或者超纯水漂洗掉根上的泥土、培养基或营养液等;2)吸水纸吸干水分后,分装为500 mg/管;3)标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min,-80 ℃冻存,干冰寄送。代谢组学有哪些特点?江苏LC-MS/MS非靶向代谢组学定量分析

代谢组学主要研究的是产物的小分子代谢物(MW<1000)。江苏LC-MS/MS非靶向代谢组学定量分析

代谢组学需要多少的生物学重复?生物学重复指的是相同处理的相同类型的生物样本的数量(如相同剂量给药后2小时的小鼠采集并且相同储存条件和处理方法血清样本)。相较于基因和蛋白,代谢物处于生命活动的下游,收到环境和遗传背景等因素影响较大,生物学重复少可能会放大组内差异对于整体差异的影响,进而影响结果(如准确和足够多的找出生物标志物)。因此根据不同的生物类型,需要不同的生物学重复来增加数据的可靠性和说服力。代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似。江苏LC-MS/MS非靶向代谢组学定量分析

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