蛋白质组学，指对某一基因组所表达的所有蛋白质及其特征进行大规模、系统化地研究，以期望在蛋白质水平上解释控制复杂的生命活动的分子网络。研究的内容主要包括：组成蛋白质一级结构氨基酸的序列特征、蛋白质的丰度、蛋白质活性、蛋白质的修饰、亚细胞定位和三维结构、蛋白质之间的相互作用以及对蛋白质的高阶复合物结构。质谱技术的发展为这些研究提供了有力的技术支撑，使得许多有实际应用的蛋白质组功能研究成为可能，包括翻译后修饰的整体分析，蛋白质相互作用网络的重建和模式生物蛋白表达谱的定量研究；在临床医学和转化医学研究中也越来越多地应用到蛋白质组学技术。蛋白质组学由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全方面的认识。河南外泌体蛋白质组学技术

PRM靶向蛋白组学：PRM技术是一种根据已知实测信息或质谱检测规律的假定信息对样品中的蛋白质进行靶向定量的技术。该技术主要应用仪器为QExactive系列质谱仪，首先以四极杆作为质量过滤器，特异性地选择与预先设定质荷比相同的肽段离子（母离子）通过，随后在高能碰撞池中碎裂母离子，之后通过Orbitrap分析碎片离子（子离子）得到肽段的二级质谱信息。四极杆的高选择性离子过滤与Orbitrap高分辨率测量技术的结合使得PRM技术有很高的特异性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干扰离子，提高了灵敏度。在确保数据质量的前提下，为了在一次分析中检测更多的蛋白质，可用预置PRM（ScheduledPRM,sPRM）的方法，这种方法需要知道每个肽段的保留时间信息，使得每个肽段只在其洗脱时间窗口内执行PRM检测，很大程度上提高了检测效率，可同时检测上百种蛋白质。PRM技术是目前应用较普遍的质谱蛋白质靶向定量技术。杭州新型修饰蛋白组学分析方法近两年来蛋白质组研究技术已被应用到各种生命科学领域，如细胞生物学、神经生物学等。

蛋白质组学：蛋白质组一词，源于蛋白质与基因组两个词的组合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全方面的认识。蛋白质组的研究不只能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。确实，那些世界范围内销路*的药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。因此，蛋白质组学研究不只是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。

定量蛋白质组学技术：定量蛋白质组学是蛋白质组研究的重要内容，通过对基因表达产物——蛋白质的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境条件下的表达情况。近年来，随着非凝胶技术的发展，蛋白质组学（“Shotgun”proteomics）技术，特别是多维蛋白质鉴定（MultidimensionalProteinIdentification，MudPIT）已成为研究复杂生物样本中大规模蛋白质表达和定性和定量分析的强有力工具。蛋白质组学在医学的研究应用：蛋白质组学是研究细胞、组织或生物体中蛋白质组成、定位、变化及其相互作用规律的科学。蛋白质组学研究不仅是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。

蛋白质组学：质谱分析蛋白质组学的基本原理主要是通过测定被测样品离子的理化性质来进行分析，根据样品的质量谱图和相关信息从而得到定性和定量结果。目前，蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间（retentiontime）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度对肽蛋白质进行鉴定和定量，即3D蛋白质组学。4D蛋白质组学在3D蛋白质组学的基础之上增加了第四维度，离子淌度（mobility），主要根据离子的形状和截面对离子进行分离，能够区分m/z差值非常小的肽段，使低丰度蛋白信号能够被区分和识别出来。4D蛋白质组学基于timsTOFPro质谱仪，结合PASEF（ParallelAccumulationSerialFragmentation，同步累积连续碎裂）与TIMS（TrappedIonMobilitySpectrometry，离子迁移谱），可重复测量所有检测离子的碰撞截面（CCS），能更快、更灵敏的进行蛋白质组定性和定量。蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别。上海医学蛋白质组学应用

质谱技术相较于传统蛋白质鉴定技术而言，拥有灵敏、准确、高通量、自动化等特点。河南外泌体蛋白质组学技术

PRM靶向蛋白质组学：是一种基于Orbitrap为表示的高分辨、高精度质谱的离子监视技术，首先利用四级杆质量分析器的选择能力，用Q1选择目标肽段的母离子，随后在collisioncell中对母离子进行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片信息。这样能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，即可对目标蛋白质/肽段进行相对(一定)定量。从而实现对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。河南外泌体蛋白质组学技术

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