基因组组装：首先，利用ABySS v2.0.2初步组装Illumina测序数据，然后利用blasR比对Pacbio三代数据，根据比对结果对单分子测序数据进行一次矫正与纠错，目的在于减少单分子长序列中单碱基、插入缺失的错误；***利用纠正过的单分子测序数据与二代数据进行混合组装，使用的软件是SPAdes-3.10.1；挑选覆盖深度足够高且组装长度较长的序列作为候选序列，比对NT库确认；***再次利用Illumina数据进行校验，得到**终的组装结果。基因组组分分析：通过多种方法对编码基因、非编码RNA等进行预测，获取测序样本基因组的组成情况。云生物提供叶绿体/线粒体基因组全图。江苏小基因组测序小基因组测序价格

    SNP检测及注释：SNP（单核苷酸多态性）是指由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在编码基因内，也有可能在非编码序列上，位于编码区内的SNP（codingSNP，cSNP）因其可能影响个体的功能而备受关注。从对生物的遗传性状的影响来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP（synonymouscSNP），即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的氨基酸序列；另一种是非同义cSNP(non-synonymouscSNP)，指碱基序列的改变可使以其为模板翻译的氨基酸序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。利用MUMmer比对软件，将每个样品与参考序列进行全局比对，找出样品序列与参考序列之间有差异的位点并进行了初步的过滤，检测出潜在SNP位点；提取参考序列SNP位点两边各100bp的序列，然后使用BLATv35软件将提取的序列和组装结果进行比对，验证SNP位点。如果比对的长度小于101bp，则认为是不可信的SNP，将去除；如比对上多次，认为是重复区域的SNP，也将被去除，***得到可靠的SNP。 湖北植物叶绿体基因组小基因组测序活动小基因组测序建库测序需要多久？

叶绿体基因组 | “**”遗传资源开发新模式：叶绿体基因组结构和特征：三个样品的完整叶绿体基因组基本信息，包含由LSC（87,496-87,604bp）和SSC（18,222-18,342bp）区域分开的两个IR拷贝（25,507-25,519bp）。编码相同的131个基因组，其中113个是独特的，18个在IR区域中重复。113个独特的基因包含79个蛋白质编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。14个含有一个内含子（6个tRNA基因和8个蛋白质编码基因），3个含有两个内含子（rps12,clpP,ycf3）。 rps12基因的5'-末端外显子位于LSC区域，基因的内含子和3'-末端外显子位于IR区域。小基因组测序服务推荐云生物。

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线粒体与叶绿体相比，线粒体要小一些，直径0.5?1μm，长1?2μm，通常呈椭球状或圆柱体。线粒体也由内外两层单位膜包裹，内外膜之间有腔。外膜平整光滑，内膜内折形成嵴。内膜上分布有许多规律排列的带柄的球状小体，即ATP合酶，它利用电子传递过程中形成的质子跨膜电化学势梯度合成ATP。线粒体膜的内部为基质，具有一定的pH和渗透压，含有进行三羧酸循环等多种代谢途径的酶。除此之外，线粒体基质中还含有自身的DNA、RNA和核糖体。江苏小基因组测序小基因组测序价格