三种五味子科叶绿体基因组编码113个独特基因，包括79个蛋白质编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。其中，4个蛋白质编码基因，4个rRNA基因和5个tRNA基因在IR区域中重复；18个基因含有内含子，clpP和ycf3含有两个内含子；rps12中存在反式剪接，其中5'末端位于LSC区域中，并且重复的3'末端位于IR区域中；matK基因trnK-UUU内部。SSR是叶绿体基因组中经常观察到的1-6bp重复类型，可用于基因组多态性以及物种的群体遗传学研究。研究人员鉴定到**丰富的SSR是A或T单核苷酸重复序列，分别占南五味子、五味子和八角茴香总SSR的约％，％和69％，而G或C重复罕见。此外，南五味子、五味子和八角茴香SSR的大多数SSR位于LSC区域，其次是SSC区域和IR区域。 云生物小基因组测序可进行测序组装。青海系统进化小基因组测序售后分析
标准分析：1.测序数据概况
(1) 原始测序数据说明
(2) 测序数据质控及统计
(3) 三代测序数据统计
2.基因组组装
3. 基因组组分分析
(1) 编码基因分析
(2) ORFs扫描及跨膜结构预测
(3) 非编码RNA分析
4. 基因功能注释
基因组圈图
高级分析：
比较基因组分析
1.SNP检测与注释
2.Indel检测与注释
3.SV检测
4.基因组共线性分析
5.线粒体与叶绿体基因组片段交流分析
6.共有和特有基因分析
7.系统进化分析、选择压力分析
定制化生信分析
1.密码子偏好性分析
2.长重复序列Long repeat分析
3.简单重复序列SSR分析
4.基因表达量及表达差异分析（可由客户提供RNAseq） 广东地理谱系遗传小基因组测序售后分析小基因组测序DNA质检需要多久？
基因组组装：首先，利用ABySS v2.0.2初步组装Illumina测序数据，然后利用blasR比对Pacbio三代数据，根据比对结果对单分子测序数据进行一次矫正与纠错，目的在于减少单分子长序列中单碱基、插入缺失的错误；***利用纠正过的单分子测序数据与二代数据进行混合组装，使用的软件是SPAdes-3.10.1；挑选覆盖深度足够高且组装长度较长的序列作为候选序列，比对NT库确认；***再次利用Illumina数据进行校验，得到**终的组装结果。基因组组分分析：通过多种方法对编码基因、非编码RNA等进行预测，获取测序样本基因组的组成情况。
Swiss-Prot是一个精选的蛋白质序列数据库，它努力提供一个高水平的注释（例如一个蛋白质功能、其域结构、翻译后修饰、变异等的描述），一个比较低水平的冗余及与其他数据库的高水平的整合。数据库的***进展包括：在模式生物的数目和范围上的一个增长；两个附加的数据库的交叉引用；多种新的文档文件和TrEMBL的创建，对Swiss-Prot的一个计算机注释的补充。这个补充以类Swiss-Prot的格式，由来源于EMBL核酸序列数据库中的所有编码序列（codingsequences，CDS）翻译的条目组成，而把已经包含在Swiss-Prot中的CDS除外。详见。其中eggNOG、GO、KEGG数据库都把功能按不同等级进行分类，通过功能注释，可根据数据库的分类信息对样品的基因功能进行归类。 云生物提供SSR分类统计分析。
植物叶绿体样本采集操作指南：采样步骤
1. 建议取样，植物绿色组织部分（叶片等）。
2. 取样前建议光照6h 以上，使样本中合成大量叶绿体，再进行取样。建议5g 以上绿色组织样本（叶片等），可多采集一些留做备份样本。
3. 取样后，样本用锡箔纸包裹（或冻存管盛放），迅速过液氮速冻，转移至-80℃冰箱内冻存。
4. 干冰运输。干冰用量建议以3kg/day 计算。一般建议10kg 起。
植物线粒体样本采集操作指南：
采样步骤
1. 建议取样：推荐植物愈伤组织
无法培养愈伤组织的，可采用白化苗（叶绿体含量极低的组织）
2. 愈伤组织取样5g 以上样本；
3. 无法培养愈伤组织的植株，可进行暗培养，建议取样前植株避光培养一周，获得白化苗，取白化苗组织5g 以上（叶片等），可多采集一些留做备份样本。
4. 取样后，样本用锡箔纸包裹（或冻存管盛放），迅速过液氮速冻，转移至-80℃冰箱内冻存。
5. 干冰运输。干冰用量建议以3kg/day 计算。一般建议10kg 起。
小基因组测序高级分析包括哪些？湖北细胞质遗传小基因组测序报价
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物种进化分析：系统发生树（英文：phylogenetictree或evolutionarytree）被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树，它用来表示系统发生研究的结果，用它描述物种之间的进化关系。构建系统发生树的方法有：基于样品与参考基因组的群体SNP矩阵构建进化树：对于每一个样本，按照相同顺序将所有SNP相连，获得相同长度的fasta格式的序列（其中一个为参考序列），作为输入文件用于进化树构建。基于Core基因构建进化树：对Core-Pan分析的结果中鉴定出来的单拷贝Core基因结果，利用了MUSCLE。当样本个数大于3时，采用ML法（MaximumLikelihood比较大似然法）构建进化树，使用软件是PhyML（），并用bayes校正；当样本个数不超过3时，采用NJ法（Neighbor-Joining邻接法）构建进化树，使用软件是TreeBeST；bootstrap为100。 青海系统进化小基因组测序售后分析