高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。科学方案:设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。样本要求:基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点);样品浓度>30ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:>100X。信息分析:基于靶向序列的甲基化分析,数据质控,5mCCalling,5mC在组间样本的可视化,多样本甲基化聚类与临床样本特征关联分析等。芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具。四川hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么样
安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台,可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因,其中2128个和**发生有关系。从功能上分,有256基因和细胞凋亡有关,1273个基因和信号传导有关,487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。重庆850K芯片DNA甲基化经验丰富焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。
重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。单碱基分辨率针对目标序列,非常灵活适合多种样本类型应用方向:450K/850K芯片筛选的差异甲基化CpG位点(DMS)。技术优势:高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高。
甲基化研究项目各学科细分分析:从各学科细类中标金额和中标数量分析,**学依然是甲基化研究的热点方向,该方向总计中标金额2217万元,中标数量57项。其它细分学科包括预防医学、遗传学与生物信息学、检验医学也占有不少份额。甲基化研究项目各单位中标情况分析:经过整理,甲基化项目类中标单位共105家单位,按中标项目金额排列如下(截取部分超过百万的项目)。甲基化研究方向细分热点分析:"游离DNA甲基化"、"m6A-RNA甲基化",“羟甲基化”等均是甲基化研究方向的重点关注内容。尤其值得关注的是m6A相关研究近年来呈直线上升态势,成为国自然的热点。甲基化验证方案是TBS。
全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合,对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序,是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势:DNA甲基化检测**有力的工具,单碱基分辨率,检测每个C碱基的甲基化状态,全基因组范围,**限度地获得甲基化信息,适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本。云生物提供测序服务。辽宁6mADNA甲基化售后服务
甲基化验证是甲基化研究必不可少的一环。四川hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么样
甲基化DNA免疫沉淀测序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势:全基因组范围鉴定甲基化修饰区域,针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域,与WGBS技术相比,成本更低。科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。四川hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么样