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江苏发展空间转录组

来源: 发布时间:2021-12-03

当前的技术主要有四种策略:1、基于组学实验结合空间重建的计算策略。这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势,从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而,这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2、激光切割与NGS测序结合的策略。基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中,可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学。基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域,但也存在一些问题,例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于寡核苷酸的空间条码加上NGS测序。费用较高且无法在单个细胞中获得转录组??占渥甲椴庑蚣际踉诮?HE 染色的同时需要保证获取组织基因表达信息。江苏发展空间转录组

10x Genomics空间转录组技术的准确性高吗?下图是一个将10x Genomics空间转录组技术应用于小鼠海马体研究的案例。A图为脑组织切片的HE染色结果,从10x Genomics空间转录组分析结果中,可以清晰看到Tmsb4x(B图)和Selenow(C图)在海马体区域高表达,和已知的研究结果一致性较高。开展10x Genomics空间转录组需要做哪些准备?空间转录组是一项十分前沿的技术,涉及到很多细节方面的准备工作,例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素,处理不慎容易导致整个项目失败。安徽什么是空间转录组空间转录组测序结果为未来人类心脏发育的研究提供重要的借鉴意义。

空间转录组数据分析的是根据每个芯片上每个 spot 的基因表达信息进行聚类,然后将 spot 根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个 gene 在组织上表达的空间位置进行定位?;竦貌庑蚴莺?,首先利用 Space Ranger  软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和 Barcode 处理。另外一个软件 Loupe Cell Browser 是一个适用于 Windows 和 MacOS 的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium 数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。

什么是空间转录组?空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA??占涮跣温肽孀紀ligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破??占渥甲槭且幌钋把丶际酰婕暗胶芏嘞附诜矫娴淖急腹ぷ?。

10x Genomics空间转录组的实现原理是什么?10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。 空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。安徽什么是空间转录组

除大脑以外的其他***的技术现代化,将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。江苏发展空间转录组

本文利用空间转录组学研究了在AD小鼠模型中,淀粉样斑块周围直径为100mm的组织域中发生的转录变化。发现了富含髓鞘和少突胶质细胞基因(OLIGs)的基因共表达网络的早期改变,而斑块诱导的基因(PIGs)的多细胞基因共表达网络涉及补体系统、氧化应激、溶酶体和炎症,在疾病的后期非常突出。此外作者通过对小鼠和人脑切片进行原位测序(ISS),证实了大多数观察到的细胞水平的变化。空间转录组学分析为探究AD和其他脑部疾病致病特征附近失调的细胞网络提供了可能。江苏发展空间转录组

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