空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时,多角度测量转录组谱。然而,现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace,这是一种完全贝叶斯统计方法,它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。基准测试证明BayesSpace在识别具有相似表达谱的空间簇和提高空间转录组学分辨率方面的效用,其既克服了有效利用空间信息进行表达数据聚类的挑战,又克服了目前空间转录组技术分辨率有限的问题。过真实研究案例聚焦包括单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞代谢组、空间转录组。浙江空间转录组有什么用
10x Genomics 公司提供的 Visium 空间基因表达解决方案是目前***一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案巧妙的将单细胞测序技术原理和组织切片染色结合在一起,从而研究空间分辨率下整个转录组 mRNA 的表达情况,同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类:机械和光学。前者包括 Tomo-seq 等,通过沿感兴趣轴,利用冷冻切片机进行组织切片,然后在每个切片上均进行 RNA 测序。10x 提供的载玻片分为两种:用于摸索组织比较好透化时间的组织优化玻片和用于正式实验的基因表达玻片。湖南欧易生物空间转录组使用空间转录组是一项前沿技术,涉及到很多细节方面的准备工作。
空间转录组技术包含两种芯片,分别为组织优化芯片(Tissue Optimization)和基因表达芯片(Library Preparation)。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间,基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域,每个区域大小为 6.5mm×6.5mm,每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇,称为 barcoded spots,每个 spot 直径为 55um,包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列,相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为:测序引物结合序列,16nt 的位置序列,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过高效的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。早期空间转录组学的另一条发展路线是基因捕获和增强子捕获筛选。
空间转录组技术原理是什么?当组织冷冻切片附在空间转录组载片上时,条形码引物结合并从组织中捕获邻近的mRNA。被捕获的mRNA开始逆转录,得到的cDNA中包含了空间条形码。分析Illumina测序结果中空间条形码的序列,可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的起始位置。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。了解空间转录组样本准备注意事项。广东欧易生物空间转录组有什么用
本次培训班旨在跟广大科研工作者介绍空间转录组的研究热点和方案设计。浙江空间转录组有什么用
**近,空间转录组学研究炙手可热。细胞及其在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理可能至关重要。空间转录组学是一项开创性的技术,它使科学家能够测量组织样本中的所有基因活性,并绘制出发生该活性的位置的图。该技术已经导致了新发现,这些新发现将有助于帮助科学家更好地了解生物过程和疾病。10x Genomics空间转录组技术可以应用于**、免疫、发育、神经和病理等研究方向。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。浙江空间转录组有什么用
上海欧易生物医学科技有限公司主要经营范围是医药健康,拥有一支专业技术团队和良好的市场口碑。公司业务涵盖科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询等,价格合理,品质有保证。公司从事医药健康多年,有着创新的设计、强大的技术,还有一批**的专业化的队伍,确保为客户提供良好的产品及服务。欧易生物秉承“客户为尊、服务为荣、创意为先、技术为实”的经营理念,全力打造公司的重点竞争力。