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山西欧易生物空间转录组质量

来源: 发布时间:2021-11-06

空间转录组技术作为当今前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。由上海欧易生物医学科技有限公司(以下简称“欧易生物”)主办的“空间转录组学培训班”落下帷幕。培训中,欧易讲师团队以其丰富的项目经验及专业的生信能力,从空间转录组学的发展历程、测序原理、实验实操及数据挖掘等多维度,向远道而来的学员们展开了系统性的培训。


10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。山西欧易生物空间转录组质量

广义上来说,目前一共有4种解析“空间性转录组”的策略:2.第一种是利用计算机算法,根据单细胞转录组数据来模拟重构组织的空间形态。例如Seurat,这是一个在单细胞数据分析中***用到的R包,我们可以利用scRNA-seq数据,加上对markegene进行原位测序的结果来重构组织的空间信息。3.第二种,激光显微切割+二代测序(LCM+NGS)。这种技术对仪器和实验人员的操作要求较高,而且获取的通量也比较低,如果组织非常珍贵或者研究的内容十分精细,可以考虑这个。但是这种策略比较难被官方干运用。4.第三种策略,就是基于高分辨图像的原位测序。**经典的是smFISH当然,这种方法的通量比较低。当然随着技术的发现,刚发布的FISH-seq技术通过多轮杂交的方式,已经把测序通量提高到了10000+个转录本。5.***就是“基于空间条形码(spatialbarcodes)的空间转录组技术。本文主要讨论的也就是这种技术。后面主要讨论的都是基于这种策略。 山西空间转录组做什么空间转录组是一项前沿技术,涉及到很多细节方面的准备工作。

10xVisium空间转录组技术原理为将新鲜冷冻的组织切片,置于文库制备载玻片上,经过固定、染色和透化后,释放出mRNA,mRNA与空间条形码捕获探针相结合,从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA并制备测序文库进行测序,并对数据进行可视化分析。空间转录组技术作为当今**前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。

第二,数据库的建立。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长,但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。第三,研究物种及组织的多样化。在当前时代,除 LCM 之外,研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑,而其他***(例如肝脏)的空间转录组学研究相对滞后。对除人类和小鼠以外的其他生物以及除大脑以外的其他***的技术现代化,将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。第四,集成度高、交互性强、易扩展、文档信息完善的开源工作流程的开发。该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq。

许多当前时代空间转录组技术的基础都是在自七十年代以来的几十年间建立的。例如,于1976 年首先使用紫外线激光来切割组织。当前流行的技术,例如空间转录组学(ST)和 10X Visium 依靠这种微阵列技术,区别就在于是从放置在微阵列载玻片上的组织上而不是从溶液中来捕获转录本信息。当前时代的空间转录组技术大致分为五类方向:激光显微切割(LCM),单分子荧光原位杂交(smFISH),靶向原位测序(ISS),原位阵列捕获和 其他非成像技术。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化。安徽空间转录组质量

作者通过对三个人类脑皮层组织的空间转录组测序,可评估不同脑皮层区域中基因表达特征和细胞类型定位情况。山西欧易生物空间转录组质量

空间转录组的一般流程。将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像,以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot,这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘,带有相同身份条形码(barcode)的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。山西欧易生物空间转录组质量

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