空间转录组的方法和技术有哪些?广义上讲,现有的生成空间分辨转录组学的方法可分为四类:用于空间重建的计算策略和组学实验的组合,使用激光捕获显微切割(LCM)结合高通量进行直接测量,使用荧光物质的基于图像的原位转录组学 ,以及基于寡核苷酸的空间条形码再加上高通量。每种方法都有其优点和缺点。空间重构的计算策略:这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势,从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而,这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。基于LCM的方法:基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中,可能具有一定价值。基于图像的原位转录组学:基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域,但也存在一些问题,例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。空间条形码加高通量:费用较高且无法在单个细胞中获得转录组。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点得到蓬勃发展。北京空间转录组报价
基于原位测序的空间转录组技术。基于原位测序(ISS)的方法通过测序产生空间转录组信息,这种方法只依靠连接酶连接两段DNA—一段已知序列的引物和一个探针与模板匹配,不匹配的探针就会被洗掉。2013年开发的ISS中,每个探针使用一个查询碱基来测序基因条形码。FISSEQ和后来的EXeq使用了SOLiD,每个探针使用两个查询碱基来测序环化和RCA扩增的cDNAs。在STARmap中,基因条形码由SEDAL测序,其中还使用了两个类似固体的查询碱基来避免错误。BARseq还用基因条形码放大了RCA探针。基于ISS技术的优势包括:单细胞分辨率、亚细胞转录物定位和可应用于更大的组织区域。缺点是:检测效率较低。山东欧易生物空间转录组领域除大脑以外的其他***的技术现代化,将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。
空间转录组学(ST)是一种方法,允许在组织样本中可视化和定量分析转录组与空间分辨率。通过在载玻片上排列含有位置条形码的寡核苷酸的组织切片,该方法声称可以生成具有精确位置信息的高质量的RNA-seq cDNA文库。条形码芯片有1007个带有独特条形码序列的引物位点。每个位置都有一个直径100μm(对应于一个组织域)中心到中心的距离是200μm。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。
空间转录组数据分析的是根据每个芯片上每个 spot 的基因表达信息进行聚类,然后将 spot 根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个 gene 在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后,首先利用 Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和 Barcode 处理。另外一个软件 Loupe Cell Browser 是一个适用于 Windows 和 MacOS 的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium 数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。在未来的5-10年里,空间转录组学妥妥的是技术热点。
本文利用空间转录组学研究了在AD小鼠模型中,淀粉样斑块周围直径为100mm的组织域中发生的转录变化。发现了富含髓鞘和少突胶质细胞基因(OLIGs)的基因共表达网络的早期改变,而斑块诱导的基因(PIGs)的多细胞基因共表达网络涉及补体系统、氧化应激、溶酶体和炎症,在疾病的后期非常突出。此外作者通过对小鼠和人脑切片进行原位测序(ISS),证实了大多数观察到的细胞水平的变化。空间转录组学分析为探究AD和其他脑部疾病致病特征附近失调的细胞网络提供了可能。空间转录组是一项前沿技术,涉及到很多细节方面的准备工作。什么是空间转录组应用
空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。北京空间转录组报价
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