相对定量实验方法包括两种重要方法:ΔΔCT Method:使用内参基因定量所研究样品和参照样品的目的基因。内参基因与目的基因可以同时反应,也可以单独反应;双标准曲线法:对每个样品的内参基因和目的基因都做定量,求出每个样品中内参基因和目的基因的数量,然后根据相对定量的基本公式来求出目的基因的差异表达。定量需要由标准曲线建立Ct值跟拷贝数之间的关系,标准曲线由标准品生成,标准品可以是已知浓度的RNA、质粒或合成的寡核苷酸链生成,定量未知模板时标准样品和未知样品必须同时反应。实时荧光定量PCR指在PCR反应体系加入荧光基团,荧光信号实时监测PCR,通过标准曲线对未知模板进行定量分析.珠海快速qPCR仪设置
PCR:Polymerase chain reaction. 是体外模拟生物的DNA 复制。需要DNA 聚合酶,DNA 模板,两端引物,脱氧核苷酸dNTPs( dATP, ACTP, dGTP, dTTP),以及适当的缓冲体系。PCR 产物的增长形式为2N (如果各种试剂和外部所加条件均理想化,N 是循环数)。实际中,扩增效率不为100%。Real time PCR 是定量PCR 的一种,当然是在PCR 的基础上发展出来的。(普通)PCR 包含很多因素,属性,如:试剂,温度,循环数,程序,PCR 产物(扩增子,amplicon)的量,扩增曲线(扩增子累积曲线),掺错率,扩增子长度。一般来说,人们关心的是扩增子的量。而real time PCR 主要利用的是扩增曲线(amplification curve), 循环数;扩增子长度,扩增效率,扩增子多少,也加以考虑。珠海快速qPCR仪设置TaqMan方法通过采用荧光探针在PCR循环过程中随着特定PCR产物的累计而对其进行检测。
原理:在DNA扩增反应中,通过荧光化学物质测定每次PCR循环后产物总量。目的:实现定量而不止是定性分析。通过与内参基因进行对比,对样品中的特定基因进行相对表达量的计算,以实现定量分析。qPCR的检测方法有两种,SYBRGreenl法和TaqMan探针法,下面介绍常用的SYBRGreenl法。原理:在PCR反应体系中,加入过量SYBR荧光染料,使其特异性地掺入DNA双链后,发射荧光信号,而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号,从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。试剂及仪器:Hieff®QpcrSYBR®GreenMasterMix试剂(翌圣)和ABI7500Real-TimeSystem实时荧光定量PCR仪进行qRT-PCR扩增。
双杂交探针是两个特异性探针,一个只5’端标记荧光基团,另一个只3’端标记猝灭基团。这两个探针序列和模板特异性结合,结合的位置非常邻近。在qPCR反应的退火阶段,当两个探针与模板结合时,位于两个探针头尾的荧光基团之间产生FRET现象,促进受体的荧光基团释放一种波长的荧光信号,从而达到实时监控反应进程的目的。Amplifluor系统包括两个特异性引物和一条检测探针(UniPrimer),其中一条引物的5’末端带有部分序列和UniPrimer的3’末端部分序列相同。UniPrimer两端分别被荧光和淬灭基团标记且有发卡结构。反应时,UniPrimer结合到特异性引物扩增出的模板上作为引物进行PCR反应,在延伸的过程中UniPrimer发夹结构打开,荧光信号释放。蝎形引物为茎环结构,其5’端带有一个荧光基团FAM,3’端带有一个淬灭基团DABCYL,其环的部分序列和模板完全互补配对。体系有模板时,茎环结构稳定,荧光和淬灭基团相距近,不能检出荧光信号;体系无模板时,蝎形引物和模板特异性结合并起始PCR扩增,蝎形引物的环结构与扩增出的模板互补杂交,导致茎环结构被破坏,释放出大量的荧光信号,荧光仪器可以实时收集这些荧光信号并生成相应的荧光扩增曲线。dPCR比qPCR准确度与精密度高。
交联和裂解——稳定复合物并分离核组分:第一步对时间要求严格并且需要优化。体内共价交联稳定蛋白质-DNA相互作用并于特定时间点进行分析。通常采用甲醛交联,加入甘氨酸以终止反应。交联剂渗透到完整细胞中并将蛋白质-DNA复合物锁定在一起从而进行分析。交联剂在整个过程中保持复合物稳定,但其作用必须是可逆的才能用于ChIP。一些非常稳定的蛋白质-DNA相互作用则不需要交联。接下来,使用裂解液透化细胞膜,释放细胞组分,然后蛋白质-DNA复合物变得可溶。去除细胞溶质蛋白以减少背景信号并增加灵敏度。注意:此时可以停止ChIP测定。 经过交联,淬灭和洗涤细胞沉淀后,将裂解物于-80℃储存。自聚合酶链式反应技术被发明以来,其简单、可靠、快速、灵敏的质量,PCR是分子生物学中使用的技术。深圳酷博qPCR仪应用
Quantagene q225 系列荧光定量PCR 系统:快速 分秒必争,43 分钟完成40 循环qPCR 实验。珠海快速qPCR仪设置
TaqMan 方法的优点:需要在探针和目标分子(靶点)之间发生特异性的水解(杂交),方可生成荧光信号。可使用明显不同的报告基因染料标记探针,在一个反应管内扩增并检测两个不同的序列。无需PCR后处理,减少分析工作量并节省材料成本。TaqMan方法的缺点:TaqMan方法的主要缺点在于需要根据不同的序列,合成不同的探针。SYBR Green I染料试剂。一般将可与双链DNA发生结合的小分子分为以下两类:嵌入剂、小沟结合物。无论哪种结合方法,用于PCR实时检测的DNA结合染料都需要满足以下两个条件:结合至双链DNA时,会有增强的荧光对 PCR 不会产生抑制我们开发更加优化的条件,使得SYBR Green I染料的使用不会对PCR产生抑制并带来相对于溴化乙锭更为灵敏的检测。珠海快速qPCR仪设置
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