iTRAQ标记定量蛋白组学技术研究方法:2021年7月,海南大学园艺园林学院吴友根教授课题组等在《Horticulture Research》期刊发表了题为“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果,通过RNA测序(RNA-seq)和iTRAQ标记定量蛋白组学技...
TMT标记定量蛋白质组学研究案例:2021年12月威尔康奈尔医学中心和纪念斯隆凯特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授课题组在Nature Communications期刊发表的题为 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果,通过蛋白质组学和代谢组学研究方法,发现了高度转移性 SOX2/OCT4+ 细胞的离散亚群表现出细胞内铜水平升高特征,探究了TM...
作者运用iTRAQ标记定量蛋白组学对种子发育过程中蛋白质表达的定量比较,同时进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明所有鉴定的蛋白被分为29类,主要涉及翻译和碳水化合物代谢。并且作者绘制了p值小于0.01的前20条KEGG通路的气泡图。在三对比较中,普遍富集的途径包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代谢。其中,参与α-亚麻酸代谢的DAPs在S3 vs. S1组和S4 vs. S1组中都非常活跃。为了评估转录组和蛋白质组之间的一致性,以及了解转录后的mRNA在蛋白质水平上是如何表现的,作者进行了RNA-seq和iTRAQ分析的联合分析。证明DEGs和DAPs参与类黄酮的生物合成和脂肪酸代谢。T...
TMT标记定量蛋白组学研究案例:2021年11月,南京中医药大学附属医院江苏省中医院单位(一作刘史佳研究员)及其课题组在MolecularMetabolism期刊发表的题为“Serumintegrativeomicsrevealsthelandscapeofhumandiabetickidneydisease”的研究成果,通过TMT标记定量蛋白组学和GC-MS非靶代谢组学研究方法,发现了糖尿病肾病(DKD)特征,筛选了蛋白和代谢容组合生物标志物。为优化糖尿病肾病(DKD)管理提供了丰富且开放访问的数据资源。中文标题:血清综合组学揭示人类糖尿病肾病情况研究对象:人血清发表期刊:Molecular...
蛋白组学技术可以提供细胞状态和调控的功能信息,本研究建立了单细胞蛋白组学方法,实现了高灵敏度的蛋白组学检测。该技术有助于揭示疾病的发病机制,探讨预后和风险相关的不同肾脏疾病亚型中的蛋白组学异质性和独特的蛋白标志物,为药物靶点***提供希望。大规模单细胞分析对于捕获复杂细胞系统中的生物异质性至关重要,但*基于RNA技术的单细胞转录组学数据并不能很好地**蛋白质水平上的变化。而单细胞蛋白组学技术能够从蛋白质水平上破译细胞机制并且获得更多的信息。蛋白组学方案为组学研究涉及的样本获取,前处理,数据采集到分析的各个环节提供自动化。山东质谱 蛋白组学为了确定TMT AD蛋白网络模块是否也存在于其他的队列和...
为了验证TMT蛋白组学数据,作者选择了18个与莲种胚脱水保护功能密切相关的候选DEPs进行PRM蛋白靶向验证。PRM鉴定了18个候选DEPs。这些蛋白质的表达模式在PRM和TMT的定量结果之间显示出类似的趋势。然而,PRM检测到的蛋白丰度的倍数变化值要大于TMT数据。这一结果在很大程度上支持了TMT数据的可靠性。基于TMT标记定量蛋白质组学的生物信息学分析,对胁迫生理指标进行了测定,以验证莲种胚脱水的保护机制。在快速脱水阶段,REC和MDA含量的变化与RWC相反,它们的水平迅速增加(图6A,B)。ABA含量在快速脱水和脱水成熟阶段前略有增加(图6C)。上TMT/iTRAQ标记定量蛋白组学 差异...
iTRAQ标记定量蛋白组学技术研究方法:2021年7月,海南大学园艺园林学院吴友根教授课题组等在《Horticulture Research》期刊发表了题为“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果,通过RNA测序(RNA-seq)和iTRAQ标记定量蛋白组学技...
随着美国临床蛋白质组**分析项目(CPTAC)和中国人类蛋白质组计划(CNHPP)等大型蛋白质组学研究计划的推进,发表了一系列**的大规模人群多组学分析文章[2,3]。这些高分文章通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等技术,在上百例的病例样本中***表征了某种**的分子特征。对比这些文章,可以发现蛋白质组学数据在多组学数据分析中逐渐成为**结果,且蛋白质组学数据分析有些共同特点,即:1)基于蛋白质组进行**分子分型2)分析不同亚型患者的临床特征3)免疫、代谢、突变、微生物等**领域研究热点在不同亚型中的差别分析4)筛选亚型特征分子作为预后标志物或潜在的药靶...
蛋白质组学(由鹿明生物提供技术支持);2021年8月,中国医学科学院基础医学研究所赵春华和韩钦课题组在Aging and disease期刊发表了题为“MSC-derived Exosomes can Enhance the Angiogenesis of Human Brain MECs and show Therapeutic Potential in a Mouse Model of Parkinson's Disease”的研究成果,通过蛋白质组学研究方法,发现了间充质干细胞衍生的外泌体可以通过增加ICAM1的表达来促人脑MECs血管生成,并减轻MPP+对细胞的损伤,***间充质干细胞...
通过蛋白质组学分析检测了经M-Exos处理的HBMECs的改变。外泌体***了HBMECs,在0、24和48小时各种基因的表达增加(图2A)。此外,热图分析揭示了不同表达的功能基因,包括与炎症、细胞增殖、免疫调节和血管生成相关的因素(图2B-E)。时序分析表明,HBMECs中标记基因的上调与炎症因子IL3RA有关,增殖相关蛋白CD40和免疫调节因子TNFRSF10C(图2F-H)。作者主要研究外泌体是否促进人脑微血管内皮细胞的血管生成能力,因此初步验证了M-Exos***后血管生成相关基因的表达。蛋白质印迹结果显示血管生成相关基因FlK1和ANGPT1的表达明显增强(图2I)。综上所述,结果证...
iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法:2021年4月,南京林业大学喻方圆教授(一作:吴岐奎)课题组在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊发表了题为“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果,通过转录组学+iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法,分析东京野茉莉种子发育过程中脂肪酸生物合成相关基因的表达趋势,确定油脂积累的主要影响因子并构建其调控网络。为野茉莉属植...
DIA蛋白组学:SAPHO综合征是一种侵犯皮肤和骨骼的炎症性疾病,其发病率低,表现形式多样,诊断困难。2022年1月,由北京中医药大学课题组在J Proteomics.期刊发表的题为“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果,通过DIA蛋白组学研究方法,***揭示了SAPHO患者的血清蛋白质组谱,为疾病诊断提供了潜在的生物标志物。同时作者发现补体系统抑制剂如CFH和C4BP在SAPHO综合征中表达上调,这可能在SAPHO综合征的发病机制中发挥重要作用。蛋白质组与代...
蛋白质组数据分析鉴定出了几种参与肝葡萄糖脂代谢的蛋白质(ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK)。此外,AC显示出抑制脂肪生成酶(ACC,FASN和SCD1)表达的趋势,同时***上调了GLUT2。与对照组相比,AC***增加了PEPCK的表达,两种化学物质对G6Pase均无***影响(图4A)。PRM蛋白靶向验证测定结果与蛋白质组变化相一致,这进一步证实了蛋白质组学数据中蛋白质的表达(图4B)。转录组学和蛋白质组学联合分析结果显示AC和AL***改善了线粒体功能。GSEA分析显示,处理组的氧化磷酸化(OXPHOS)通路***上调,AC组和AL...
文章使用TMT标记定量蛋白质组学的方法,分析鉴定了差异表达的蛋白质,对下调的蛋白质进行基因本体论(GO)分析,显示下调参与线粒体电子传递链(ETC)的途径富集,证明了TM处理特别影响了具有较高细胞内铜水平的SOX2/OCT4+细胞中的线粒体ETC途径。确定TM介导的铜依赖性线粒体复合物IV失活是SOX2/OCT4+群体中的主要代谢缺陷。研究结果确定了铜-代谢-转移轴,并强调了其作为高危TNBC患者的下一代治疗方法的潜力。蛋白质组学分析确定了富含线粒体功能的途径。细胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一种线粒体金属酶,是线粒体ETC的终末酶。蛋白质组学基本策略 研究基础 研究内容 研究意...
通过蛋白质组学+转录组学研究方法,发现大黄素引发外泌体通过抑制代谢通路来减少肺泡巨噬细胞的活化和改善肺部炎症的特征,探究了外泌体在参与炎症相关***损伤中的重要作用,为大黄素可以通过减少胰腺外泌体介导的肺泡巨噬细胞活化来减轻严重急性胰腺炎相关的急性肺损伤提供依据。中文标题:大黄素通过抑制胰腺外泌体介导的肺泡巨噬细胞活化减轻严重急性胰腺炎相关的急性肺损伤研究对象:大鼠血浆外泌体发表期刊:ActaPharmaceuticaSinicaB影响因子:11.413发表时间:2021年10月合作单位:四川大学华西医院运用生物技术:TMT标记定量蛋白组学(由欧易/鹿明生物提供技术支持)、转录组学蛋白组+代谢...