cfDNA,cellfreeDNA,就是血液中游离的自身DNA,这些DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的,基本上都是无害的,不用多久会被自身清理掉。不过值得一提的是,当孕妇怀孕的时候,胎儿的DNA也会同时释放到母亲的血液里头去,这是当前火热的无创唐氏筛查的基础。通过抽取母亲的外周血测序分析其中的游离DNA就可以判断胎儿是否存在整个染色体或者大片段DNA的变异。有研究已经证实,**患者外周血中的cfDNA总量,要高于健康人。通过这一点,虽然不能武断的说cfDNA能成为**标志物,但是cfDNA的含量增多,能起到一个较好的提示作用,作为一个初筛的手段。基于cfDNA的液态活检中,尽管ctDNA在**诊断中的应用是当下cfDNA*****,研究**深入的分支。但是,cfDNA作为液态活检,不只是局限于**学。例如,有研究报道对于接受***移植手术的病人,可以通过监测术后外周血中具有捐献者基因特征,片段化的cfDNA含量变化,来评估移植***的排斥情况。 提供样本DNA完整性质检结果。辽宁技术服务经验丰富
荧光定量法(Methylight)
这种技术是在MSP技术上发展起来的,在MSP扩增过程中利用荧光染料进行定量。TaqMan? 探针法的应用使得该技术具有更高的精确性。其原理与SNP检测类似,针对亚硫酸氢盐处理之后的DN**段,在甲基化位点上会存在单碱基的差异,根据这种差异进行探针设计,随后进行实时定量PCR,就能够检测甲基化的差异。这种方法**的优势在于其高敏感性和较高通量,且无需在PCR后电泳、杂交等操作,减少了污染和操作误差。但是TaqMan? 探针订购费用较高,适用于少数位点大量样本筛选。 陕西6mA技术服务方案WGBS用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。
发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通过RRBS测序,比较了早期驯化的
(n=12)与野生的(n=12)
欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化,发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异,但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠,表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。
WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织:放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本:室温保存三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、细胞、全血、组织样本:干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;3、FFPE样本:室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA:常规WGBS,不少于2ug;微量WGBS,20ng1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本:常规WGBS,不少于5x10*6个细胞;微量WGBS,5000个细胞1)收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS,洗涤2次,600g离心5分钟;2)***一次离心后,尽量去除上清PBS,保留细胞沉淀;3、全血样本:2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管,避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织:动物组织,30mg以上;植物组织,不同组织。 焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。
industryTemplate细胞、全血、组织样本干冰运输。辽宁RRBS技术服务共同合作
6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。辽宁技术服务经验丰富
DNA甲基化修饰类型。5mc是表观遗传**重要的一种修饰,***存在于植物、动物等真核生物基因组中,被誉为“第五碱基”;5hmc是***发现的一种修饰碱基,成为哺乳动物的“第六碱基”;6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。1992年,Frommeretal.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此,BisulfiteSequencing(BS)成为金标准方案。其特点是:单碱基分辨率;结合测序。甲基化5mc检测的金标准——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化检测**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。 辽宁技术服务经验丰富