虽然焦磷酸测序可以进行单个位点甲基化程度的精确定量，但是目前来看，测序的片段长度还比较短，只有一百多bp，其中有效长度约为60bp。以上是对几种常用的特异位点甲基化检测方法进行了介绍及比较，还有一些检测技术是在常用的检测手段上进行优化或者将不同的方法进行结合应用，比如以MSP方法为基础，发展了SMART-MSP技术，该技术利用定量技术对MSP扩增过程进行检测，同时后续结合HRM技术来分析甲基化差异。此外，利用质谱平台进行甲基化检测的有MALDI-TOF技术，可以对甲基化进行精确检测并能进行高通量筛选。从对这些技术的比较分析来看，没中检测技术都有各自的优点，并也存在一定的局限性，研究者可以根据自己的实际研究情况进行选择。在特异甲基化位点检测上，能够提供BSP、HRM及焦磷酸测序三种技术的完整的检测服务，具有丰富的经验，帮助客户加速甲基化研究进程。 不同的芯片平台，各自的实验过程也是不一样的。重庆MeDIP-Seq技术服务经验丰富
芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具，已经在很多领域有了相应的应用。多家芯片公司在DNA甲基化这块儿有了相应的产品提供，其中应用**为***的就Agilent平台和Illumina平台，相应的产品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相应的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已经停产。不同的芯片平台，各自的实验过程也是不一样的。安捷伦前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技术。将基因组DNA分成两份，一份用来做MeDIP，另一份作为对照。两个样品都标记荧光(富集的样品用Cy5标记，对照用Cy3标记)，然后与芯片杂交。芯片上每个探针的Cy5/Cy3强度比例显示出该区域的甲基化程度。 北京850K芯片技术服务售后服务焦磷酸测序能提供杂合子缺失及细菌和病毒分型等技术服务。
DNA甲基化修饰类型。5mc是表观遗传**重要的一种修饰，***存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”；5hmc是***发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”；6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。1992年，Frommeretal.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此，BisulfiteSequencing（BS）成为金标准方案。其特点是：单碱基分辨率；结合测序。甲基化5mc检测的金标准——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化检测**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。
GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA数据，在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果，是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的，并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。
微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我们以早产幼猪为模型，采用RRBS测序，比较正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早产猪的肠道DNA甲基化差异，发现***减少了细菌密度及多样性，同时改变了DNA甲基化水平。其中与先天免疫应答、吞噬、内皮稳态和组织代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异。这种有赖肠道菌群的表观遗传修饰参与调控肠道免疫及营养代谢等，可能对早产儿的短期和长期的肠道健康至关重要。 通过甲基化数据与耐药基因Panel数据联合分析。单细胞测序技术服务活动
基因组DNA冰袋或者干冰运输。重庆MeDIP-Seq技术服务经验丰富
6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、植物组织(包含藻类)：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、样本量要求1、基因组DNA：不少于6ug1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类)：1g以上;植物组织，不同组织，送样量不同植物组织：从植物体上，取下新鲜组织，用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干；取不少于1g叶片等组织，对于果实等含糖很高的组织，送样前需要咨询技术人员。3、动物组织：30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液；取不少于30mg（1/2绿豆大小）组织块，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 重庆MeDIP-Seq技术服务经验丰富