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武汉一步法反转录测序

来源: 发布时间:2023-10-11

RNA逆转录实验注意事项:RNA定量:除了掌握RNA的完整性之外,反转录之前还需要对RNA浓度进行测定。一般反转录试剂盒会对上样量有要求,建议totalRNA上样量小于5μg。超过这个范围,会使反转录产物产生偏好性(表达丰度高的基因优先被反转录)而造成定量结果不准确。逆转录引物的选择:逆转录引物一般包含3种:oligodT引物,随机引物和特异性引物。对于短的且不具备发卡结构的真核细胞mRNA,三种都可用。逆转录实验过程中避免光照,防止RNA样品和试剂受光降解或刺激。逆转录过程是病毒的复制形式之一,如RNA病毒中的逆转录病毒。武汉一步法反转录测序

逆转录的发现有重要的理论意义和实践意义。对分子生物学的中心法则进行了修正和补充。经典的中心法则认为:DNA的功能兼有遗传信息的传递和表达,因此,DNA处于生命活动的中心位置。逆转录现象说明:至少在某些生物中,RNA同样兼有遗传信息传递和表达功能。修正后的中心法则表示为:是指遗传信息从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质,即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA,即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。某些病毒中的RNA自我复制和在某些病毒中能以RNA为模板逆转录成DNA的过程(某些致死病毒)。有些亚病毒例如朊病毒,这种亚病毒没有核酸,是一种因错误折叠而形成的结构异常的蛋白质,以蛋白质直接形成蛋白质,可促使与自身具有相同氨基酸序列的蛋白质发生同样的折叠错误,从而导致大量结构异常的蛋白质的形成。当然,一般不认为亚病毒属于生物。杭州茎环法反转录逆转录过程的揭示是分子生物学研究中的重大发现,是对中心法则的重要修正和补充。

RNA逆转录实验注意事项:去除基因组DNA污染:残留的基因组DNA(gDNA)会对荧光定量结果造成很大的干扰,为了使结果更加的真实、可重复,我们需要去除gDNA干扰。我们可以在引物设计时避免gDNA的扩增,比如将上下游引物分别设在不同的外显子上;或者在提取RNA后使用DNaseI处理以除去gDNA。较后,我们还有非常法宝,选择一款具有gDNA去除功能的逆转录试剂盒,一步到位去除gDNA,省心省力max。RNA逆转录实验注意事项:逆转录酶热稳定性:逆转录酶在整个反转录体系中具有关键性影响。除了活性以外,逆转录酶的热稳定性同样很重要,在较高温度下进行逆转录,能够减少RNA的二级结构,增加逆转录的效率。野生型的M-MLV逆转录酶很“怕热”,高于37℃时,稳定性大幅下降。

逆转录的端粒复制:逆转录经常与细胞恶性转化有关,艾滋、乙肝等很多疾病也有逆转录过程。所以相关研究可以为很多疾病的研究和防治提供帮助。逆转录酶抑制剂就一直是药物研发热点,例如抗HIV的nevirapine。逆转录酶缺乏校对(3'-5'核酸外切酶)功能,所以容易出错。这也是很多病毒容易突变进化的原因,比如nevirapine就很容易被抵抗。不过,校对功能与逆转录活性并不矛盾。有人使用改良的定向进化策略从具有校对功能的DNA聚合酶(古细菌的DNA聚合酶B)进化出高保真的耐热逆转录酶,称为逆转录异种聚合酶(reversetranscriptionxenopolymerase),证明校对与逆转录是兼容的。在科研中,RTX可用于RT-PCR等过程,能够提高精确度及简化操作程序。逆转录实验过程中要注意RNA样品的保存、纯化、处理和转录酶的选择。

反转录酶(reversetranscriptase,也可写成逆转录酶)又称为依赖RNA的DNA聚合酶。1970年Temin等在致死RNA病毒中发现了一种特殊的DNA聚合酶,该酶以RNA为模板,以dNTP为底物,tRNA(主要是色氨酸tRNA)为引物,在tRNA3'-OH末端上,根据碱基配对的原则,按5'-3'方向合成一条与RNA模板互补的DNA单链,这条DNA单链叫做互补DNA(complementaryDNA,CDNA)。反转录酶(Reversetranscriptase)是以RNA为模板指导三磷酸脱氧核苷酸合成互补DNA(cDNA)的酶。哺乳类C型病毒的反转录酶和鼠类B型病毒的反转录酶都是一条多肽链。鸟类RNA病毒的反转录酶则由两上亚基结构。真核生物中也都分离出具有不同结构的反转录酶。实时荧光PCR检测需要经过逆转录反应。武汉一步法反转录测序

逆转录是一种将RNA反转录为DNA的生物化学过程。武汉一步法反转录测序

miRNA逆转录茎环法:首先需要进行RNA样品制备,可选的方法有:离心柱法抽提(不必去除gDNA);传统Trizol法抽提(需要去除gDNA)。miRNA正向引物:需要分别设计。是否采用通用引物视情况而定,正向引物与通用反向引物不会形成二聚体时才能用。取200ul的PCR管,根据所得每组RNA的浓度C,每孔加入1000ng总RNA,按公式1000ng/C计算出所需RNA的体积x。然后按建议的20μL反应体系说明,依次向200μL的PCR管内加入下列试剂:加样结束后,移液器吹打混匀,低速离心数秒。将逆转录PCR管放入PCR扩增仪内,调整参数:37℃15min(反转录反应),85℃5s(反转录酶的失活反应),4℃∞。反应结束后根据实验需要进行荧光定量PCR或放入-20℃冰箱保存。说明:此处可以选择U6下游引物作为U6的逆转录引物,注意相应地调整无酶水的体积和反应温度。武汉一步法反转录测序

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