逆转录常见问题及解决方法之组织提取:RNAisolater可以提取miRNA吗?可以提取miRNA。他普遍适用于培养细胞、动物组织、微生物以及代谢较少的植物组织,如幼苗、幼叶等。提取的RNA有基因组DNA污染:a)、向裂解液中加入氯仿后,需要在低温下(2-8°C)高速离心。离心后,RNA被抽提到上层的水相中,中、下层是有机相,含有氯仿。DNA即存在于中层。氯仿在常温下会与水以一定比例互溶,因此,常温离心会导致上层水相中也有少量基因组DNA污染。吸取上层液体时,应非常小心,避免吸到中间层和下层,为此失去一点得率,保留一些上清不吸是非常值得的。RNA应如何保存:建议分装后在-80℃长期保存,在-20℃可以短期保存,但需要尽快使用。逆转录引物的设计需要考虑反向引物的特性。北京miQP2逆转录供货商
逆转录实验步骤:用SSⅢ逆转录酶进行RT(20ul体积)1、准备0、65ml的EP管。2、冰上操作:在EP管中加入10ulDEPC水,1ul引物,1ul模板RNA,1uldNTP,短暂离心。3、65℃水浴5分钟后,立刻0℃冰水浴至少1分钟。4、短暂离心后,冰上操作:加入4ul5×First-StrandBuffer,1ul0.1MDTT,1ulRNAseInhibitor,1ulSSⅢ逆转录酶。5、短暂离心。6、50℃水浴60分钟进行逆转录。7、70℃水浴15分钟灭活逆转录酶。8、-20℃保存,或立即进行PCR。MCERTmix含有比例优化的Oligo(dT)和RandomPrimers,使cDNA合成可从RNA转录本的各个区域起始,并具有相同的逆转录效率,较大程度保证qPCR结果的真实性和可重复性。杭州miQP2逆转录哪家专业逆转录酶通常具有多种活性,如逆转录活性、复制活性与RNA酶H活性。
逆转录的转录过程:基因的转录是由RNA聚合酶催化进行的。基因的上游具有结合RNA聚合酶的区域,叫作启动子。启动子是一段具有特定序列的DNA,具有和RNA聚合酶特异性结合的位点,决定了基因转录的起始位点。RNA聚合酶与启动子结合后,在特定区域将DNA双螺旋两条链之间的氢键断开,使DNA解旋,形成单链区,以非编码链为模板合成RNA互补链的过程就开始了。转录的延长是以前面核苷酸的3′-OH为基础逐个加入NTP,形成磷酸二酯键,使RNA逐步从5′向3′端延伸的过程。在原核生物中,因为没有核膜的分隔,转录未完成即已开始翻译,而且在同一个DNA模板上同时进行多个转录过程。电镜下看到的羽毛状图形和羽毛上的小黑点(多聚核糖体),是转录和翻译高效率的直观表现。
反转录酶的注意事项,随机引物:适合各种RNA的RT,尤其适合模板丰度很低的情况(比如某个gene表达量很低)。选择随机引物时,首先链cDNA合成反应中就是以所有的RNA为模板,然后进行PCR反应时设计引物进行特异性扩增。同时要注意随机引物的量和总RNA量之间的关系,一般建议每5μg总RNA的随机引物的用量为50ng,如果每5μg总RNA的随机引物的用量超过250ng,可能会导致小片段产物(<500bp)的增加和长片断、全长产物产物的降低。酵母菌逆转录酶是逆转录酶家族中的一个重要表示,逆转录在研究RNA表达调控等领域有普遍的应用前景。逆转录实验时要记录反应体系的温度、时间、反应试剂的添加量等参数。
逆转录引物:加尾法逆转录引物的结构并不是想象中那么简单的oligodT,其包含三个关键结构:①为了与PolyA序列互补配对,OligodT序列必不可少。②在OligodT序列的5端,存在一段通用序列,用于qPCR过程中反向引物与cDNA的结合。③OligodT序列的3端存在一个或两个锚定碱基,V或者VN。(兼并碱基,V表示A、G或C,N表示ATCG中的任意一种)。如果没有锚定碱基,逆转录引物中的OligodT就会随机结合到PolyA的任意位置,这样会造成同一miRNA的逆转录产物长度不一,给较后的熔解曲线检测带来麻烦。因此,锚定碱基的作用就是特异性地结合到miRNA上,从而让逆转录引物结合到紧挨着miRNA的那段PolyA序列上。只有这样,才能够保证同一miRNA的逆转录产物大小相同。逆转录技术应用于人类基因组的研究。南京miQP2逆转录试剂费用
逆转录实验避免RNA样品的过冻、过热处理,影响逆转录反应的效果。北京miQP2逆转录供货商
逆转录实验的准备工作:1、实验器具与材料:(1)移液头:200ul、10ul;(2)吸头:200ul、20ul;(3)EP管1。5ml、100ul;(4)水浴箱。2、实验器具的处理与准备,塑料制品:(包括吸头、EP管等)将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中(必要时小头头需要用吸管打入DEPC水)37℃过夜,然后送至高压3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小时左右烘干),试验前将头头放入吸头台。3、试剂配制和准备:(1)DEPC水:泡实验器具的DEPC水的配制:1000ml双蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。逆转录中所用的DEPC水的配制:100ml盐水瓶内装40ml双蒸水,加40ulDEPC,37℃过夜,送至高压,后分装到几个1。5mlEP管中,-20℃中保存备用。(2)RT中所需要的各种试剂。北京miQP2逆转录供货商
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